Im Mittelpunkt der Geschichte steht Boruto Uzumaki, der Sohn des siebten Hokage und Held des Dorfes Konohagakure, Naruto Uzumaki. Eines Tages rettet Boruto Denki Kaminarimon, der Sohn eines wohlhabenden Geschäftsmanns, als er von Schlägern bedrängt wird. Die beiden Jungen stellen fest, dass sie beide eine problematische Beziehung zu ihren Vätern haben und freunden sich an.

Klassenlehrer Shino ruft Boruto, Shikadai und Mitsuki zu sich. Shino scheint irgendwie anders zu sein als sonst und so zweifeln die Jungs an ihm. Doch plötzlich werden sie von ihm unvermittelt angegriffen. Shino, der vom Aburame-Klan stammt, welcher Jutsus mit Käfern benutzt, greift sie unerbittlich an. Mitsuki ist der einzige, der weiterhin ruhig bleibt und Shino ins Visier nimmt.

In letzter Zeit spürt Chocho immer wieder den unangenehmen Blick eines verborgenen Feindes auf sich. Halb aus Angst, halb aus Zorn, schwört sie den Übeltäter dingfest zu machen.

Der Chakra-Schatten, der Menschen kontrolliert und sie randalieren lässt, breitet sich immer weiter im Dorf aus, doch nur Boruto ist in der Lage, den Schatten zu sehen. Eines Abends träumt er davon, dass er von einer mysteriösen Person ein Dojutsu erhält. Boruto ist daraufhin ganz aufgeregt, weil er hofft, dass endlich das Byakugan in ihm erweckt wurde.

Nachdem er etwas von Mitsuki gehört hat ist Boruto ununterbrochen unterwegs, um zu verhindern, dass weitere Vorfälle passieren und der Verbrecher nicht weiterhin sein Unwesen treibt! Währenddessen erscheint ein außerirdisches Biest namens „Nue". Die näher rückende Gefahr für das Dorf ruft sogar den pensionierten sechsten Hokage Kakashi Hatake auf den Plan.

Sakura wurde von Shin Uchiha in sein Versteck entführt. Um sie zu finden beschließen Sasuke und Naruto, bei Orochimaru nach Informationen zu suchen und werden fündig. Orochimaru erzählt ihnen alles über sein damals entflohenes Experiment: Shin Uchiha. Dieser erklärt unterdessen Sakura alles über die Entwicklung des Menschen und welche Rolle die Gene dabei spielen.

Die frisch gebackenen Genin werden in Dreierteams aufgeteilt. Von Teamgeist ist bei den drei ehemaligen Klassenkameraden Sarada, Mitsuki und Boruto jedoch nichts zu spüren. Die Streithähne Sarada und Boruto werden sich nicht einig und so bittet Sarada schließlich darum, in ein anderes Team wechseln zu dürfen. Ihr Gesuch müssen die drei allerdings beim Siebten Hokage persönlich stellen.

Der Kampf gegen den Weißen Zetsu läuft. Schnell müssen Boruto und sein Team feststellen, dass es sich bei ihm um einen starken Feind handelt. Mit vereinten Kräfte können sie ihn zwar zurückdrängen, jedoch gelingt ihm die Flucht. Werden Sie den Weißen Zetsu noch erledigen können?