纽约自从经历了“重大灾难”后，转眼间就挤满了虎视眈眈的恶势力，而俄罗斯黑手党、日本极道、与香港黑帮侵占著纽约地狱厨房区域，让所有小老百姓不得安宁。一位生活在地狱厨房里的一位盲人律师马特·默多克，白天时会和自己的最好朋友及合伙人弗吉·尼尔森在法庭上辩护一个又一个案子，夜晚时却会利用自己从小失去双眼所换来的高级感官、穿上黑衣与面罩在外打击罪犯。

马特、弗吉与凯伦认识了一个新客户，一名墨西哥裔的老妇人埃琳娜·卡德纳斯，自己的公寓由于处于强拆危机，而来雇佣马特和弗吉来解决问题。两人于是决定着手调查埃琳娜的房东阿曼德·徒利，另一个有权势的生意人；两人首先为了拜访了他的律师而来到兰德曼-扎克律师事务所时，弗吉发现自己的前女友玛茜·史戴尔就是他们的代表，她透漏说埃琳娜与她的钉子户邻居们要么接受和解、要么被逐出公寓。当马特独自来到警察局找资料时，他隐隐约约听见两名为菲斯克工作的腐败警察布雷克和霍夫曼，栽赃嫁祸、杀害了一名打算合作的俄罗斯黑帮份子，马特于是在夜间袭击了布雷克，用他的手机得到了弗拉基米尔的所在位置。

事情过去后，身为黑衣人的马特一人背下了爆炸与杀警察的罪名，但马特却并没有放弃、反而开始追查利兰·奥斯利。当马特找到利兰打算质问他时，突然听见一个声音而分心使得利兰跑掉。马特发现是自己小时候自称“棍叟”的师父回到了自己面前，马特本来对他当年不告而别而感到生气，但棍叟却说自己前来找他来求助，帮忙去劫日本黑帮即将运到纽约的一个神秘武器“黑空”。半夜，以信领导的黑帮队伍来到码头来迎接黑空的到来，而躲在一旁的马特和棍叟发现黑空是一个年纪轻轻的小孩。马特在行动前命令棍叟不许杀生，而独自一人解决了所有黑帮分子。

凯伦和弗吉花了大力气才带马特入伍，马特以禁止他们做一些置自己于危险中的事情才决定加入。另一边，信因为失去了黑空而感到极度不满，但菲斯克强调自己一定会给他应有的一切，顺便开始为恢复清醒的布雷克想对策。为了防止布雷克心生不满而供出事情，菲斯克尽全力说服了霍夫曼去暗杀他，霍夫曼于是为布雷克注射了毒药后使他丧命，但马特身穿黑衣现身打算制止霍夫曼却失败，最后反而还是背负了杀害布雷克的罪名。

菲斯克一露面，让本和凯伦打算举报他的计划失败，但凯伦却仍然不想放弃，打算靠一己之力来查出菲斯克过去的秘密。马特为了打探情报而来到凡妮莎的画廊，会面了菲斯克本人，面对仇人却无计可施。同时，信因为失去耐心而向菲斯克追问自己的补偿，菲斯克答应他会给他一个街区，前提就是信帮他解决黑衣人。之后，菲斯克决定加紧节奏清除不肯搬离的钉子户，想方设法将他们驱离，最后甚至收买一名瘾君子来杀死身无寸铁的埃琳娜。当凯伦等人来到警察局认尸时，只能靠在她的尸体旁边痛哭。马特在愤怒下抓回了该名瘾君子，威胁他去自首后问出了菲斯克藏身的码头仓库，进去后却发现里面的人只是身穿红色忍者服、手持铁链手里剑的信。

菲斯克当初在证据确凿下被关进了“莱克岛监狱”，和一大群重罪犯关在了一起，而一向呼风唤雨的他如今受到了狱中霸王达顿的欺压。而一日，几个崇拜菲斯克的犯人决定为他卖命及提供资源，菲斯克在看到关于惩罚者的报导后，决定靠他来借刀杀人，于是暗中收买了一名守卫协调而导致弗兰克在庭上咆哮，在他入狱后和他达成了协议去解决达顿，声言达顿手上就有他家人惨死的重要线索。夜里，弗兰克袭击了达顿，而达顿供出当初促成中央公园毒品交易的人，是一个被称为“铁匠”的神秘毒枭，说他因为行事低调而一直不为人知，手上还有从中东运来的几吨重的高级毒品。

克莱尔在惊慌失措下被马特救走，而五名小孩最后自愿跟着忍者们回去，每个人自行将自身的血液抽干后，供给了一个名为苏生的神秘古代仪器。警方赶到后找到一名已死的忍者，但在拿回去解剖之后却发现，该死者的身上有着无数个旧致命伤。克莱尔发觉该忍者已经复活过多次后，医院方面却打算隐瞒这件事，克莱尔于是在无法接受下辞去了职务。这时，凯伦脱离警方掌控后在餐厅和弗兰克见面，和他讨论关于铁匠的事情，而两个由铁匠派来的杀手突然袭击了餐厅，弗兰克只能将他们重伤、问出了铁匠的所在位置后处决了他们俩；并将惊吓过度的凯伦留下后亲自去解决。

艾丽卡赶到后和棍叟进行了一场师徒大战，马特的出现制止了双方对打，但手合会的忍者们赶到后将棍叟抓走。隔天，警察收拾码头的残局后认定弗兰克·卡斯特已死，凯伦还是决定回去纽约公报将事实写出来，并在埃利森的建议下坐上了本·尤里克的位置。凯伦为了寻找更多能够证明弗兰克不只是杀手的细节，于是前去采访雷·舒诺沃，弗兰克参与战争时的老长官。而凯伦突然发现他家中的一张合影上的其中一个小兵、和码头上的一具尸体是同一个人，于是顿然发现舒诺沃才是铁匠本人。舒诺沃将凯伦挟持出去后，弗兰克的突然出现救了她一命，舒诺沃在重伤下坦白了是自己造成了他家人的惨死，还大言不惭地认为弗兰克当初没有选择为他卖命才沦为如此。

弗兰克将武器全部占为己有后，回到自己的老家房子进行准备，并在盔甲上画上一个头骨符号，正式挂上了“惩罚者”的称号。马特与艾丽卡将棍叟救回去治疗后，手合会为了将夜魔侠引出来，于是从警察局偷走了关于夜魔侠的所有案子，并抓走了所有夜魔侠帮助过的受害人。受害人里包括凯伦与特克，但特克由于受到警方软禁而迫使警察通报了这件事。马特与艾丽卡用此信号找到了他们关押人质的设施，闯进去救了凯伦与其他人质，追逐到屋顶上却被十几名忍者们重重包围。