Emiya Shirous Leben wird von einem Moment auf den nächsten auf den Kopf gestellt… Er findet sich mitten im Krieg um den Heiligen Gral wieder.

Für Shirou wird es Zeit, sich zu entscheiden, ob er offiziell am Kampf um den Heiligen Gral teilnehmen möchte, oder nicht. Dafür sucht er zusammen mit Rin den Aufseher des Krieges um den Heiligen Gral auf, um mehr über die Hintergründe dieses Rituals zu erfahren.

Auf dem Heimweg stellt sich Illyasviel mit ihrem Servant Berserker gegen Rin und Shirou. Schnell müssen die beiden die Übermacht Berserkers erkennen und einen Ausweg finden.

Nach dem Aufeinandertreffen mit Rin kehrt erstmal Ruhe ein. Shirou nutzt die Zeit um noch mehr über den Gralskrieg zu lernen. Außerdem muss er sich eine Tarnung für Saber einfallen lassen.

Trotz all der kürzlichen Rückschläge beschließt Shirou den Kampf um den Heiligen Gral fortzusetzen. Rin schlägt eine außergewöhnliche Allianz mit Illyasviel vor.

Illyasviel hat eine sonderbare Begegnung mit ihrer Mutter. Im Gespräch mit ihr erfährt sie die Geheimnisse ihrer Familie und deren Rolle im Kampf um den Heiligen Gral.