Die vielseitigen Yun Arikawa und Haberu Kato gehen Geräuschen in einem alten Herrenhaus nach. Sie finden die Quelle in der Nähe, doch Mei Kamino hört die Töne auch.

Arikawa, Goro Otaki und ihr Roboter Jet Jaguar geraten mit Rodan aneinander. Mei Kamino reist nach Tokio, um sich dort mit einer berühmten Wissenschaftlerin zu treffen.

Rodans Legion schwärmt nach Nigashio aus. Die Belegschaft der Otaki-Fabrik versucht, sie von der Stadt wegzulocken, doch sie werden umzingelt.

Arikawa und Kato vermuten, dass Misakioku hinter Rodans Angriff steckt. Kamino nimmt in Dubai an Li Guiyings Vorlesung teil, wo diese ein neues Material präsentiert.

Salunga steigt mit rotem Staub bedeckt aus den Tiefen der Upala-Forschugsstation empor. Yun Arikawa wird Zeuge von Anguirus verblüffender Fähigkeit.

Mei Kamino entdeckt in Professor Ashiharas Forschungsunterlagen einen mysteriösen Code. Die Otaki-Truppe stellt sich Anguirus entgegen, um ihn zu vertreiben.

Ein riesiger Kaiju folgt einer Gruppe Manda und landet in Tokio. Aufgrund des roten Staubs müssen Mei Kaminos und Li Guiyings Flüge nach Mailand umgeleitet werden.

Nach Godzillas Angriff schreiten Bodentruppen unter dem Kommando von Matsubara Yoshiyasu ein. Mei Kamino versucht, Prof. Ashiharas Forschungsarbeiten zu entschlüsseln.

Godzilla dringt weiter nach Tokio vor und bedeckt die Stadt mit rotem Staub. Die Otaki-Truppe muss jemanden aus den Fängen von spinnenähnlichen Kaiju retten.

In Ashiharas Villa wollen Yun und Haberu das Forschungsprojekt des Professors mithilfe von Jet Jaguar entschlüsseln. In Indien treffen sich Lina und Mei mit BB.

Bevor er sich zum Superdimensionsrechner aufmacht, bietet BB Mei einen Blick auf den Singular Point. Die Otaki-Crew hofft in Tokio auf den Sieg über Godzilla.

Mei erfährt von einer Explosion – ausgelöst vor langer Zeit durch Ashiharas Rechner. Kanoko überreicht Matsubara im Kampf gegen Godzilla den orthogonalen Diagonalisierer.

Mei, BB und Pelo_2 wollen die Katastrophe abwenden, werden jedoch von Salunga in einen Hinterhalt gelockt. Die Otaki-Crew wagt in puncto Godzilla den endgültigen Vorstoß.