AR 인프라가 완벽하게 구축된 도시 '신교토'는 '왕'이라고 불리는 존재에게 통치 받으며 모든 것의 우열이 빌디바이드의 강함으로 결정되는 부조리한 곳이었다. 어느 날, 한 손에 빵을 들고 이 도시를 떠돌던 쿠라베 테루토는 양아치에게 쫓기던 소녀 반카 사쿠라를 카드의 힘을 써서 도와준다. 그것을 본 사쿠라는 테루토의 빌디바이드 능력이 뛰어날 것이라고 짐작하고 그 자리에서 배틀을 신청한다. 사쿠라는 왕에게 도전할 도전권을 얻기 위해서 '리빌드 배틀'을 이겨 나갈 수 있는 실력자를 찾고 있었다. 하지만 테루토는 대부분의 기억을 잃어버린 상태였는데......?!

사쿠라의 의뢰를 반쯤 수락하는 형태로 리빌드 배틀에 참전하게 된 테루토. 두 사람은 같이 움직이게 된다. 테루토가 입고 있는 옷이 사쿠라가 다니고 있는 코모쿠 학원의 교복이라는 것을 단서로 테루토가 코모쿠 학원의 학생이 아닐까 하고 추측하며 코모쿠 학원으로 찾아간다. 사쿠라의 추측대로 테루토는 코모쿠 학원에는 테루토의 전입 기록이 남아있었다. 어째서인지 왕과 싸울 강렬한 의지를 가진 테루토. 점심시간에 두 사람은 학원 내에 다른 리빌드 배틀 도전자가 있는지 찾아보지만 도전자를 찾기 전에 중등부 2학년 무네나시 히요리가 두 사람 앞에 나타나는데!

테루토와 싸운 뒤 막무가내로 테루토의 제자가 된 히요리도 테루토 일행과 행동을 같이하게 되었다. 키 칩을 더 손에 넣기 위해서 테루토 일행은 도전가 많이 있다는 장소로 간다. 하지만 테루토 일행이 도착하기도 전에 그곳에 있던 도전자들은 누군가에게 패배해버렸다. 어쩔 수 없이 다른 도전자를 찾아 나선 테루토 일행. 하지만 테루토는 혼잡한 데모 인파에 휩쓸려 사쿠라, 히요리와 떨어지게 된다. 그러던 중 자신을 도와주는 한 청년을 만난다. 엔조 나오미츠라고 자신을 소개한 그 청년은 신교토의 체제에 대해 불만을 품고 있는 것 같았는데......?!

나오미츠에게 승리해서 테루토가 획득한 키 칩의 수는 8개가 되었다. 다른 도전자를 찾기 위해 테루토에게 가는 사쿠라 도착하니 히요리가 테루토에게 특훈을 부탁하고 있었다. 처음엔 거절했던 테루토였지만 좋아하는 빵을 보고 마지못해 승낙한다. 하지만 테루토 일행이 간 학교 매점에서는......?! 한편, 이시노메는 어떤 소녀로부터 테루토와 만나게 해달라는 부탁을 받는다. 재미있을 것이라는 소녀의 말에 이를 받아들인 이시노메는 테루토 일행을 함정에 빠뜨린다. 과연 그 소녀의 목적은 무엇인가?

킷카에게 패배한 테루토는 평소의 패기를 잃어버리고 멍하니 강에서 낚싯대를 드리우고 있었다. 단순하게 '졌다'라는 것 때문이 아니라 자신의 여동생인 킷카가 현재 신교토의 왕이라는 사실을 알게 되었기 때문이었다. 한편, 다시 테루토와 배틀을 하고 싶어 하는 킷카에게 그녀의 측근인 히구마는 더 이상 외출은 허락할 수 없다고 말한다. 킷카에게는 휴식을 취해야만 하는 어떤 사정이 있는 듯했는데...... 테루토는 사쿠라와 히요리의 말도 듣지 않고 혼자 있고 싶다고 말한 뒤 나가 버린다. 그런 테루토의 앞에 한 남자가 나타나는데......?

어느 날 테루토가 텐트에서 휴식을 취하고 있을 때 상처 입은 나오미츠가 찾아와 테루토의 앞에서 쓰러졌다. 대체 무슨 일이 있었던 것인지 나오미츠에게 묻는 사쿠라와 히요리. 나오미츠는 '카드 교수'라고 불리는 주술 의료 연구자인 케이센 다이로와 싸웠다고 말했다. 케이센은 연구를 위해 끔찍한 인체 실험을 거듭했다는 어두운 소문이 나돌고 있었다. 그리고 그 케이센은 뒤에서 누군가의 지원을 받고 있는 듯했는데...... 저마다의 마음을 가슴에 품고 테루토 일행은 케이센과 리빌드 배틀을 하기 위해 찾아가는데.

신교토에 가상 해수욕장 카미토바 비지 리조트가 오픈했다! 이야기 속에만 나오는 '바다'를 체험해 볼 수 있다는 말에 가고 싶다고 말하는 히요리. 사쿠라는 케이센의 연구소에서 신세 졌던 것에 감사를 표하는 겸 히요리와 테루토에게 같이 가자고 권한다. 리조트에 도착해서 동경하던 바다를 보고 크게 들뜬 히요리. 거기에 아이돌 이벤트도 개최된다고 한다. 하지만 그곳에서 사쿠라는 한 여자애를 만난다. 그 여자애는 사쿠라에게 자꾸 시비를 거는데?!

카미토바 비치 리조트에서 우연히 재회한 빵집 주인. 그녀는 테루토가 어렸을 적 알고 지낸 사이였다. 그녀에게 초대받아 가게로 찾아간 테루토. 그곳에서 그녀는 테루토와 킷카에 대한 추억을 이야기한다. 하지만, 두 사람이 사이 좋은 남매였다는 이야기에 동요하고 당황하는 테루토. 그리고 진위를 확인하기 위해 추억의 땅으로 향하지만 그런 테루토의 앞에 이시노메가 나타난다. '과거를 떠올린 너와 떠올리지 못한 너. 어느 쪽이 더 재미있을까?'라고 말하며 과거의 세계로 보내진 테루토. 그곳에서 테루토가 보게 된 것은 테루토가 생각지도 못했던 '진실'이었는데.

기억을 모두 되찾은 테루토는 한시 빨리 킷카에게 가기 위해 리빌드 배틀에 몰두한다. 그리고 열쇠의 완성까지 침 1개가 남았을 때 테루토에게 도전한 것은 초등학생 소년, 사이키 미하일이었다. 미하일도 1개만 더 칩을 손에 넣으면 왕에게 도전할 수 있는 단계였고 그의 실력도 상당했다. 하지만 미하일은 테루토와 함께 있는 히요리를 보고 놀란다. 이전 거리에서 자신에게 상냥하게 대해준 '멋진 누나'가 히요리였다는 것을 알았기 때문이었다. 과연 테루토의 열쇠 완성이 걸린 최후의 싸움의 행방은......?

테루토가 완성한 열쇠를 가지고 왕전에 도전하는 사쿠라. 소원을 이루기 위해 직접 킷카를 찾아온 것이었다. 사쿠라가 이루고 싶은 소원. 그것은 자신의 몸을 되찾는 것. 그걸 위해서 리빌드 배틀에 참가할 수 없는 자신을 대신해서 열쇠를 완성해 줄 사람을 찾고 그를 속여서라도 왕에게 가겠다는 각오를 하고 있었던 것이다. 신교토에 사이렌 소리가 울려 퍼지며 도시에 왕전이 개시되었음을 알린다. 각자의 에이스를 소환하고 서로 노려보는 사쿠라와 킷카. 지금 한결같고 안타까운 소원이 걸린 사쿠라의 싸움이 시작된다!

사쿠라의 싸움이 끝나고 테루토는 킷카에게 이번에야말로 자신과 승부를 내자고 말한다. 더 이상 리빌드 배틀과는 상관없는 오빠와 여동생의 승부다. 테루토의 말을 듣고 기쁨에 떠는 킷카. 테루토와 빌디바이드로 대결하는 것이 그녀에겐 무엇보다도 기쁜 일이었기 때문이다. 히요리와 나오미츠가 지켜보는 가운데 킷카와 대결을 시작하는 테루토. 하지만 그 이면에서 테루토의 배틀을 누구보다도 기대하고 있는 남자가 있었다. 대결 시작을 앞두고 홀로 득의의 미소를 짓는 남자, 히구마 마리오. 왕의 측근인 그에게는 무언가 속셈이 있었는데... 신도쿄의 진실은? 테루토와 킷카의 대결에 감춰진 계획이란......?

킷카와의 대결을 계속하던 테루토는 어째서 자신에게 왕인 킷카와 싸워야 한다는 의지가 강하게 남게 되었는지 그 진짜 이유를 떠올린다. '교토'에서 본 신교토의 진실, 왕이란 무엇인지. 그것들을 떠올리고 테루토는 킷카에게 자신의 마음을 고백한다. 그리고 대결을 계속하면서 킷카와 화해하기를 바라는 테루토. 그런 테루토를 보고 킷카는 드디어 자신이 계속 만나고 싶어 했던 테루토와 만났다며 눈물을 흘리며 기뻐한다. 이것이야말로 그녀가 계속 바라왔던 테루토와의 배틀이었기 때문이다. 서로 온 힘을 다해 부딪치는 테루토와 킷카. 하지만 테루토는 절체절명의 궁지에 몰리게 된다. 그때, 테루토가 자신의 턴에 드로한 카드는......?!

'신교토'의 붕괴로부터 3년의 시간이 흘렀다. 도시는 완전히 모습을 바꾸어 KUGE라고 불리는 왕의 종자들이 도시에 만연해 있었다. 그리고, KUGE에게서 도망치는 한 명의 소녀가 있었다. 소녀는 공격당해도 반격하지 않았다. 3년 전까지 신교토에서 가장 강하다고 일컬어졌던 소녀였지만...... 궁지에 몰려 절체절명의 위기에 처한 소녀. 그곳에 또 한 명 후드를 쓴 소녀가 나타난다. 그녀는 말한다. '3년 만이네.... 드디어 찾았다' 소녀를 향해 손을 내미는 그녀는 테루토의 제자 히요리였다.

히요리에게서 힘을 빌려 달라는 말을 들은 킷카. 다시 앞을 향해 나아가는 일을 불가능할 것이라고 생각했던 킷카였지만, 히요리의 마음을 받아들이고 따라가게 된다. 그리고 히요리의 안내를 받아서 도착한 곳이 히요리가 같은 학교 친구들과 생활하고 있는 아지트였다. 히요리의 소개로 새로운 멤버로서 따뜻한 환영을 받는 킷카. 하지만, 이전 왕이었다는 사실을 들키고 싶지 않았기에 이름을 말하는 것을 주저한다. 어떻게든 가명을 말해서 해결했지만, 식사 중에 눈물을 흘리던 킷카를 위로해준 멤버들이 신교토가 붕괴한 원인은 이전 왕이었던 '킷카'에게 있다고 말하는 것을 듣게 되는데.

히요리와 동료들의 아지트에 나타난 KUGE들은 킷카를 뒤쫓아 온 것이었다. 더 이상 자신 때문에 희생자를 만들고 싶지 않았던 킷카는 드디어 덱을 손에 쥐고 싸울 결심을 한다. 하지만 3년 만의 배틀이었기 때문에 싸우는 법을 잊어버린 킷카는 초보적인 실수를 해서 궁지에 몰리는데...... '역시 내가 싸우는 건 무리였을까......'라고 생각하는 킷카였지만 그때, 킷카의 뇌리에 어떤 추억이 되살아난다. 그것은 어렸을 적 테루토에게 빌디바이드를 배울 때 있었던 일이었는데.

아침 해가 떴을 때 킷카가 자리에 없는 것을 본 히요리. 찾으러 나와보니 킷카는 다른 방에서 자고 있었다. 게다가 눈에는 눈물이 맺혀 있었고 발바닥은 흙투성이였다. 신경이 쓰이는 히요리였지만 어째선지 킷카에게 말을 거는 게 어려웠다. 일을 하다가 킷카가 넘어져도 그 손을 잡아주는 게 한 박자 느렸다. 그러던 중 이시노메에게서 킷카와 잘 지내냐는 물음을 받는 히요리. 거짓말을 하면서 '보통'이라고 대답하지만 두 사람 사이를 떠도는 '꽃잎'이 보인다는 지적을 받는데.

도시를 습격한 새로운 적의 정체는 나오미츠와 린푸였다. 게다가 두 사람은 히요리와 킷카에 대해 기억하지 못하고 있었다. 결계에 갇혀 나오미츠, 린푸와 태그 배틀을 하게 된 히요리와 킷카. 하지만 처음 해보는 태그 배틀에 히요리는 고전을 면치 못한다. 어떻게든 킷카와 연계해서 나오미츠와 린푸를 구하고 싶은 히요리. 하지만 킷카에게 협력을 요청하자 킷카는 그저 '전부 나한테 맡겨 줘'라고 말하며 히요리를 밀쳐 내는 듯한 말을 하는데.

나오미츠, 린푸와의 태그 배틀에서 승리한 히요리와 킷카. 둘을 구하려고 이름을 불러보지만 둘의 상태는 변함이 없었다. 하지만 그때 수수께끼의 인물이 나타나 나오미츠와 린푸를 공격한다. 잠깐 그 인물을 경계했던 히요리와 킷카였지만 그 공격 덕분에 두 사람이 원래대로 돌아온다. 수수께끼의 인물이 말하길 나오미츠와 린푸는 세뇌 당해 있었다고 한다. 그리고 아지트로 돌아가 나오미츠에게 그간의 사정을 묻는 히요리. 지금까지 대체 무슨 일이 있었던 것일까? 나오미츠는 그의 출신에 대해서 이야기하기 시작하는데.

의용단의 경호원으로서 나타난 인물은 사이키 미하일이었다. 재회에 놀라는 히요리였지만 그 자리에서 미하일과 대결을 시작하게 된다. 3년 전과는 달리 자포자기한 듯이 보이는 미하일에게 무슨 일이 있었냐고 묻는 히요리. 미하일도 지금까지 겪었던 일에 대해 조용히 말하기 시작했지만 히요리는 그 내용을 납득할 수 없었다. 이전의 미하일이 진정한 강인함을 가지고 있었다고 호소한다. 그리고 '쓰러뜨리고 싶은 사람이 있다'라고 말했던 일은 어떻게 됐냐고 묻자 미하일의 입에서 의외의 인물의 이름이 튀어나왔는데.

갑자기 히요리 일행 앞에 나타난 것은 신체를 바꿔 바이오 토큰 9호의 모습이 된 히구마였다. 그런 히구마의 앞을 막아서는 에클레어. 그 정체는 린푸의 언니이자 미하일이 쓰러뜨리고 싶다고 말했던 카나기 레이라였다. 나오미츠 일행이 저지하는 가운데 과감하게 히구마에게 배틀을 제안하는 레이라. 하지만 린푸는 어째서 레이라가 히구마에게 싸움을 거는지 알지 못했다. 게다가 히구마의 말을 들어보니 레이라는 이전에도 히구마와 싸운 적이 있는 듯했는데? 히구마와의 싸움 중에 레이라는 수호의 진실과 히구마와의 악연에 대해서 이야기하기 시작하는데.

타워에 도착한 히요리 일행을 기다리고 있던 것은 2개의 거대한 KUGE 석상이었다. 킷카와 나오미츠는 히요리를 테루토가 있는 곳으로 먼저 보내고 석상을 쓰러뜨리려 한다. 하지만 나오미츠의 앞에는 '형제'가 킷카의 앞에는 왕이었던 시절의 킷카가 나타나 앞을 가로막는다. 환각이라고 해도 '형제'와 싸우고 싶지 않은 나오미츠는 아무것도 할 수 없었다. 킷카도 왕이었던 시절의 행동을 지적 받아 평소 실력을 발휘하지 못했다. 이대로 속수무책으로 두 사람 다 패배하는 것인가? 하지만 그때, 나오미츠의 앞에 나타난 것은? 킷카의 뇌리에 떠오른 것은?

드디어 테루토와 재회한 히요리. 하지만 테루토는 상태가 이상했고 히요리의 노력을 칭찬했지만 히요리의 힘이 필요하다고 말한다. '이건 킷카 때와 똑같은?!' 그렇게 생각한 히요리는 테루토와의 배틀을 수락한다. 요 3년 간 되찾고 싶었던 날들을 가슴에 품고 히요리는 테루토를 구하려 한다. 하지만 테루토는 필요 없다고 말하는데. 눈앞에 있는 것은 진짜 테루토인가? 그때 히요리는 자신에게 어떤 물음을 던지는데.

테루토를 구하고 사쿠라와 재회한 히요리의 앞에 나타난 히구마. 히구마는 히요리가 '왕'을 쓰러뜨려 준 것을 감사한다. 그리고 히요리 일행의 앞에 자신의 '수확물'을 들이미는 히구마. 그것은 나오미츠와 킷카였다. '또 킷카의 주력을 뺏은 거냐?!'라고 말하며 분노하는 테루토에게 히구마는 주력을 빼앗는 이유를 말하기 시작한다. 어째서 리빌드 배틀을 개최한 것인가. 어째서 인주를 왕으로 세우지 않으면 안 되었던 것인가. 그리고 히구마의 목적은 무엇인가. 신교토의 재구축이 진행되는 가운데, 최후의 싸움이 시작된다!

히구마의 목적은 고차원의 존재 '윌'이 되는 것이었다. 그를 위해서는 신교토 시민을 빌디바이드로 경쟁하게 만들어 주력을 높여서 주력과 빌디바이드 실력이 강한 자를 왕으로 뽑아 '왕'을 최상의 존재로 만들고, '왕'과 히구마 자신이 융합할 필요가 있었다. 그리고 마무리로 테루토와의 싸움을 즐기는 히구마. 그는 테루토의 힘을 끌어내 자신과 싸우고 대결하는 과정을 통해 '윌'이 되려고 했다. 하지만, 과감하게 저항하는 테루토. 절체절명의 위기를 맞이했지만 그때, 누군가 테루토를 부르는 소리가 들려오는데.