決闘場で天上ウテナを待っていたのは、生徒会メンバーの西園寺莢一と空に浮かんだ城、そして、「薔薇の花嫁」と呼ばれる少女だった。

決闘の勝利者であるウテナは、薔薇の花嫁であるアンシーとエンゲージすることになる。当惑する彼女の前に、再戦を挑む西園寺が現れる。

友達のいないアンシーのために、ウテナは彼女と一緒に舞踏会へ行く。だが、その舞踏会には、ある者の仕掛けた恐ろしい罠が待っていた。

生徒会メンバーの一人、天才少年・薫幹。彼は姫宮アンシーに興味を持つ。アンシーこそが、彼が求め続けた「輝くもの」なのだろうか。

ついに、幹はウテナに決闘を申し込んだ。決闘に勝って、姫宮アンシーを自分のものにするために。失われた「輝くもの」を取り戻すために。

優雅な外見の裏に牝豹の烈しさを隠し持つ生徒会メンバーの有栖川樹璃。彼女がウテナに決闘を挑む。自分が欲する「奇跡」を否定するために。

カレーの爆発が原因で、ウテナとアンシーの人格が入れ替わってしまった。その責任をとるために七実たちはカレー粉を求めてインドへ旅立つ。

少年時代に冬芽と西園寺は、棺の中に入った少女に出会った。その日以来、西園寺は冬芽への劣等感を感じ、そして「永遠」を求め始めた。

次の決闘の挑戦者は誰なのか。ウテナとの再戦を望む幹と樹璃に、冬芽は言う。もう一人、「世界の果て」に選ばれたデュエリストがいると。

冬芽は、自分が出会った王子様なのではないかという、ウテナの疑いは強まっていく。そして、その冬芽が彼女に決闘を申し込んできた。

冬芽との決闘に敗れたウテナは、女生徒の制服を着て学校へ行く。冬芽とエンゲージしたアンシーは、そんな彼女に対して、よそよそしく接する。

深い闇の空間。そこに王子様がいた。頭を垂れた彼を前に謎の男は語り始める。今までのウテナの決闘について。その決闘の意味について。

ウテナは、アンシーに兄の鳳暁生と、そのフィアンセの香苗を紹介される。その頃、地下で「黒薔薇会」がアンシーの命を狙って動き始めていた。

兄である幹に対して、屈折した愛情を抱き、近づく者を力づくで排除する梢。その想いを利用しようとする黒薔薇会の魔の手が彼女に迫る。

七実は届けられたカウベルをアクセサリーだと思い込み、毎日、自分の首につけていた。やがて、七実は身も心も、牛へと豹変していく。

幼なじみの枝織が鳳学園に帰ってきたが、樹璃は彼女に対して冷たく接する。人には決して見せぬ樹璃の枝織への想いを、黒薔薇会が暴く。

憧れの七実に子供扱いされ、苛立ちを感じる石蕗。彼は、七実と同等につきあえる「大人」になるために、様々な方法を試みる。そして……。

若葉の前に、彼女が小学生の時に「タマネギ王子」と呼び、慕っていた風見達也が現れた。だが、彼はウテナに交際を申し込もうとしていた。

若葉は、学園に追われた西園寺を匿い、同棲をしていた。普通の少女が手に入れた「特別な時間」。だが、その幸福は長くは続かなかった。

七実の取巻きの一人・茎子は冬芽を慕っていた。それを知った七実は、彼女に非情な罰を与える。茎子の中に激しい怒りと嫉妬が渦巻く。

御影草時は回想する。根室教授と呼ばれていた時を。「世界を革命する力」の計画の始まりを。そして、千唾時子と馬宮との出会いを。

草時がデュエリストを操っていた黒幕だと知ったウテナは、彼に決闘を申し込む。自分の想い出が、彼のものとは違うことを証明するために。

学園に暴れ馬が出現。七実を助けようとした石蕗は気絶してしまった。保健室で、彼の手帳から明らかになる他人には話せない様々な秘密。

もう決闘はしないと宣言した西園寺の前に、冬芽と暁生が現れた。暁生は西園寺に言う。「『世界の果て』を見せてあげよう。君にもね」

大人への不信感のためだろうか、苛立ちを感じる幹。そんな彼の前に、梢とともに暁生が現れる。二人は幹を「世界の果て」へと誘う。

自分が卵を産んだと思い込んでしまう七実。さらに人間の女の子は卵を産むものだと勘違いしてしまった彼女は、卵を自分で育てることを決意する。

フェンシング部の部長・土谷瑠果が学園に帰ってきた。彼は樹璃の想いを見透かしたように、高槻枝織と交際を始め、彼女を翻弄する。

枝織が瑠果に捨てられた。樹璃は苦悩し、瑠果はそんな彼女を弄ぶ。そんな彼に決闘を申し込む樹璃。果たして瑠果の真意は？

暁生とウテナ、アンシーの共同生活が続く。暁生は、足をケガしたウテナを自転車で病院へ連れて行く。夕陽の中、二人の唇は重なり……。

自分と兄・冬芽の間に血が繋がっていないと思い込んだ七実は、家を飛び出して、ウテナたちの住む理事長館で暮らすことになってしまった。

暁生とアンシーの関係を知り、身の置き所を失った七実は、学園から出ることを決意する。そんな彼女に暁生は「世界の果て」を見せる。

カシラ、カシラ、ご存じカシラ。さて、次の三つのうち「永遠のもの」はどれでしょう？ 1.ダイヤモンド、2.美しい想い出、3.モモの缶詰。

ウテナは演劇部の生徒に誘われて、舞台「薔薇物語」を観る。そして、その夜、夢を見る。それは彼女と王子様の出会いの想い出……。

次の決闘の勝利者が世界を革命する者になる。その挑戦者である冬芽は、暁生と、ウテナに関する、あるゲームを仕掛けることになった。

冬芽はウテナに決闘を申し込む。「世界を革命する力」を手に入れるためではなく、幼い頃から棺の中に入ったままのウテナを解放するために。

ウテナに「世界の果て」の手紙が届いた。それには天空の城に行けば「世界を革命する力」が手に入り、王子様と再会できると書かれていた。

決着をつけるため、ウテナとアンシーは決闘場へ向かった。そこで待っていた鳳暁生こそ王子様であり、「世界の果て」であった。

アンシーの剣が、背後からウテナを貫いた。これが「現実」の戦いの恐ろしさなのか。決闘場に、人の憎悪に光る百万本の剣が出現する。