דרמת חקירות העוקבת אחרי מה שקורה בתוך סניף האף-בי-איי בניו יורק. חברי יחידת העילית הזו ישתמשו בכל היכולות, הכישרונות, החכמה והמומחיות הטכנית שבידיהם כדי לשמור על תושבי העיר והמדינה.

לאחר שמספר אנשים מתים מהרעלה לאחר שאכלו במעדנייה במנהטן, הסוכנים בל וזידאן מגלים חשודה מפתיעה.

בעקבות הופעת צעירה עם פצעי דקירה קשים, סוכני האף-בי-איי פותחים במצוד אחר רשת אכזרית של סחר בנשים.

בל וזידאן מאתרים צלף שמניין הקורבנות שלו עולה ותוך כדי כך מגלים שהמצב מורכב משחשבו.

במהלך תרגיל בכור גרעיני נרצחת חוקרת מטעם משרד המפקח הכללי שחקרה את נהלי הבטיחות בכור. במהלך חקירת הרצח מתבררות עובדות חשובות.

בתו הפעוטה של סנטור נחטפת ובמהלך החקירה לאיתורה נחשפים פרטים אפלים מעברו של הסנטור.

פושעים מתחזים לשוטרים ושודדים כלי רכב משוריינים שמובילים כסף. הצוות חוקר מקרה שוד שהולך ומסתעף.

מומחה רוסי לנשק כימי נחטף מרחובות ניו יורק, הסוכנים בל וזידאן מנסים לעלות על עקבותיו ולאתר את חוטפיו לפני שיספיקו להשתמש בידע שלו.

עד מפתח והמרשל המאבטח אותו נרצחים ברחוב, מגי ואו-איי מוכרחים למצוא מהר את האיש שהדליף את המידע ואפשר את הרצח.

סוחר נשק לא חוקי שהפך למודיע נרצח ואו-איי שדומה לו במראהו מתחזה אליו ופועל כסוכן סמוי במטרה לעצור עסקת נשק מסוכנת.

חקירת רצח של שתי נשים בניו יורק מסתבכת כשמתגלה קשר לרשת לסחר בסמים והצוות עובד בשיתוף פעולה מול סוכנת סמויה של האף-בי-איי.

פוליטיקאי ימני קיצוני נרצח באוניברסיטה בניו יורק וצוות האף-בי-איי מנסה לחדור לארגון הקיצוני החשוד באחריות לרצח. אחותו הצעירה של או-איי שלומדת באותה אוניברסיטה מסתבכת בפרשה.

צוות האף-בי-איי בניו יורק מתערב בחקירת שוד בנק שבמהלכו נהרג שוטר. הצוות מנסה לאתר צמד של גבר ואישה שמסתובבים בעיר ושודדים עסקים באיומי אקדח.

בעקבות רצח של עיתונאי חוקר, הצוות מאתר חשוד הקשור למקרי רצח קודמים. מותו של הקורבן גם מעורר אצל מגי זיכרונות הקשורים לאירוע טראומתי בחייה האישיים.

בעקבות חבילת נפץ שמתפוצצת במשרד בוול סטריט נפתחת חקירה שחושפת יחסי איבה בין העובדים בתחום הפיננסים. במקביל, המטה שולח נציג שיפקח על עבודתה של דנה מוזר, למורת רוחה.

נערה מבית עשיר נחטפת ומגי ואו-איי נחרדים לגלות שהחוטפים מתכוונים לעשות הרבה יותר מחטיפה כדי לזכות בפרסום.

רוצח סדרתי רוצח צעירות ומותיר את גופותיהן כשהן מסודרות בקפידה בתנוחה מסוימת ומאופרות. צוות האף-בי-איי צריך לפענח את המקרה בזמן שמופעל עליו לחץ כבד מצד העירייה המנסה להסתיר את הפרשה.

סוכן של רשות ההגירה רוצח את כל משפחתו, ויחידת הנמלטים של האף-בי-איי יוצאת אחריו למצוד, אבל מאחר והוא סוכן מיומן, הוא מכיר את כל הטריקים שלהם, ויודע בדיוק איך לחמוק מהם.

דרמת חקירות מבית היוצר של זוכה האמי דיק וולף, העוקבת אחרי מה שקורה בתוך סניף ה-FBI בניו יורק. חברי יחידת העילית הזו ישתמשו בכל היכולות, הכישרונות, החכמה והמומחיות הטכנית שבידיהם כדי לשמור על תושבי העיר והמדינה.

בכיר בממשל המצרי מגיע להשתלת לב בניו יורק ויחידת האף-בי-איי צריכה לדאוג לבטיחונו ולהגן עליו מפני כל הרוצים לפגוע בו.

בל ואו-איי חוקרים רצח מסתורי של סוכן אף-בי-איי מחוץ למועדון לילה, העניינים מסתבכים כשאשתו של הקורבן שגם היא סוכנת אף-בי-איי מנסה להתערב בחקירה.

בפרק הסיום, מגי קובעת פגישה עם אנג'לה פרז, אבל היא לא מגיעה, ומגי משוכנעת שיש לכך קשר הדוק לרצח בעלה. היא נחושה להוכיח שהיא צודקת ולזכות סוף סוף בסגירת המעגל שהיא זקוקה לה נואשות.

עונה שנייה לדרמת החקירות מבית היוצר של דיק וולף, העוקבת אחרי מה שקורה בתוך האף-בי-איי בניו-יורק. יחידת העילית ישתמשו בכל היכולות, הכישרונות, החכמה והמומחיות שבידיהם כדי לשמור על תושבי העיר והמדינה.

בנו של אמא בלוגרית ידועה נחטף, והצוות צריך לחפש את האשם בין 2 מיליון העוקבים שלה. כריסטן ממשיכה להסתגל לחיים כסוכנת שטח עם שותפה החדש, סקולה.

כשמתפוצצת מכוניתה של מתמודדת לנשיאות מתחיל מרוץ נגד הזמן למצוא את המפגע, ובמהלך החקירה נחשף סוד אפל מעברה כתובעת.

ירי במועדון היפ-הופ מוביל את צוות החקירה לבדוק כיוון של פשע שנאה על רק גזעני, אולם מגי לא משוכנעת שזה כך.

ג'ובל ניצב בפני החלטה גורלית. הצוות חוקר את היעלמותו של נהג משאית שנראה אזרח תמים ושומר חוק.

הצוות חוקר מקרי רצח שקשורים לסחר במידע פנים באמצעות נערות פיתוי.

נשיא אוניברסיטה מכובד נרצח בקמפוס לאחר אירוע התרמה. צוות האף-בי-איי בודק כיווני חקירה שונים, חלקם בתחומי האוניברסיטה וחלקם קשורים לגורמים חיצוניים.

הצוות מקבל דרישה מוזרה לחקור תאונת דרכים, אך ככל שנחשפים יותר פרטים מתברר שמדובר במקרה שונה מאוד ממה שחשבו בתחילה.

הצוות חוקר היעלמות של מורה בתיכון ונחשף לאלימות של כנופיות הרחוב ולשרירותיות של מערכת האכיפה והמשפט.

הצוות מתחיל לחקור רצח של צעירה בניו יורק, אבל מסתבר שזה רק קצה הקרחון. מגי חוששת שסקולה מגונן על כריסטן יותר מדי.

הצוות מודאג לאחר שכריסטן נפצעת בתפקיד ומאושפזת בבית חולים במצב קשה. גבר עשיר שהואשם בתקיפות מיניות נרצח ברכבו והצוות חוקר אם הוא נרצח ע"י אחת מקורבנותיו.

הצוות חוקר שוד בנק מוזר שבו לא נלקח דבר מהבנק. ככל שהחקירה מתקדמת מתעוררות יותר שאלות. כריסטן חוזרת לעבודה אחרי הפציעה, אך בינתיים היא לא יוצאת לשטח.

בנו של סוכן אף-בי-איי שיצא לגמלאות נחטף. בהתחלה הצוות סבור שהסיבה היא עסקיו המפוקפקים של הנער, אך ככל שהחקירה מתקדמת מתברר שמדובר בעניין סבוך בהרבה.

חקירת רצח כפול של צעירה ותובע פדרלי ברחוב מובילה את הצוות לראפר הקשור לעולם הכנופיות של ניו-יורק.

שוד משאית עמוסה בנשק ותחמושת מתגלה כהרבה יותר משוד פשוט ונחשפת פרשה שגורמת לעברו הצבאי של או-איי לרדוף אותו.

בתו של מיליארדר נחטפת ליד ביתה. תחילה הצוות סבור שמדובר בחטיפה לצורך קבלת כופר, אבל מתברר שהמניע לחטיפה שונה לחלוטין.

מפגינה נגד שינוי האקלים וחבר בכנופיית רחוב נרצחים באותו היום. לכאורה, אלה שני מקרים נפרדים, אך כשהצוות מגלה שכלי הרצח זהה, עולות השאלות הקשות.

לאחר עזיבתה הזמנית של מגי, או-איי עובד עם צוות לכידת נמלטים של ג'ס לקרוס במטרה לתפוס גבר ניאו נאצי שלקרוס עצר בעבר, וכעת חטף אוטובוס עמוס ילדים. במרדף להצלת הילדים נחטפת גם ביתו של לקרוס והסכנה גוברת. ספיישל בשני חלקים שהמשכו ב-"אף-בי-איי: המבוקשים ביותר".

פרק סיום עונה. גופתו של צעיר בעל חזות אסיאתית שעבר עינויים קשים מתגלית בפארק. לצוות החקירה מצטרפת היילי אפטון ממשטרת שיקגו, שמצוותת לעבוד עם או-איי.