Une jeune fille a reçu un cyber-cerveau d'une nouvelle technologie. Elle est kidnappée. Cependant une caméra repère une fille qui lui ressemble des dizaines d'années plus tard. La Section 9 est chargée de la retrouvée, car l'ADN semble correspondre, même si son apparence n'a pas du tout changé malgré le temps passé.

Alors que le Chef Aramaki tente de négocier la survie de ses hommes, les membres de son équipe sont capturés les uns après les autres. 3 des Tachikoma restants décident de se réunir et de sauver Batou, après avoir pris connaissance de l'attaque de la Section 9 aux infos. Le Major reçoit une balle de sniper alors qu'elle s'apprête à monter dans un avion.

Le premier ministre ayant reçu des menaces de mort, la section 9 se retrouve chargée de sa protection.

Pendant que Ishikawa enquête sur Gōda, le reste de l'équipe est sur la piste d'un suspect dans l'affaire des 11 individuels.

Alors que la section 9 suit la piste d'un artisan du visage, quelqu'un se faisant passer pour Paz commet des meurtres.

Les Tachikomas débattent sur l'affaire des onze individuels ainsi que sur leur "ghost".

Alors que les réfugiés asiatiques de Dejima déclarent leur indépendance, la section 9 se rend sur l'île pour tenter de capturer Kuze qui devrait s'y trouver.