Mai et son petit ami, Tomonari Kasumi (connu dans The World sous le nom de Sieg), sont emmenés à l'hôpital parce qu'ils se sont tous deux effondrés en jouant à un MMORPG appelé The World. Bien que Mai se réveille peu après son arrivée à l'hôpital, Tomonari reste dans le coma. Pour cette raison, Mai fait l'objet de rumeurs, surtout lorsque le clubhouse (connu sous le nom de G-study) est fermé après l'incident. Il est rapidement révélé qu'elle a entendu un certain son (qui est également présent à des moments importants dans .hack//Sign) peu avant de s'effondrer, et elle découvre plus tard qu'il s'agit du la en do majeur, qui est utilisé pour accorder les instruments, y compris son violon. C'est ce son qui lui a permis de se réveiller, et c'est le premier son qu'elle a émis lorsqu'elle s'est réveillée.

Tokuoka et Mai sont en route pour rencontrer Yuki (connue dans le monde sous le nom de Yukichin), qui se trouve à Yokohama. Tokuoka est bloqué dans les embouteillages et Mai se rend à la bibliothèque de Tokyo pour tenter de trouver des informations. Pendant ce temps, elle entend le son. Pendant ce temps, Yuki regarde un film quand soudain THE WORLD s'affiche à l'écran, l'électricité est coupée et les employés tentent d'évacuer le bâtiment. Yuki tombe sur une femme non nommée (dans l'épisode ; le générique indique qu'il s'agit d'Asaba) qui travaille dans l'immeuble, et toutes deux essaient de trouver un moyen de sortir pendant que la foule reste bloquée sur les escaliers roulants en panne. Les deux tentent de trouver un moyen de sortir pendant que la foule reste bloquée sur les escaliers roulants en panne.

Junichiro Tokuoka se rend dans la ville de Hida-Takayama pour rencontrer une certaine Kyoko Tohno afin de discuter des mystères du Monde et des légendes entourant l'Epitaphe du Crépuscule. Après avoir reçu un appel téléphonique d'une personne travaillant sous le pseudonyme de Bith le Noir, Tokuoka et Kyoko réalisent qu'ils sont surveillés par les agents de Helba. Une série de messages de Bith les conduit vers de nombreux sites historiques de la ville. Comme plusieurs de ces messages proviennent d'e-mails envoyés à Mai Minase et Yuki Aihara, Tokuoka soupçonne Helba de suivre leurs actions depuis un certain temps.

Cet épisode est un long flashback qui raconte l'histoire du mentor de Mimiru, un personnage incroyablement puissant contrôlé par 3 lycéennes avec l'intention de travailler ensemble pour créer un personnage extrêmement puissant avant leur diplôme, et elles ont plutôt bien réussi. Les formes novices de Mimiru et Bear survivent à peine dans un donjon surpuissant jusqu'à ce qu'elle arrive, éliminant l'opposition en un seul coup. Mimiru accompagne ce sosie de Gardenia au niveau inférieur du donjon où ils sont confrontés à un ennemi supposé invincible, alors pour protéger Mimiru, elle utilise une compétence qui cristallise son personnage mais garantit la mort des ennemis. Mimiru se rend au niveau inférieur de ce donjon avec Bear une fois de plus pour trouver sa forme de mentor, toujours parfaitement conservée, se tenant exactement à la même position que lorsqu'elle a utilisé sa compétence fatale.

Plusieurs semaines après leur rencontre à Hida-Takayama la veille de Noël, Junichiro Tokuoka, Kyoko Tohno, Yuki Aihara et Mai Minase se retrouvent sur un bateau-dîner dans la baie de Tokyo pour se préparer à leur mission risquée (et certainement illégale). Malgré leur nervosité, chacun est déterminé à aider Ichiro Sato à mener à bien la mission que lui a confiée Helba.

Let's Meet Offline (オフラインで会いましょう) est un feuilleton audio de 20 minutes dans lequel les joueurs Shugo, Rena, Mireille, Hotaru, Ouka et Sanjuro se rencontrent dans le monde réel.

C'est après la fin de .hack//QUARANTINE, et Kite travaille avec Orca et Balmung pour éliminer toutes les traces restantes de Morgane. Helba convoque les acteurs des jeux et de .hack//SIGN à Net Slum, où ils célèbrent la restauration de The World.

Helba a préparé une source d'eau chaude spéciale pour les personnages de .hack afin qu'ils puissent se reposer et se détendre. Kite, Elk, Tsukasa, Mimiru et bien d'autres personnages de la série font leur apparition dans le Monde pour cette récompense. Il n'y a qu'un seul petit hic, Helba ne veut pas révéler l'emplacement exact des sources. Cela devient rapidement une course entre les acteurs de .hack//SIGN et les personnages du jeu pour voir qui les trouvera en premier.

Les personnages des précédents .hack//G.U. Games et .hack//Roots reçoivent un e-mail d'Ovan. Il leur demande de se rendre à Hidden Forbidden Festival où est organisé un mystérieux festival d'été. Ils y trouvent une AIDA Chim Chim qui souhaite coexister pacifiquement avec les autres joueurs du Monde. Il se transforme ensuite en "Returner", et ils en déduisent qu'Ovan va revenir dans le Monde.

Un mode parodique spécial ajouté aux suppléments de la trilogie .hack//G.U.

Épisode spécial pour .hack//Quantum, l'un des trois courts métrages mettant en scène les personnages de la série comme s'ils étaient de simples simulations violettes.

Épisode spécial pour .hack//Quantum, Yui essaie de faire un plat de charaben.

Tobias, Mary et Sakuya défient l'imprenable "The One Shin", mais ils s'égarent dans le labyrinthe et piègent involontairement d'autres membres de la guilde. Un chat mystérieux observe leur bévue. S'agit-il d'un autre personnage du joueur ou d'un PNJ ?

Épisode spécial pour .hack//Quantum, l'un des trois courts métrages mettant en scène les personnages de la série comme s'ils étaient de simples simulations violettes.

Épisode spécial pour .hack//Quantum, Yui et un ami découvrent le processus d'animation d'une série.

Après qu'un accident à l'intérieur de The World ait laissé Mary comateuse dans la vie réelle, Tobias et Sakuya cherchent un moyen de faire revivre leur amie. Pendant ce temps, le mystérieux Hermite reçoit une dose de très mauvaises nouvelles.

Épisode spécial pour .hack//Quantum, l'un des trois courts métrages mettant en scène les personnages de la série comme s'ils étaient de simples simulations violettes.

Épisode spécial pour .hack//Quantum, avec Yui Ogura qui "divulgue les réponses" au Cult Quiz qui a été inclus dans l'emballage du Volume 3 des éditions BD et DVD de .hack pour les spectateurs japonais.

The World commence à s'effondrer et les joueurs ne peuvent plus se déconnecter alors qu'Hermit se lance dans un dernier carnage mortel. Tobias et Sakuya pourront-ils sauver Mary avant qu'il ne soit trop tard, ou seront-ils tous piégés dans The World pour toujours ?