仮面ライダーデューク：ゲネシスドライバーが完成する少し前、戦極凌馬は、自身の野心を持たず人類救済のみに執心する呉島貴虎に失望し始めていた。そんな中、ユグドラシル内部で凌馬が開発したものでないロックシードによる自爆テロが発生。その背後に『黒の菩提樹』を名乗るカルト集団、そして凌馬の前任者であり既に故人となっているはずの狗道供界の名前が浮かび上がるーー。 仮面ライダーナックル：駆紋戒斗が葛葉紘汰との決戦で敗れて亡くなってから1年後。ニューヨークに渡っていたザックは、仲間のペコの姉であるアザミからペコの行方不明と、かつての仲間であるシュラが率いる集団『ネオ・バロン』の台頭の知らせを聞いて急遽帰国。自分の意志で『ネオ・バロン』の側に回ったペコと再会する。