Los protagonistas siguen explorando la Aldea Oculta de la Niebla, donde no tardarán en descubrir que algunos seguían aspirando a que fuera la Aldea de la Niebla Sangrienta como antaño y tienen un plan para lograrlo.

Con los Siete Espadachines de la Niebla reunidos, estos planean iniciar una revolución para recuperar las viejas maneras del lugar. Boruto no está dispuesto a permitirlo y tiene un plan para acabar con todo antes de que se convierta en un conflicto mayor.

Llega el examen de graduación y aunque el teórico resulta sencillo a los protagonistas, el práctico se complica con la aparición de Kakashi como responsable del mismo. El Sexto no parece dispuesto a dejar que haya ninjas sin motivación.

Boruto está cansado de misiones de poca importancia y quiere algo más grandioso, así que cuando reciben el encargo de detener el atraco a un banco cree que es su momento para lucir genial, pero...

Boruto y Shikadai enfrentan a Ryogi y a su jefe, pero su joven amigo no parece querer entrar en razón. Todo queda claro cuando descubren que puede estar bajo el efecto de un genjutsu.

El Equipo 7 se encuentra con un Zetsu blanco enorme que parece estar fuera del alcance de las capacidades del equipo. Ante la sorpresa inesperada, Konohamaru decide enfrentarlo él en solitario y mandar a los niños de regreso a casa. ¿Lo aceptarán?

Llega la segunda fase del examen de Chuunin, pero los Ootsutsuki están causando problemas y atacan a Gaara. ¿Qué pretenden? Mientras los jóvenes siguen con las pruebas, los adultos buscan soluciones.

Sarada y Boruto se enfrentan a Shinki en un combate de todos contra todos en la final del examen de chuunin. El hijo del Kazekage es demasiado fuerte y Boruto deberá recurrir a lo que le dio Katasuke.

Naruto ha sido secuestrado y mientras sus captores intentan extraerle el chakra, él se replantea su relación con su hijo. Es entonces cuando Sasuke y el resto de los kages aparecen acompañados de Boruto para intentar rescatarlo.

Chouchou quiere encontrar un novio apuesto, aunque su ideal es el famoso actor Tomaru. Usando la técnica secreta de su clan intentará buscar un buen novio, pero ¿podrá ser esa persona...?

Sarada y Boruto quieren encontrar a Mitsuki, en quien todavía confían pese a todo, así que buscan respuestas con Orochimaru. En la aldea, Naruto da explicaciones sobre por qué acepto al hijo del peligroso criminal Orochimaru en Konoha.

Boruto y el resto encuentran a uno de los shinobi que se fueron con Mitsuki, pero no parece tener intención de dejarlos llegar hasta su amigo.

Tras haber sido traicionado por Mitsuki, Boruto intenta evadirse de la realidad, así que Galaga intervendrá. Sus amigos mientras tanto intentarán decidir si regresar a Konoha o seguir a Mitsuki.

Ounoki se lleva a Boruto a un sitio conocido como Sanzugahara, un lugar donde antiguamente entrenaban los shinobi de la roca y del cual no se puede salir si no se cumple cierta condición: encontrar la piedra del corazón.

Ahora que Mitsuki ha atacado a Kuu, Boruto y Sarada siguen su combate contra Kirara, aunque contará con un aliado inesperado.

Con el día de padres e hijos, Chouji competirá en un concurso de comida junto a Chouchou para poder demostrar a su esposa cuál es su encanto.

Namida lastima a sus compañeras con su llanto y se propone hacerse fuerte para no volver a llorar, con lo que la profesora Hanabi decidirá entrenarla duramente para que logre su objetivo.

Boruto, Sarada y el resto se encuentran con Juugo, quien se transforma en un monstruo debido a su sello maldito y parece tener relación con lo que ocurre con las aves de la zona.

Tras haber revelado Tosaka sus verdaderas intenciones, ahora intenta dar comienzo a la parte final de su plan: usar a Juugo para hacer algo con el Sello Maldito.

Mirai parte orgullosa en una misión superior en importancia a una de clase S en la que acompañará al Sexto Hokage, Kakashi... y a Guy.

El hostal con aguas termales en el que se alojan Kakashi, Mirai y Guy parece encantado, y cuando Guy ve un fantasma, se asusta tanto que Mirai no tiene más remedio que investigar para demostrar que los fantasmas no existen.

Mirai está ante el responsable de las aguas termales que permiten ver a los muertos, pero como no podía ser de otra forma, hay algo sospechoso en todo lo que ocurre y ella está dispuesta a descubrirlo.

Konohamaru salva a una mujer llamada Lemon mientras es perseguida por un grupo de personas. Para que pueda continuar su visita en paz, Konohamaru y Boruto actúan como sus guardaespaldas.

Konohamaru y Boruto corren a la aldea de Lemon para rescatarla. Pero cuando llegan a la boda, el sello del Soma se ha roto, lo que permite que resucite y una vez más ataque a las personas.

Mientras Boruto y Shinki se dirigen a la frontera de la Tierra del Fuego, Urashiki comienza a perseguirlos para obtener al Shukaku.

Urashiki comienza a atacar. Boruto está excluido de una misión con todos los otros genin para ayudar porque fue atacado previamente. Sasuke y Boruto forman un equipo de dos hombres y permanecen en el pueblo, anticipando la llegada de Urashiki.

Urashiki aparece de repente ante Boruto, Sasuke y Naruto e intenta extraer el chakra del Nueve Colas de Naruto. Cuando el jutsu de sellado colocado sobre Naruto le impide tomarlo, Urashiki atrapa a los demás y secuestra a Naruto.

El poder de Urashiki es inmenso y parece ser capaz de ver el futuro como él mismo declara, pero tiene que haber algún truco tras su técnica.

El deseo de Sumire se hace realidad y se une al Equipo de Herramientas Científicas Ninja, dejando solo a Wasabi y Namida en el Equipo 15. Un nuevo miembro, Tsubaki Kurogane, una joven que proviene de la Tierra del Hierro, se une a ellos.

Inojin no es capaz de hacer el Shintenshin no Jutsu correctamente, así que decide pedir ayuda a su mamá para entrenar, y Chouchou accede a darle también una mano en el entrenamiento.

Benga, el jefe de los guardias, ordena a sus hombres que busquen en toda la prisión al ladrón de la tarjeta. En espera de la inspección, Boruto y Mitsuki ya están seguros de que el culpable está entre sus compañeros de celda.

Boruto, Mitsuki y Kokouri escapan con destino al tanque de agua que confían que Sarada llenó, pero esta tiene sus propios problemas y se encuentra en una situación de vida o muerte.

¡El señor feudal de la Tierra del Fuego se entera del secuestro de su hijo y ahora debe actuar lo antes posible! Boruto termina escuchando y decide intentar ayudar...

Desde que Sumire Kakei fue transferida al Equipo Científico de Armas Ninja, Tsubaki Kurogane, quien vino de Iron Country, ha sido incluida en el Equipo 15. Aunque Tsubaki se une al equipo, independientemente de si es una excelente samurai que está orgullosa Por sus habilidades de alto nivel, los resultados de las misiones de su equipo han sido incluso peores de lo esperado.

Usando información obtenida de Shojoji, el líder de la Banda Mujina, Sai y Sasuke viajan a la Aldea de la Lluvia Oculta para encontrar un lugar que se cree que es el escondite de una organización conocida como "Kara, el Husk".

Dejando a Mitsuki al cuidado de Yubina, un médico y amigo de Mugino, Boruto y los demás van a un mercado negro en la Tierra del Silencio, un lugar de reunión peligroso y sin ley para ninjas deshonrados. El equipo 7 llega a una tienda ubicada en el distrito más peligroso cuyo propietario conoce las últimas noticias. Después de una pelea con los guardaespaldas, el equipo finalmente se prepara para pedir información al comerciante.

Boruto y el equipo finalmente alcanzan a los verdaderos ladrones, dos hermanos ninja de la Tierra de Kasumi. Yuga usa un Jutsu Prohibido para convocar a un monstruo y lo sella a él y al equipo dentro de una barrera fuerte. Naruto insiste en derrotarlo y salir de la barrera. Pero Mugino sostiene que se deben evitar las peleas innecesarias ya que no saben cómo contrarrestar este jutsu especial.

Boruto y Sarada convalecen en el Leaf Hospital mientras Mitsuki regresa a Orochimaru's para recibir tratamiento. Para Boruto y Sarada, su incapacidad para luchar contra Deepa pasa de la frustración a la resolución. Mientras tanto, Konohamaru le da al Hokage su informe sobre el incidente, y para investigar la conexión con Kara más a fondo, pide que se le permita vigilar la compañía de Victor.

Bajo la atenta mirada de Kakashi, Boruto logra potenciar su propio estilo de Rasengan. Y demuestra su progreso en una batalla contra un oponente elegido por Kakashi. Mientras tanto, Sasuke y Sakura cambian de lugar para entrenar a su hija. Con firme determinación, Boruto y Sarada continúan su formación y comienzan a ver los resultados de su arduo trabajo.

Boruto y Sarada se apresuran al laboratorio de investigación de Víctor, donde encuentran una planta horrible que roba el chakra de las personas cercanas. Mientras trabajan con Konohamaru para tratar de controlarlo, ¡aparece Deepa!

El Clan Yamanaka, que ha estado rastreando el tráfico entrante y saliente de la aldea con sus habilidades sensoriales avanzadas, encabeza un plan para crear un nuevo sistema sensorial y se lleva a cabo una prueba operativa.

Boruto, Sarada y Mitsuki están asignados para llevar a cabo las misiones del Equipo 7 por sí mismos hasta que Konohamaru regrese de una misión inesperada. Boruto se encuentra con Mugino en la ciudad y termina yendo a su casa por invitación de Mugino.

El equipo 7 ha llegado a un centro de investigación de alta tecnología junto con Katasuke. Allí, terminan encontrándose con algunas caras conocidas. La misión ha terminado sin incidentes y Boruto está listo para regresar a casa. Sin embargo, deben hacer más. Boruto y sus amigos terminan cooperando en una prueba de funcionamiento de una herramienta Scientific Ninja que está en desarrollo. Boruto no está contento al principio, pero a medida que continúa la prueba, sus sentimientos comienzan a cambiar. Mientras eso sucede, el Equipo 7 recibe una nueva asignación urgente del Hokage.

Boruto y el resto combaten contra Ao, quien parece haber dejado atrás por completo su pasado como shinobi para afianzarse en la idea de que no es más que una herramienta... tras haber matado a Mugino.

Con Kawaki atrapado en el Laboratorio de Herramientas Científicas, intentan descubrir más sobre sus intenciones y si es peligroso. El popio Hokage tomará la decisión de ir a verlo e involucrarse en el tema, pero Kawaki intentará huir antes de que llegue.

Boruto y Naruto tienen otro kumite shinobi y Kawaki comprueba que no todos los entrenamientos entre padre e hijo tienen que ser como los que él vivió. Aprovecharán para intentar saber más del karma y enseñar a Kawaki sobre qué significa ser un shinobi.

Sasuke llega a un sitio misterioso para descubrir su conexión con Jigen y Kara. Mientras tanto, Boro se dirige a sus discípulos. Les habla de un sueño en el que salvó a todas las almas. Afirma que este mundo está podrido pero que hay un camino a la salvación.

Boruto, Sarada, Mitsuki y Kawaki, finalmente lograron llegar a la otra dimensión donde Naruto fue secuestrado. Lo lograron usando un 'Ninjutsu de espacio-tiempo' a través de Boruto y el Karma de Kawaki. Naruto ha sido sellado en un ataúd en forma de cuenco allí. Boro, un miembro de 'Kara', lo ha estado vigilando mientras ha estado en su poder. Para sacar a Naruto, Boruto y sus compañeros pasan a la ofensiva en una sucesión de ataques contra Boro. Sin embargo, son arrinconados por Boro, quien emite una misteriosa 'Black Haze' que les hace perder el control sobre sus propios cuerpos. Para superar esta situación, se retiran temporalmente y luego comienzan a incorporar a Kawaki en un nuevo equipo de cuatro hombres. Y así, el Nuevo Equipo 7 se forma con Sarada como su líder mientras se embarcan en sus medidas contraofensivas.

Con la incorporación de Kawaki, el nuevo equipo 7 coopera para contraatacar a Boro. Sin embargo, ¿¡los asombrosos poderes de regeneración de Boro lo resucitan !?

Boruto envía a Konohamaru y a Sai a investigar la secta de Boro para encontrar pistas sobre Kara.

Con la intención de conseguir la ayuda de Konoha, Amado les cuenta a Naruto y sus compañeros toda la verdad sobre Jigen y su relación con los Ootsutsuki.

Boruto, Naruto y Sasuke se enfrentan a Isshiki y Amado les revela más sobre el Árbol Divino y su crecimiento.

Tras la derrota de Isshiki, el grupo tiene que regresar a la aldea, donde aún recibirán malas noticias que se verán obligados a ocultar al resto.

Dan comienzo los duelos finales del examen de chuunin y Sarada ya comienza a preocuparse, puesto que Boruto y Mitsuki no han llegado. Mientras tanto, se desarrolla el primer combate: Inojin contra Hoki. ¿Quién ganará? ¿El hijo de Sai o el pupilo de Sai?

El siguiente combate en el examen de chuunin enfrenta a Sarada y a Chouchou, dos buenas amigas que deberán darlo todo lo una contra la otra... si pueden.

Naruto intenta que Kawaki aproveche sus habilidades para convertirse en shinobi, pero dada su capacidad no quiere que haga ningún examen, solo que forje vínculos con el resto de jóvenes de Konoha y lo envía a misiones con ellos, pero la actitud de Kawaki deja mucho que desear.

Kawaki sigue adelante en solitario con Mozuku pese a las advertencias de sus compañeros, pero este muchacho de la Calma tal vez pueda enseñarle una lección.

El Equipo 7 recibe la misión de escoltar a Katasuke a la Aldea Oculta de la Niebla. Allí Boruto decide que intentará visitar a su amigo Kagura para ver cómo está.

El Equipo 7 se dirige al rescate del equipo de Denki junto a Kagura y los criminales en los que ha decidido confiar, pero los piratas Funato controlan las aguas, lo que hace que el viaje pueda tener complicaciones.

La situación contra los Funato se sale de control cuando Boruto y el resto descubren un fuerte móvil con una Herramienta Científica Ninja enorme que podría hundir el barco en el que van Sarada y el equipo de Denki.

Boruto sigue su viaje en el barco de Ikada para conseguir las piezas, y en su transcurso se conocen mejor y forjan amistad, pero el joven constructor de barcos tiene cierto secreto... o dos.

Los piratas Funato lanzan su ataque completo contra la Niebla y Boruto y sus compañeros se ven inmersos en una guerra de repente.

Los Funato se acercan a la aldea donde Kagura, Boruto y el resto los esperan, pero una avanzadilla pone en peligro el plan. Mientras, Hebiichigo sigue desconfiando de las palabras de Kagura de que los dejarán libres a cambio de su ayuda.

En los Funato la cadena de mando se sacude, pero mientras tanto, Boruto y el resto se preparan para proteger el pueblo tal y como habría querido Kagura.

Ikada lidera el ejército de los Funato tras todo lo ocurrido con su hermana y Boruto no puede evitar sentirse culpable. Las ansias de venganza abundan en ambos bandos, pero Boruto está convencido de que puede hablar con Ikada y detener el ciclo de odio.

Boruto ya está cara a cara con Ikada. ¿Conseguirá convencerlo para que dejen las armas y se consiga una solución pacífica al conflicto?

Tras la batalla con los Funato, Boruto está preocupado por cuál será el futuro de su amigo Ikada, quien pese a haber liderado el ataque, también fue quien lo detuvo.

Naruto recibe una petición para participar en una películay acepta, pero cuando llega el momento de rodar, no se acordaba y tendrá que decepcionar a Himawari. Por suerte, Konohamaru se ofrece a reemplazarlo en el papel, aunque el rodaje es... complicado.

Ahora que el Equipo 7 ha vuelto a Konoha, se ven involucrados en unos ataques no letales a antiguos shinobi usuarios de Fuuton. Mientras, Mitsuki busca a Mikazuki, su gato, quien parece haber desaparecido.

Kawaki acude a la academia, pero no para estudiar, sino para proteger a una princesa que allí estudiará temporalmente, aunque Himawari sospecha algo.

Himawari y sus compañeros de clase quieren recorrer la academia en plena noche para explorar los siete terroríficos misterios de las leyendas, pero Kae tiene sus propios planes.

Cuando Himawari se acerca a Osuka para hablar con ella, el que la compañera de la hija de Naruto sea hija de famosos actores hace que la secuestren, ¡y se llevan también a Himawari!

Kawaki sigue investigando el incidente de Kae, pero es entonces cuando cierto personaje descubre que ocultaba algo que ni ese personaje sabía de sí...

La profesora Hana parece haber matado a Kae y los estudiantes están confundidos, pero Himawari está convencida de que su amiga sigue viva, así que parte a su rescate junto a Kawaki.

Boruto acompaña a Sasuke a un entrenador de halcones para obtener un halcón mensajero.

Allí, Boruto y Sasuke escuchan sobre una persona que vende animales raros y deciden investigar. Boruto luego se hace amigo de un chico llamado Tsuzura Shitakiri. Debido a su madre, Tsuzura no va a la escuela y ha renunciado a las cosas que realmente quiere hacer. Su único amigo es un halcón que no puede volar debido a una lesión. Él cuida bien de este halcón con la esperanza de que pueda volar los cielos una vez más.

Boruto se queda dormido en Thunder Train y se despierta en un lugar desconocido junto con los otros pasajeros. Un misterioso individuo conocido como Ouga los obliga a participar en un juego de muerte disfrazado de experimento: ¿quién vencerá con éxito este juego y saldrá vivo?

Boruto vuelve a despertar para descubrir que está de vuelta donde se encontró por primera vez.

Sasuke es atacado por Meno, el guardián del Observatorio, y luego envenenado. Justo cuando piensa que todo ha terminado, es rescatado por Sakura, que se ha infiltrado en el Observatorio como médico. Ella consigue que Sasuke sea reasignado para ayudarla, y comienzan su investigación encubierta. De la información que Sakura trae, aprenden que las Ultra Partículas fueron las que curaron al Sabio de los Seis Caminos, pero para averiguar dónde se encuentra, necesitan obtener un documento llamado el Mapa de los Cielos. Deciden buscarlo en la biblioteca del Observatorio.

Sasuke y Sakura trabajan juntos para recopilar información sobre las Ultra Partículas. Desafortunadamente, todavía hay mucho que no saben, y no pueden averiguar dónde obtener respuestas. Eventualmente, Sasuke encuentra una pista sobre el paradero de las Ultra Partículas de algo que su compañero de celda menciona. Mientras tanto, Sakura descubre una pista para desentrañar el misterio del Mapa de los Cielos de un juego llamado Star Lines. Habiendo finalmente reunido la información que necesitan, Sasuke y Sakura intentan obtener las Ultra Partículas. Sin embargo...

Code adora a Isshiki Otsutsuki, quien fue derrotado por Boruto y sus amigos. Para conocer a cierta persona, visita la instalación que anteriormente pertenecía a Boro. Al igual que Kawaki, Code sobrevivió milagrosamente a los experimentos destinados a ayudar a seleccionar una nave para Isshiki, y posee un poder mayor que incluso Jigen. Ha jurado venganza contra Boruto y Kawaki por destruir a Isshiki.

Mientras tanto, las marcas de garras dejadas por Code se descubren a las afueras de Hidden Leaf Village. Mientras el Hokage y los demás toman precauciones, Boruto le propone una idea a Kawaki.

Debido al riesgo de que Code intente matar a Boruto y Kawaki, se les asignan guardias. Boruto está harto de ser observado todos los días. Mientras tanto, Kawaki escucha una conversación entre Shikadai e Inojin y aprende a deslizarse más allá de su guardia y el sistema sensorial de la Aldea. Una vez que decide que debe hacer lo que sea necesario para proteger a Naruto y la Hoja Oculta, entra en acción. A pesar de sus agudas habilidades sensoriales, Naruto y el equipo sensorial de la aldea no son conscientes de lo que está sucediendo. Pero Boruto siente una sensación extraña que le permite detectar los movimientos de Kawaki.

Boruto llega para ayudar a Kawaki a derrotar a Code. Para igualar las increíbles habilidades de combate de Code, Boruto activa su Karma. En respuesta, Code activa su propio Karma. A medida que la batalla se intensifica, Kawaki se preocupa de que Momoshiki pueda tomar el control de la conciencia de Boruto. Mientras tanto, en la Aldea de la Hoja Oculta, Boruto y Kawaki habían desaparecido sin que nadie se diera cuenta. Naruto decide hacer su propia investigación para averiguar a dónde fueron.

Boruto toma una decisión desesperada para evitar que Momoshiki vuelva a hacerse cargo de su conciencia. Mientras tanto, Kawaki hace retroceder a Code usando el Karma que Amado revivió. Dispuesto a hacer lo que sea necesario para eliminar a cualquiera que sea una amenaza para Naruto, Kawaki lucha con un poder abrumador. Shikamaru se sorprende por su fuerza, y Code aprende la diferencia en sus poderes. Boruto y Kawaki han superado varios obstáculos como hermanos, pero una sombra preocupante comienza a cernirse sobre su relación. Como dijo Momoshiki una vez, ¡se acerca el fatídico momento que le quitará todo a Boruto!