Kara se entera de que CatCo tiene un nuevo dueño y una nueva estrella de las noticias. Surgen nuevas parejas mientras J'onn J'onzz recibe una visita inesperada.

Supergirl, Alex y Brainiac frustran un ataque alienígena mientras William investiga a Kara. J'onn J'onzz y Kelly utilizan tecnología obsidiana para resolver un problema.

Kara trata de arreglar su relación con Lena. J'onn J'onzz rememora su pasado mientras Kelly intenta ayudar a un viejo amigo.

La investigación de Kara sobre las actividades “criminales” de William Dey da como resultado la sorprendente revelación de que él no es quien ella cree. Mientras tanto, el conflicto entre Malefic y J’onn J’onzzz llega a un punto límite.

En vísperas del lanzamiento mundial de las lentes de contacto VR de Andrea Rojas, Kara y William se unen en una investigación que expone un complot terrorista. Kelly y Alex celebran un aniversario, pero la seguridad de Alex está en peligro.

Un nuevo villano está arrestado en el DEO y Supergirl lo utiliza para entender quién es el responsable de los últimos ataques. Andrea y Lena recuerdan su problemático pasado.

Supergirl descubre la verdad sobre Lena mientras lucha contra Leviathan. J'onn J'onnz se entera del paradero de su hermano.

La lucha de Supergirl contra Leviathan llega a su límite cuando se enfrenta a Rama Khan. Mientras Lena y Hope intentan lanzar el proyecto Non Nocere, Hope demuestra ser imprescindible para Lena.

El Monitor envía a Harbinger a reclutar a los mejores héroes del mundo: Supergirl, Flash, Green Arrow, Batwoman, White Canary, Átomo y Superman para prepararse para la inminente Crisis.

El crossover continúa en Batwoman S1E09 (II), The Flash S6E09 (III), Arrow S8E08 (IV) y Legends of Tomorrow S05E01 (V).

Las subsecuentes complicaciones de la Crisis dejan a Supergirl frente a a una caótica amenaza.

Mientras Supergirl se enfrenta a un imitador de Juguetero, Winn Schott vuelve del futuro.

Supergirl ayuda a Winn a enfrentarse a su nuevo temor. Después de que Alex se proponga encontrar evidencias contra Lex, Brainy debe decidir entre ayudar a su amiga o continuar trabajando en secreto para Lex.

Mxyzptlk regresa con una propuesta para Kara. ¿Qué pasaría si pudiese volver atrás en el tiempo y contarle a Lena su secreto antes de que Lex lo hiciese, y así hacer que las cosas fuesen diferentes?. Repasando momentos clave de la serie, Kara debe decidir si quiere cambiar la historia para volver a ser amiga de Lena.

Lex le pide a Supergirl que proteja a Andrea de un extremista anti-tecnología, pero su malvado propósito va más allá de simplemente mantener a Andrea con vida. Mientras tanto, Lena avanza con Non Nocere, con la ayuda de Lex.

Un hombre ataca a Yvette, la compañera de piso de Nia, cuando va tras Soñadora porque no le gusta que sea transgénero y quiere que deje de ser una superheroína.

Alex usa un par de lentillas de Obsidian para visitar una National City virtual donde adopta una nueva personalidad. Mientras tanto, Kelly ayuda a William a investigar a Lex. Kara trata con una noticia difícil.

Lex procede a trazar un intrincado plan para acercar a Lena a él, vencer el último ataque de Leviathan y enfrentar a Supergirl y al equipo contra Leviathan. También se revela cómo Lex llegó al poder después de Crisis on Infinite Earths.

Supergirl y el equipo se enfrentan cara a cara contra Rama Khan y Leviathan; Lena y Lex deben unir fuerzas cuando el Proyecto Non Nocere falla, dejando a los dos hermanos en grave peligro.

Supergirl se da cuenta de que debe trabajar con Lena para detener a Lex y Leviathan; Nia lucha con lo que sus sueños intentan decirle; Brainy se da cuenta de que solo hay una forma de detener a Lex.

Mientras Brainiac yace cerca de la muerte después de intentar detener a Lex, Supergirl y el equipo se disparan para salvarlo, participando en una batalla épica con Gamemnae. Después de vencer a Leviathan, Supergirl dirige su atención a Lex, quien ha usado la plataforma Obsidian para lavarle el cerebro a medio mundo para amarlo y seguirlo a toda costa, sin importar las cosas horribles que haga. Sabiendo lo peligroso que esto hace a su hermano, Lena recluta a todo el equipo (Alex, J’onn, Dreamer, Kelly y Brainiac) para ayudar, pero Supergirl se da cuenta de que la única forma de detener realmente a Lex es sacrificarse.

A medida que las apuestas con Lex aumentan más que nunca, Lena debe decidir hasta dónde está dispuesta a llegar para detener a su hermano. Mientras tanto, Supergirl y el equipo se enfrentan a un desafío diferente a todo lo que hayan enfrentado antes y lleva a Alex a su punto de ruptura.

Supergirl hace un nuevo aliado. Lena y Lex luchan por el control de Luthor Corp.

Supergirl encuentra la oportunidad de escapar de la Zona Fantasma, pero viene con algunas ataduras peligrosas. Mientras tanto, Lena se une a los Súper Amigos en una misión, pero descubre que no está de acuerdo con su plan de acción contra los Fantasmas y se pregunta si realmente está lista para ser parte del equipo.

Nia y Brainy intentan salvar a Supergirl de la Zona Fantasma viajando en el tiempo de regreso a la casa de Kara en 2009. Aunque están decididos a asegurar el artículo necesario para ayudar a Supergirl, Brainy está preocupado por mantener un perfil bajo para no alterar la línea temporal futura. Sin embargo, cuando su barco se estrella al llegar, una joven Kara Danvers es la primera en entrar en escena. Mientras tanto, una joven reportera llamada Cat Grant pone su mirada en Midvale ya que sospecha que hay una gran historia en la pequeña ciudad.

La segunda parte de los episodios de flashback continúa donde terminó el anterior: la joven Kara experimenta la kriptonita por primera vez, Nia y Brainy están atrapados por alienígenas invasores, y una joven Cat Grant puede ser la razón por la que Supergirl no sale de la Zona Fantasma.

Mientras los Super Amigos desafían la Zona Fantasma para llevar a Supergirl a casa, cada miembro del equipo se enfrenta a visiones de su mayor miedo.

Mientras Supergirl y Zor-El regresan a National City, están decididos a dejar atrás la Zona Fantasma y disfrutar siendo superhéroes juntos. Desafortunadamente, su gran esfuerzo fue en vano, creando una nueva amenaza para National City.

Kelly conoce a Joey, un joven alienígena huérfano, que se está comportando mal en un hogar de acogida porque teme que le pase algo a su hermano Orlando, que está encarcelado. Kelly le pide a Kara que la ayude a investigar y se topan con abusos en la prisión. Mientras tanto, Nyxly rompe uno de los sueños de Nia y le pide ayuda.

Supergirl interviene cuando un edificio en los Heights que se reservó para viviendas de protección de repente corre el riesgo de ser vendido a una gran corporación. Supergirl recluta a Orlando para que la ayude a conquistar la ciudad, pero las cosas salen mal cuando aparece Nyxly. Mientras tanto, Nia entrena con su madre.

Supergirl y el equipo deben evitar que Nyxly derrote a un antiguo conocido de Supergirl: el Sr. Mxyzptlk. Mxy regresa y explica la oscura historia de Nyxly al súper equipo de la mejor manera que sabe: en forma de canción. Mientras tanto, Lena visita el lugar de nacimiento de su madre en Terranova, ansiosa por profundizar en su pasado, pero está sorprendida por la fría recepción de la pequeña ciudad hacia ella.

Kelly se horroriza cuando el edificio Ormfell se derrumba, hiriendo a muchos en la comunidad, incluido Joey. Sin embargo, su horror se convierte rápidamente en frustración cuando se da cuenta de que el hospital está desbordado, la gente se está enfermando más y nadie viene a ayudar, incluida Supergirl, que está ocupada luchando contra Nyxly. Sabiendo que puede marcar la diferencia, Kelly acepta su poder y asume plenamente su papel de Guardian. Junto a Supergirl, Alex, Diggle y su equipo, Guardian lidera el camino para restaurar la justicia en la comunidad caída.

Supergirl y el equipo compiten con Nyxly por el control de un tótem mágico que controla el valor. Supergirl y Nyxly luchan y cada una obtiene una parte del tótem, pero descubren que la primera persona que pase la prueba de valor obtendrá el control de todo. Mientras tanto, Lena sigue luchando por darle sentido a su nuevo don.

Lena no está segura de usar sus habilidades mágicas para ayudar a Supergirl a recuperar el segundo tótem de Nyxly. William se esfuerza en escribir una historia sobre los Súper Amigos que haga felices tanto a los héroes como a Andrea. Mientras tanto, Kelly está encantada de que Esme haya encontrado un nuevo hogar, pero las cosas salen mal y el futuro de la niña corre peligro.

Supergirl continúa luchando contra Nyxly por los tótems restantes, pero después de que Nyxly secuestre a William, Supergirl se da cuenta de que necesita adoptar una postura más proactiva para mantener a National City a salvo. Mientras tanto, Alex se enfrenta al mayor desafío de su vida.

Kara escribe la historia de sus sueños para Catco, pero cuando la ciudad es atacada repentinamente por un monstruo de pesadilla al mismo tiempo que su entrevista, se ve obligada a analizar seriamente su vida y decidir si puede continuar viviendo como Kara y Supergirl. Mientras Dreamer toma la iniciativa en la búsqueda del Dream Totem, que puede vencer al monstruo de pesadilla en National City, se da cuenta de que necesita pedirle ayuda a su hermana Maeve.

Supergirl y el equipo deben enfrentarse a las consecuencias de luchar contra sus dos mayores enemigos al mismo tiempo. Mientras, Alex planea la forma perfecta de declararse a Kelly, pero el trabajo sigue impidiéndolo.

Supergirl está decidida a mantener a todos a salvo de Lex y Nyxly, por lo que se duplica en la patrulla, especialmente cuando se acerca la despedida de soltera de Alex y Kelly. Alex se debate entre el deber y finalmente permitirse el tiempo para disfrutar de su nueva familia. Brainy recibe noticias desgarradoras, y William choca con Andrea por su reciente cobertura de Lex.

Supergirl y las súper amigas toman medidas drásticas después de que Nyxly y Lex secuestraran a un ser querido. Un aliado poco probable interviene para ayudar al equipo.

Supergirl se une a caras conocidas del pasado para ayudarle a detener a Lex y Nyxly para siempre. Mientras tanto, Alex y Kelly se preparan para caminar por el pasillo.