最終決戦から２年後の地球。平和を取り戻したはずの地球に、再び怪獣が頻出する。 時を同じくして世界各地で相次ぐ、超古代遺跡への侵入事件。トキオカ新隊長（演：中村優一）を迎えたエキスパートチーム「GUTS-SELECT」は、「ライラー」と名乗るその一味を確保して調査を進めていた―。 それはこの宇宙の運命を握る壮絶な戦いの序章だった。 立ち向かう「GUTS-SELECT」、さっそうと駆け付ける「ウルトラマンゼット」、そしてその中心で奮闘する主人公マナカ ケンゴ（演：寺坂頼我）こと「ウルトラマントリガー」の前に、影を継ぐ最悪の巨人「イーヴィルトリガー」がその禍々しい姿を現す！ みんなの笑顔を守るため、ウルトラマントリガーが、ハルキ（演：平野宏周）＝ウルトラマンゼットやイグニス（演：細貝圭）＝トリガーダークが、新生「GUTS-SELECT」のメンバーたちとともに、光と影の大決戦へと挑んで行く！