Para su familia y amigos, Cody Banks (Frankie Munz) es el típico adolescente, le encanta montar en monopatín, odia las matemáticas y se siente un completo imbécil delante de las chicas. Pero Cody guarda un extraordinario secreto: es en realidad un agente encubierto de la CIA. Cody está viviendo el sueño de cualquier niño, puede conducir un coche como un especialista, cuenta con un arsenal de artilugios y su jefa, la agente Ronica Miles (Angie Harmon), está buenísima. Pero el entrenamiento de Cody se pone a prueba cuando tiene que hacerse pasar por estudiante y hacerse amigo de Natalie Connors (Hillary Duff), para espiar a su padre, un científico que está desarrollando una partida mortal de nanorobots para la malvada organización ERIS. Desde persecuciones en coche o motos de nieve hasta un final espectacular con una pelea en lo alto de una montaña, Cody tiene que usar todo lo que le han enseñado para demostrarse a sí mismo que es un superagente y parar a ERIS.

En la nueva aventura de Cody, un astuto agente de la CIA (e instructor del propio Cody) ha robado un dispositivo de control mental de alto secreto al gobierno de los Estados Unidos. Con la seguridad mundial en peligro, Cody tiene que desplazarse de incógnito a Londres para conseguir traerlo de vuelta. Al otro lado del océano y envuelto en problemas, Cody se ve obligado a hacerse pasar por un estudiante de una prestigiosa escuela de música en régimen de internado y a evitar que los otros chicos descubran su verdadera identidad, todo mientras se infiltra en guaridas secretas, sigue la pista a su objetivo y toca el clarinete. Para ayudarle en su misión, se le asigna a Cody un nuevo instructor: un chistoso agente, reprobado por la CIA, llamado Derek (Anthony Anderson) que está tratando desesperadamente de recuperar el favor de la Agencia. Se supone que se va a hacer pasar por el cocinero del internado, aunque desgraciadamente no tiene ni idea de cocinar.