Jukai est médecin. Il parcourt le pays en posant des prothèses de bras et de jambes à ceux qui les ont perdu à la guerre. Un jour, sur la rive, il découvre un bébé privé de la plupart de ses membres. Il décide d'élever l'enfant, qu'il baptise "Hyakkimaru", et lui fournit des protheses. Jusqu’au jour où Hyakkimaru se lance dans une quête afin de récupérer ses vrais membres.

Après être entrés dans le domaine de Seigneur Daigo, Dororo et Hyakkimaru entendent les récits de Banmon, immense mur qui constitue le dernier vestige d’un fort qui se trouvait autrefois à la frontière. Hyakkimaru se prépare à combattre le démon renard qui hante le mur.

Dans un temple abandonné et incendié, Dororo et Hyakkimaru rencontrent Sabamé, un homme nommé qui règne sur les environs. Il les invite à son manoir et leur raconte l'histoire du temple incendié et de la goule qui le hante. Dororo et Hyakkimaru le soupçonnent de ne pas dire la vérité.

Sabame nourrit les démons pour protéger le village sur lequel Sabame règne. Tandis que Hyakkimaru affronte à nouveau les papillons démoniaques, Dororo se retrouve piégé dans un entrepôt.

Le démon requin rugit et attaque Dororo, ligoté et incapable de bouger. Pendant ce temps, une troupe de soldats commandés par Tahomaru s'approche aussi du cap.

À l'intérieur du château de Daigo, Lady Nui apparaît devant la cellule dans laquelle Dororo a été emprisonné. Pendant ce temps, Hyakkimaru s'approche également du château pour tenter de reprendre son corps et Dororo. Derrière Hyakkimaru se tient Midoro, qui s'est transformé en goule.