1962: Deutschland und Japan haben den Krieg gewonnen und Amerika unter sich aufgeteilt. In den Japanischen Pazifikstaaten wird Juliana Crains Schwester Trudy auf der Straße erschossen, kurz nachdem sie ihr eine mysteriöse Filmrolle übergeben hat. Währenddessen schließt sich im Großdeutschen Reich an der Ostküste der junge Joe Blake dem Widerstand an.

Nachdem ihre Habseligkeiten gestohlen wurden, nimmt "Trudy" alias Juliana eine Arbeit in der Neutralen Zone an und wartet auf die Kontaktaufnahme des Widerstands. Ebenso wie Joe Blake, der im Auftrag von Obergruppenführer Smith da ist. Frank wird inzwischen im Gefängnis vor eine unmenschliche Wahl gestellt: er soll Juliana verraten oder seine Schwester und deren Kinder sterben.

Joe und Juliana stoßen im Wagen des ermordeten SD-Agenten auf eine Karte, die sie zu einer grausamen Entdeckung führt. Als sie unauffällig die Stadt verlassen wollen, geraten sie in die Schusslinie des "Marshals". Frank sinnt nach der Ermordung seiner Schwester und deren Kindern auf Rache und besorgt sich eine Waffe.

Während Frank sich Munition für den alten Colt besorgt, bittet Juliana Lem sie zum "Mann im hohen Schloss" zu führen, damit sie ihm den Film übergeben kann. Joe erhält den Befehl sich ebenfalls anzuschließen und den "Mann im hohen Schloss" zu erschießen. Doch alles kommt anders als erwartet und Joe muss improvisieren, um nicht als Nazi-Agent selbst erschossen zu werden.

Juliana ist zurück in San Francisco und beschließt sich dem Verhör der Kempeitai zu stellen. Der Kronprinz schwebt in Lebensgefahr, doch Frank war nicht der Attentäter. Oberst Wegener gelingt es, mit Hilfe von Tagomi aus seinem Arrest zu entkommen und seine Dokumente doch noch zu übergeben, doch seine Tarnung fliegt auf.

Oberst Wegeners Flug wurde verschoben und so verbringt er den Veteranentag, ebenso wie Joe, bei der Familie von Obergruppenführer Smith, der ein alter Kamerad von ihm ist. Doch dieser weiß von Wegeners Vorhaben und lässt ihn verhaften. Juliana nutzt inzwischen ihre neue Stelle und spioniert bei den Japanern für den Widerstand.

Smith zwingt Joe, Juliana zu kontaktieren, um an den neuen Widerstandsfilm zu kommen. Juliana entdeckt, dass ihr Stiefvater Arnold im Nippon Building Telefonate mithört und findet die Leiche ihrer Halbschwester in einem Massengrab. Frank willigt in einen Coup mit Antiquitäten-Händler Childan ein, der seine und Julianas Flucht finanzieren soll.

Während Lem in San Francisco den neuen Film abholen soll, bereiten Juliana und Frank ihre Flucht in die Neutrale Zone vor. Dank des von Frank gefälschten "Sitting Bull" Halsreifs, den Childan den Kasouras verkauft hat, haben sie genug Geld für die Flucht. Doch Joe und die Yakuza durchkreuzen ihre Pläne.

Karen und Lem zahlen Lösegeld für Juliana. Um auch Joe zu befreien, überredet sie Frank, der Yakuza das Geld zu geben, das für ihre Flucht gedacht war. Joe erschießt bei seiner Befreiung zwei Yakuza-Wachen und schnappt sich den Film. Später verspricht er, Frank und Juliana zur Flucht zu verhelfen. Doch Obergruppenführer Smith hat andere Pläne.

Frank wird von Joe hingerichtet - in dem neu aufgetauchten Film. Aufgrund dieser Filmszene lässt sich Juliana vom Widerstand überreden, Joe in einen tödlichen Hinterhalt zu locken. Im Gegenzug sollen sie und Frank außer Landes gebracht werden.

Julianna wird vom Widerstand gefangen genommen und stellt sich den Folgen ihres Verrats. Sie bekommt Antworten zu ihrer Vergangenheit, die aber noch beunruhigendere Fragen über ihre Zukunft aufwerfen, und nicht nur ihre eigene ist in Gefahr. Joe schafft es bis New York, aber die Reise lässt ihn an allem zweifeln. Frank versucht Ed aus einer unmöglichen Situation zu retten - aber zu welchem Preis?

Nachdem sie knapp dem Tod entronnen ist, entdeckt Juliana ein Familiengeheimnis, dass globale Auswirkungen haben könnte und sie zu einer tiefgreifenden Entscheidung zwingt... Kido, Tagomi und Frank gehen gefährliche Risiken ein, während Joe sich in New York der Routine hingibt - allerdings nur, bis Smith ihm eine Möglichkeit aufzeigt, auf die er sein ganzes Leben gewartet hat.

Während sie dagegen ankämpft, sie sich an die seltsame Welt eines Nazi-New York zu gewöhnen, sucht Juliana die einzige Person auf, von der sie denkt ihr vertrauen zu können: Joe Blake. Wütend und trotzig weil Juliana weggegangen ist, lässt sich Frank auf die Widerstandsbewegung und deren charismatischen Anführer ein. Joe konfrontiert seine eigene Identität als er endlich seinen Vater trifft.

Julianna merkt, dass sie im Reich alles andere als sicher vor dem Widerstand ist. Smith realisiert wie weit er gehen muss um seinen Sohn zu retten. Auch ein anderer Vater - Joes - versucht ihn zu überreden Berlin eine Chance zu geben. Auch Frank muss eine Entscheidung treffen: wie weit kann er gehen, um dem Widerstand zu helfen?

Joe erfährt etwas über seine Vergangenheit, das ihn an allem zweifeln lässt. Der Graben zwischen Frank und Ed wird größer als Frank noch weiter in den Widerstand verwickelt wird. Um ihre Sicherheit zu garantieren muss Juliana jemanden verraten, der ihr nahe steht.

Nicole zeigt Joe eine unerwartete Seite von Berlin, die ihn auf einen neuen Pfad führt. Juliana positioniert für ihre Mission sich in Smiths innerem Zirkel. Tagomi ist endlich wieder mit seiner Familie vereint, muss jedoch fürchten, sie schon bald wieder zu verlieren.

Als Juliana immer weiter zu den Smiths vordringt, entdeckt sie ein gefährliches Geheimnis. Childan und Ed bringen sich in eine gefährliche Situation, als sie versuchen, die Schulden mit den Yakuza zu begleichen. Auf einer Mission für den Widerstand stößt Frank auf einen Plan der Japaner, der seinen schlimmsten Alptraum wahr werden lassen könnte.

Juliana sammelt Informationen für den Widerstand, die einen dritten Weltkrieg auslösen könnten. Als die politische Situation in Berlin unsicher wird, muss Joe eine Entscheidung treffen, die sein Leben in Gefahr bringt. Frank erfährt die Wahrheit über Juliana, was ihn an seiner neuen Familie, dem Widestand, zweifeln lässt.

Tagomi sieht sich vor einem Dilemma: bei seiner Familie zu bleiben, oder in die Welt, die er zurückgelassen hatte, zurückzukehren. Julia, die verzweifelt versucht dem Reich zu entkommen, geht einen letzten, gefährlichen Deal mit dem Widerstand ein. Als Ed ein Geheimnis aufdeckt, das den Plan des Widerstands gefährdet,muss Frank sich entscheiden, wie er mit dem Verrat seiner besten Freundin umgeht.

Tagomi nimmt Kido für eine Täuschung in Anspruch, die Japan vor der Zerstörung bewahren soll. Als Smiths Leben um ihn herum zusammenbricht, unternimmt er einen gefährlichen wie mutigen Spielzug, um seine Macht zu behalten. Joe versucht das Richtige zu tun, aber wird Opfer des ultimativen Verrats. Julianna muss eine herzzerreißende Entscheidung treffen, die die Zukunft der Welt gestalten wird.

Juliana Crain macht in der neutralen Zone die Bekanntschaft des irischen Schwarzhändlers Wyatt, geht erneut auf die Flucht und sucht Tagomis Hilfe. Die Japaner testen eine Atombombe.

Tagomi und Admiral Inokuchi erkennen, dass das Reich ein verdecktes Ölembargo gegen die Pazifikstaaten verhängt. Reichsmarschall Rockwell und J. Edgar Hoover intrigieren gegen John Smith.

Juliana und Tagomi widmen sich weiter den alten Filmen, und Juliana trifft einen alten Freund. Childan drängt darauf, nach San Francisco zurückzukehren, da dort die Repressionen nachgelassen haben, aber Ed hat sich verliebt und will nicht abreisen.

Eine neue Gemeinschaft kämpft in der Neutralen Zone ums Überleben. Juliana und Joe erneuern ihre Beziehung, wobei Joe weiterhin für Himmler arbeitet. Juliana trifft Wyatt in San Francisco. Smiths Vergangenheit wird ihm fast zum Verhängnis. Ed und Childan haben Probleme auf ihrer Rückfahrt.

Juliana entkommt nur knapp einer tödlichen Situation und entdeckt eine Fülle von Nazi-Geheimnissen. John Smith gerät in Verwicklungen mit seinem politischen Gegner.

Mit Wyatts Hilfe flieht Juliana mit den gestohlenen Nazi-Geheimnissen aus San Francisco. Childan kann endlich nach Hause zurückkehren; Ed beschließt, in der Neutralen Zone zu bleiben.

Juliana bricht auf, um die Nazis zu stoppen. Diese Mission vereint sie wieder mit alten Freunden. Thelma und Nicole kommen sich näher, trotz der Gefahr ihrer Verbindung. Smith erfährt von den Plänen für Reisen in alternative Welten.

Juliana erkennt, dass ihr die Zeit davon läuft. Es ist schwer, Unterstützer für ihren Plan zu gewinnen. Tagomi muss mit eigenen Händen einen Anschlag auf sein Leben abwehren.

Julianas und Wyatts Truppe ist ostwärts ins Reich vorgedrungen bis zu dem Ort eines streng geheimen Nazi-Projekts. Tagomi will versuchen, den drohen Konflikt mit dem Reich abzuwenden und bittet Smith um ein persönliches Treffen.

Juliana gerät in eine prekäre Lage. Himmler und John Smith zelebrieren eine bombastische Feier des Jahres Null. Inmitten einer Reihe von Erfolgen steht Smith vor einem Rückschlag.