Nachdem er die Bedeutung von Kameraden und den Wert seines eigenen Lebens erkannt hat, kann Makoto wieder mit seinen neuen Freunden lachen. Der Frühling geht in den Sommer über und das Team findet neue, ungewöhnliche Mitstreiter im Kampf gegen die Schattenstunde: Die Androidin Aigis, einen Grundschüler namens Ken und den Hund Koromaru, der ein Persona benutzen kann! Doch dann erscheint ein neuer, gefährlicher Gegner auf der Bühne: Die Organisation Strega rund um ihren charismatischen Anführer Takaya, die die Schattenstunde für ihre illegalen Aktivitäten nutzen. So finden sich Makoto und seine Freunde in einem aussichtslosen Kampf zwischen zwei Fronten wieder. Wird es ihnen gelingen, mithilfe ihrer Personas allen Gegnern zu trotzen?