知比留市・幸待町。人们休息清静的这个城市，一个青年站起来……。青年的名字是羽佐间正义。作为时尚杂志的模特儿活跃的一方面，从幼年时期开始向往英雄，决心自己成为英雄的正义，在某夜，化身正义的伙伴“武士弗拉明戈”。想与世界的邪恶对抗，新的英雄的故事现在拉开序幕！

正义的伙伴“武士弗拉明戈”，从意想不到的那件事，武士弗拉明戈原形事正义被知道了，正义让警察官・后藤英德抱头苦恼。后藤被后藤叫去，正义在雨中等候，全身湿透，一直说“我不带伞”的正义，有着让人意外的过去。

动画网站的访问数也上升，受到热烈的关注的“武士弗拉明戈”，让正义心情愉快。不过，那个找到武士弗拉明戈真身的悬赏金在新闻网站挂出来了，让正义最近有点困惑。这时，突然出现了自称“自己是武士弗拉明戈”的人物！“伪武士弗拉明戈”的原形，以及目的是“赌上彼此存在的战斗开始”。

假冒的弗拉明戈骚动解决了，武士弗拉明戈又被街头捉住了。穷途末路的时候，迷一样的英雄出现解救了正义。但是，神秘的英雄是看穿“武士弗拉明戈”的原形是正义。

在“弗拉明戈女孩”的打破常规的行动上，最近完全感觉很疲惫的“武士弗拉明戈”。警察对过激的正义影响到正常秩序投诉。干劲十足的工作已经没有了，什么也不顺利的状况令正义很沮丧。“自己所憧憬的英雄是这种东西吗？”正义自问。

弗拉明戈女孩，在正义的影响下，弗拉明戈女孩的演艺活动每天也非常美妙。另一方面，“武士弗拉明戈”奔窜，被暴徒化得市民，魔之手……。在被追逼的正义的脑海里，有一个男人的话语在回荡。“武士弗拉明戈。在不久以后你会死”。

知比留市犯罪发生率下降了，正义的演艺活动也很顺利，本是应该高兴的事，但是正义心中是疑惑的，自己作为一个英雄今后该怎么办呢？经过与后藤的谈话和对捣乱者的惩治，他渐渐明白了以后应走的道路。然而，新的敌人“断头台大猩猩”又出现了。

神秘的怪人“キング・トーチャー”一伙的出现，让日本全境一片哗然，怪人要求日本政府全面投降和群众归顺。武士弗拉明戈和弗拉明戈女孩和敌人新的战斗又开始了。

怪人的来袭越来越日常化了，弗拉明戈钻石已经厌倦了战斗，只剩下孤独的武士弗拉明戈一次次的应对怪人的来袭。对怪人们的一连串的行动抱有疑惑的原冢，提倡有一个假说。某天，武士弗拉明戈也接到了怪人的电话——弗拉明戈钻石被抓住了。

为了救弗拉明戈少女，“武士弗拉明戈”进入敌人的老巢。弗拉明戈少女被遭囚禁受拷问。“キング・トーチャー”现出真面目，“武士弗拉明戈”为了解救弗拉明戈少女与之战斗。

与“キング・トーチャー”的死斗结束，“武士弗拉明戈”守住了日本，聚集了大量的媒体报道，让正义终于说出了自己的身份。但是，这之后，正义被突然出现的运输机被带走了，在东京后出现了神秘的巨大要塞，一波未平一波又起。

活魔人在大街上出现了，街上蔓延着大火，被正义和苍一，碧，黑暗儿，樱花一起组成的弗拉明戈者击退。而被救出的弗拉明戈钻石不见任何人，偷偷的藏在后藤先生的家里。弗拉明戈者投身于每天袭击的怪人们战斗中，正义作为领导人而烦恼。

作为国民英雄奖的获奖者的第一号，武士战队弗拉明者成为了日本国民的希望。“活魔人”也善战继续着，不过，怪人们有一天忽然消失了……武士战队弗拉明者不认为他们放弃了日本，而是在总攻击中的前兆，政府破解了“活魔人”的数据后，决定让国民进行避难，不过在公布前，要优先政府人员避难，并允许武士战队弗拉明者们携身边的5个人避难，正义本打算和后藤英德说明，但是在找到后藤英德与他谈话后，他放弃了这种想法。

日本的政府接到了一个奇怪的电话，那是一个宣告怪人们的总攻击开始的预告电话。在总攻击开始只有一点点时间前，内阁向国民们发表了国家紧急事态宣言，自卫队和警察也要应对，然后终于，“活魔人”的总攻击开始了。

和正义长相相同并自称正义为哥哥的“弗拉明戈”出现在正义勉强，正义产生动摇，“弟弟弗拉明戈”静静地开始讲述，“活魔人”的思想……另一方面，指挥战斗的政府也开始展现新的动向。

武士战队弗拉明者击败“活魔人”后，被政府的阴谋陷害，武士战队弗拉明者们都被政府逮捕，只有正义逃了出来，一个人继续借逃亡的正义前往的地方是何处。

成为全国通缉犯的正义，最后依靠的是后藤，后藤用毒气和烟雾帮助正义逃走，正义和后藤乘坐上原冢先生的车逃避追捕，暂时躲避在秘密基地里。在国会上，正义和后藤突然闯入准备还原事情真相，但是支持率为91%并且不断上升的总理突然变身和正义对决。

战胜总理后，弗拉明戈星人和一扇神秘的门突然出现，弗拉明戈星人要求与他同样有着“弗拉明戈”之名的武士弗拉明戈在门里进行单独谈判。武士弗拉明戈进入了神秘的门，武士弗拉明戈与弗拉明戈星人开始了“谈判”。

和弗拉明戈星人的决斗后，正义被推选为世界的总统。但是正义本人觉得对他来说压力太大了，后藤说要回老家和一年没见的女友约会。形单影只的正义去找探望忙于演艺工作的“矿物质☆奇迹”，真野茉莉听说了后藤回家和女友约会了，便和正义一起去后藤的老家找他，她和正义发现了后藤先生女友的秘密。

和平日常生活突然被一名叫做灰司的少年破坏了，他曾经是正义作为“武士弗拉明戈”对峙的初中生。灰司对正义宣言，自己是“这个世界上的最后的敌人”，正如那句话一样，灰司是不断地袭击正义和他周围的人。

“矿物质☆奇迹”成员在演唱会上中毒倒地，师傅全身骨折住院，正义身边的人一个接着一个的被灰司伤害。不知所措的正义，石原澄的一席话让他陷入思考，而灰司绑架了后藤先生，并朝着后藤开了一枪。

听见了枪声的后藤，回忆起了失去女友后的事情，枪的子弹打在了墙上。灰司把后藤“女友”的短信一条条的删掉了，让后藤异常激动。接到后藤电话，赶到的正义打算以“爱”来感动灰司，而脱光的正义让灰司惶恐，另一方面，正义向后藤先生求婚，说会连后藤女友的份一起加油。灰司被送进管教所，而正义与后藤也开始了新的生活。