Mac y Jack intentan rescatar al hijo de un multimillonario después de que él es secuestrado por un ex SEAL de la Marina que usa un arma EMP para cortar la corriente eléctrica y las líneas de comunicación al rascacielos de Shanghai donde vive el niño.

Cuando MacGyver lleva a Riley y Bozer a la naturaleza para un fin de semana de entrenamiento de supervivencia, las cosas cambian cuando se encuentran con un violento grupo de delincuentes que buscan en el bosque una caja de dinero perdida. Además, Jack y Matty acompañan al exmarido de Matty y a su familia en un viaje para introducirles en un programa de protección de testigo.

El tratamiento experimental secreto contra el cáncer que Mac está desarrollando con un amigo se descubre cuando los culpables saquean su laboratorio, secuestran al compañero de Mac y planean utilizar la investigación para crear un nuevo y poderoso agente nervioso.

Mac y Desi viajan con Bozer a la casa de su infancia cuando su tía muere en un trágico accidente, sin embargo, pronto descubren que puede haber sido asesinada por exponerse al agua contaminada de la ciudad. Además, Riley, Matty y Russ continúan siguiendo pistas en su investigación de nano-rastreadores.