Yun, Goro en hun robot Jet Jaguar stuiten op een Rodan, een vijandige pterosauriërachtige kaiju. Mei reist naar Tokio om een wereldberoemde onderzoeker te ontmoeten.

Mei ontdekt een mysterieuze code in het onderzoek van professor Ashihara. De Otaki-crew valt Anguirus aan als onderdeel van de vernietigingspogingen van de stad.

BB biedt Mei een blik op het Singuliere punt voordat ze naar de Superdimensie-calculator gaan. De Otaki-crew vertrekt naar Tokio om Godzilla te verslaan.

Mei, BB en Pelops II proberen de catastrofe te voorkomen, maar Salunga lokt ze in een hinderlaag. De Otaki-crew valt ondertussen Godzilla een laatste keer aan.