우주여행이 당연해진 시대. 케어드 고등학교에 다니는 에리스 스프링은 처음 가는 행성 캠프에 무척 들떠 있었다. 우주항에서 만난 카나타 호시지마를 포함해 총 9명이 한 조가 되고, 일행은 무사히 행성 맥파에 도착하지만 예기치 못한 사태가 발생하는데.

식량과 물 20일분을 구하기 위해 비라버스 행성에 내린다. 독특한 생태계에 휘둘리면서도 살아남기 위해 협력하면서, 조원들은 조금씩 환경에 적응해나간다. 하지만 식량과 물을 충분히 확보할 수 있겠다며 안도하자마자 다시 의문의 구체가 나타나는데.

통신기를 부순 범인이 이 안에 있다. 카나타는 한 명 한 명에게 의심의 눈길을 던지지만, 증거가 될 만한 것은 보이지 않는다. 의심해야하는 상황에 괴로워 하던 카타나는 결국 멤버들에게 사실을 털어놓는다. 모두가 혼란에 빠져 서로를 의심하는 사이, 갑자기 아스트라호의 벽이 폭발하는데.

추락의 위기를 극복하고 아스트라호는 두 번째 행성인 셔무어에 도착한다. 카나타는 범인 찾기를 그만 두고 모두 함께 살아남기를 우선시한다. 행성 탐사는 순조롭게 진행됐고, 식량과 물도 해결된다. 모두 활기를 띄지만, 윈화만 안색이 어두워보이는데.

B5조를 구하고 멤버들과 친해진 윈화. 여행의 즐거움을 나누면서, 아스트라호는 다음 행성을 향해 나아간다. 한편, 케어드 고등학교에서는 아스트라호 멤버들의 부모가 모여 행방불명된 아이들을 사망자 취급하는 실종 선고 절차가 진행되려 하고 있었는데.

루카의 아버지인 마르코 에스포지트는 울가의 원수였다. 소중한 형을 빼앗은 마르코에게 복수하기 위해 울가는 총 솜씨를 갈고 닦으며 기회를 엿보고 있었다. 루카를 죽이면 마르코에게 같은 고통을 줄 수 있다. 그 방아쇠에 담긴 증오에 루카는.

혹성 이크리스 도착 전, B5반에 충격이 인다. 샤르스는 원래 케어드 고등학교의 학생이 아닌 혹성 캠프 직전에 전학을 온 것이었다. 어째서 샤르스는 전학생이었다는 것을 숨기고 있던 것인가? 지금 밝혀지는 샤르스의 출신에 카나타들은…

아스트라호와 같은 형태의 우주선을 발견한 카나타 일행은 선내에서 동면상태의 생존자를 확인한다. 그녀의 이름은 폴리나 리빈스카야. 이 우주선 아크 6호의 기관사였다. 게다가 아크 6호의 발견에 의해 아스트라호의 수리에도 한 줄기 희망의 빛이 보이는데.

키트리와 푸니시아는 정말 똑같은 DNA를 가지고 있었다. 잭이 말하는 충격적인 사실에, 카나타 일행은 어떤 가설에 도달한다. 그리고 이제까지 일어난 모든 일들이 퍼즐 조각이 맞춰지는 것처럼 가설을 입증하기 시작하는데.

카나타 일행이 향하는 행성을 보고 경악하는 폴리나. 이어서 밝혀지는 새로운 사실에 곤혹스러워하면서도 B5조와 폴리나는 서로의 역사에 대한 지식을 맞춰 보면서 다양한 가설을 세운다. 그리고 다음 행성 갈렘에 도착하기 전 카나타는 무언가를 결심하고 에리스의 방에 찾아간다.

자객의 정체가 밝혀졌다……! 당혹스러움을 감추지 못하는 B5조의 멤버들. 여행을 하면서 인연이 깊어진 동료가 어째서 멤버들을 모두 죽여야 하는 사명을 계속 짊어지고 있었는가? 동료의 물음에 자객은 출생의 비밀과 자신을 움직이게 한 어떤 사건의 전말을 이야기하기 시작한다.

오른팔을 잃고 나서도 지금까지와 다름없는 모습을 보이는 카나타. 행성 갈렘을 떠날 준비도 순조롭게 진행되어 5012광년의 긴 여행도 드디어 끝을 맞이하려 하고 있었다. 그리고, 고향으로 돌아가기 전에 샤르스로부터 세계의 진실을 듣게 되는 카나타 일행. 과연 이 진실을 어떻게 받아들일 것인가.