1946-ban Peggy Carter a Stratégiai Tudományos Egység titkárnőjeként dolgozik. Howard Stark segítséget kér tőle, mert az egész ország azt hiszi, hogy halálos fegyvereket adott el az ellenségnek.

Howard Stark leghalálosabb fegyvere az ellenség kezébe került, és egyedül Carter ügynök szerezheti vissza. De vajon sikerrel jár mielőtt az SSR vezetője, Dooley és Thompson ügynök leleplezi titkos küldetését?

Miközben Carter ügynök egyre közelebb kerül Howard Stark ellopott fegyveréhez, Peggy küldetése veszélybe kerül, amikor az SSR elfogja Jarvist, és fény derül egy titokra.

Peggy a szokottnál is nagyobb bajba kerül, amikor a szökevény Howard Stark titokzatos okokból váratlanul visszatér. Dooley új nyomon indul el, és egészen Európáig jut, ami tönkreteheti Peggy jövőjét az SSR-nél.

Carter végre lehetőséget kap arra, hogy bizonyítson, mivel Thompson ügynökkel és a kommandóval egy oroszországi küldetésre indul. Mindeközben Sousa ügynök fontos felfedezésre bukkan.

Carter úgy gondolja, hogy Start találmányát egy női ügynök lophatta el. Az SSR most már tudja, hogy Carter segít a tudósnak. Egy új kém is beépül az ügynökséghez.

Peggy aggódik és minden eddiginél sebezhetőbb, mivel a Leviatán mozgásba lendül ellene. Miközben az SSR egyre közelebb jut Howard Starkhoz, ám nagy árat kell fizetniük, amikor rájönnek, hogy a valódi ellenség sokkal közelebb van, mint gondolnák.

A Leviatán haragja Peggyre zúdul, Howard Stark pedig visszatér.

Miután az SSR elfogja Dottie-t, Jack Peggyt küldi Los Angelesbe, hogy segítsen Danielnek... és végre megszabaduljon tőle. Ám Peggy hamarosan új nyomozásba kezd, amikor megtalálnak egy jégtömbbe zárt női testet egy befagyott tó mellett.

Peggy folytatja az Isodyne-nal kapcsolatos nyomozást, Jason pedig hajlandó elárulni a munkaadóit, hogy segítsen neki. Mindeközben a Tanács megszünteti Calvin projektjét, Whitney pedig sajnálatos balesetet szenved.

Peggy folytatja az Isodyne-nal kapcsolatos vizsgálódást, és a nyomok az Atlas Clubba vezetnek. Jack azonban nem hisz neki, így tovább találkozgat Vernonnal. Mindeközben Calvin bérgyilkost küld Peggy nyakára, Howard pedig találkozik egy tudós lángelmével.

Peggy elfogja Calvin bérgyilkosát, Rufust, és kivallatja. Ám még mielőtt kezdhetne valamit a Rufustól megszerzett információval, Vernon közbelép, és leállítja a nyomozást. Megismerjük azokat a múltbeli eseményeket is, amelyek Peggy és Whitney jelenlegi helyzetét alakították.

Amikor Peggy megtudja, hogy Whitney és Calin atombombákat akar lopni a Roxxontól, hogy újrakezdhessék a kísérleteket, csapatot szervez a páros megállítására és a bombák megszerzésére.

Sérülése miatt Peggy kénytelen egy szokatlan szövetségeshez fordulni, hogy mintát szerezzen a kísérleti anyagból Whitneytől. Mindeközben Whitney magához ragadja a Tanács irányítását, Jarvis pedig ellátogat egy partira.

Miközben Peggy egy mentőakciót tervez, Whitney nagyobb hatalomra igyekszik szert tenni, Jarvis pedig megtanulja, hogy nem szabad olyan ígéretet tennie, amelyet nem tud betartani.

Peggy felkínálja Whitneynek az uránium rudakat, hogy visszakapja Jasont, ám árulót talál a soraikban. Mindeközben Jarvis megkéri Rosét, hogy vigyázzon Anára, Daniel pedig kénytelen választani Peggy és a küldetés sikere között.

Jack elárulja Danielt és Samberlyt Vernonnak és szövetségeseinek... Vagy mégsem? Mindeközben Peggy kénytelen szövetséget kötni Jason megmentése érdekében, ám hamar ráébred, hogy társa talán nem is az ő oldalán áll.

Peggy arra kérik Howard Starkot, hogy semmisítse meg a zéró anyagot, amikor olyan küldetésre kellene indulniuk, ahonnan nincs visszatérés.