Brian Mills erhält von seiner Chefin Christina Hart den Auftrag, Rache am Mörder seiner Schwester zu üben – doch er ignoriert den Befehl. Stattdessen findet er sich zum Start der zweiten Staffel in einem US-Geheimgefängnis auf mexikanischem Boden wieder, wo er um sein Leben kämpfen muss. Brian schafft es, mit einer Reihe gefährlicher Manöver seine Flucht in die USA vorzubereiten. Doch dann werden er und eine junge Frau von Menschenhändlern gekidnappt und Bryan muss seine Pläne erheblich ändern. Hart zieht unterdessen mit ihrer Geheimdienst-Erfahrung ein paar Strippen und gelangt an eine hochpotente neue Software, die Mills aufspüren könnte. Bei ihrer Suche nach ihm schreckt sie auch vor ungewöhnlichen Allianzen nicht zurück: Sie engagiert Kilroy, einen Hacker, den sie zuvor ins Gefängnis gebracht hat, und Santana, die wegen Fehlverhaltens von der Army gefeuert wurde.

Hart macht eine Solo-Mission, um den Mentor aufzuspüren, der sie betrogen hat, und das Team versucht, sie zu finden, bevor es zu spät ist.