「私の使命は、歌で、みんなを幸せにすること」

史上初の自律人型AIとして生み出され、複合テーマパーク”ニーアランド”で活動するヴィヴィ。「歌でみんなを幸せにする」という使命を与えられたヴィヴィは、ステージで歌っている最中、マツモトと名乗るAIの接触を受ける。困惑するヴィヴィに、マツモトは「共に歴史を修正し、100年後に起こるAIと人間の戦争を止めてほしい」と協力を求め――。

「ここから、あなたの100年の旅が始まるんです」

100年後に起こるAIと人間との戦争、その原因の一つである政治家・相川議員の死。その悲劇を回避するために動くヴィヴィとマツモトは、相川議員を急襲する、反AI思想を持つテロリスト集団「トァク」と対峙することとなる。しかし、歌うために作られたヴィヴィに対抗手段は少なく、トァクの猛攻に次第に追い込まれることとなり――。

「大事なのは、最高の歌を……生まれてきた使命を果たせる、そんな歌を」

人類とAIとの戦争を回避する。――マツモトから聞かされた”ヴィヴィ”の使命に驚かされるディーヴァは、今回の彼の目的が「オフィーリア」の自殺を阻止することだと知る。リハーサルで圧巻のパフォーマンスを披露した歌姫AI、オフィーリア。自壊を禁じられたAIの自殺を阻止するため、ディーヴァはオフィーリアに接近する。

「――アナタにとって、心とはなんですか？」

「私たちの目的は、現在の人類を滅ぼすことです」。AI集合データベース”アーカイブ”の演算により、滅びの危機に瀕した人類。仇敵であったトァクと協力し、ヴィヴィは人類を滅びから救うべく、新たな作戦を開始する。