Alex, Shelby, Nimah et Natalie restent à Quantico pour les fêtes de fin d'années et son invitées, via Shelby, à la soirée du nouvel an chez Clayton et Claire Haas, sénatrice et candidate à la vice-présidence. À New York, ces dernières, soupçonnant un dîner de donateurs d'être la cible de la prochaine attaque, découvrent Simon ligoté avec le détonateur d´une bombe à la main…

Trois mois après le second attentat survenu au centre de commandement d'urgence du FBI, Elias Harper, qui s'est suicidé après avoir reconnu son implication dans les deux attaques, fait figure de suspect unique aux yeux de tous, sauf pour Alex, persuadée qu'Elias a agi sous la contrainte. Un an plus tôt à Quantico, Miranda testait l'esprit d'équipe et de compétition de ses recrues en faisant s'affronter deux promotions autour d'un exercice de prise d'otages.

Alors que la sénatrice Claire Haas est venue rendre visite aux recrues, le groupe terroriste infiltré par Raina lance une attaque contre l'Académie de Quantico, grâce à l'aide fournie par le fils de Miranda. Chargée d'une nouvelle mission par le terroriste à New York, Alex découvre que la prochaine cible n'est autre que la sénatrice Haas…

À Quantico, l'exercice du jour consiste à gérer une situation de crise sur un avion de ligne où des pirates de l'air ont pris le contrôle de l'appareil. Des mois plus tard, Alex peut désormais compter sur l'aide d'Hannah Wyland pour déjouer les plans du terroriste. Ce dernier leur demande de placer une puce électronique dans la salle de l'université de Columbia où la sénatrice Claire Haas doit prononcer un discours…

Désormais directeur de Quantico depuis l'éviction définitive de Miranda, Liam demande aux

recrues de remplir des demandes d'accréditation, parmi lesquelles certaines soulèvent des

interrogations. À New York, Alex obtient de Claire Haas qu'elle la conduise à son fils Caleb,

disparu depuis la mort de son père dans le second attentat…

Les recrues étudient les dossiers des attentats les plus récents commis sur le sol américain. Alex en profite pour en savoir plus sur l'attentat d'Omaha, que son père et Liam n'ont pu empêcher. À New York, Alex suit les instructions de Drew à bord de la voiture piégée par une bombe. La voix du téléphone n'est pourtant pas celle de Drew puisque Simon et lui se réveillent ligotés dans une pièce dont la porte est reliée à un explosif…

Après vingt semaines de formation, les recrues reçoivent leur badge et célèbrent leur dernier jour à Quantico. Un an plus tard, Alex, Caleb, Shelby, les jumelles et Simon comprennent que l'ultime action du terroriste consiste à faire exploser la bombe nucléaire à Quantico lors de la remise des diplômes de la nouvelle génération d'agents du FBI…