Un pilota della Marina muore durante il collaudo di un velivolo sperimentale inserito in un programma top-secret. L'ufficio N.C.I.S. di Pearl Harbor, guidato dall'agente speciale Jane Tennant, indaga.

Tennant e la squadra devono catturare una famigerata squadra di ladri internazionali che usano esplosivi della Seconda Guerra Mondiale su camion blindati. Lucy e Whistler si trovano in una situazione di stallo riguardo al loro precedente incontro; e la missione di Ernie sul campo si rivela più allarmante del previsto.

Kai lavora sotto copertura con una delle più antiche bande di surfisti delle Hawaii quando un sottufficiale che sta cercando di aiutare i ragazzi ribelli a trovare un nuovo percorso nei Marines viene ucciso.

Quando un amato Paniolo (cowboy hawaiano) viene colpito mentre è fuori a cavallo, Jane e la sua squadra devono guadagnarsi la fiducia della comunità dei Paniolo per aiutare a trovare i colpevoli e proteggere la loro vita. Inoltre, Kai cerca di convincere suo padre testardo a vedere un dottore.

Quando un marinaio giapponese viene ucciso sul suolo americano e le prove collegano il caso al precedente omicidio della ragazza della vittima in Giappone, l'NCIS deve trovare l'assassino prima che venga accusata la persona sbagliata e il caso inneschi una crisi diplomatica. Inoltre, il capitano Milius fa una richiesta personale a Tennant.

Quando Tennant e l'NCIS hanno il compito di trovare una star dei social media rapita e giramondo, scoprono che non è ciò che suo marito, o i suoi seguaci, pensano che sia. Inoltre, la squadra è in contrasto con Whistler, che ha un programma tutto suo.

Quando un sottufficiale della Marina viene assassinato, Jane e la squadra indagano mentre proteggono l'amico e collega della vittima.

Durante la cerimonia, tenuta dal Capitano Milius, in cui alcuni terreni vengono simbolicamente restituiti al popolo hawaiano, su uno di questi viene rinvenuto il cadavere di una donna.

Suzuki Kazutoshi è un giapponese mandato negli Stati Uniti all'età di dieci anni a lavorare nelle piantagioni di ananas. Durante la Seconda Guerra Mondiale, scelse di diventare una spia americana.

L'ispettore portuale Goodrick viene trovato ucciso in un container contenente due casse di armi. Intanto, Tennat deve risolvere anche una delicata questione di famiglia.

Un poliziotto corrotto viene ucciso davanti agli occhi di Jesse e Kai durante un pedinamento. Per smascherare il colpevole, la squadra s'infiltra in una partita di poker clandestina.

Mentre Jane indaga sul rapimento di Maggie, rimane scioccata quando scopre la verità e chiama la sua squadra e Whistler per dimostrare le sue scoperte.

Joseph Cheng, ingegnere della Marina di origine cinese, muore avvelenato da sostanze tossiche. Stava lavorando ad un progetto top secret su una tecnologia con applicazioni militari.

Una squadra di Marines, durante una mattinata libera in spiaggia, subisce un attacco con delle onde sonore. L'N.C.I.S. indaga. Nel frattempo, la C.I.A. interroga la Tennant sul caso Maggie Shaw.

Mentre Jesse sta seguendo un corso di vela con la figlia Gracie, la barca viene assalita da pirati, che prendono tutti in ostaggio e chiedono un riscatto. N.C.I.S. e Guardia Costiera si attivano subito.

L'N.C.I.S. indaga sull'omicidio di due agenti dell'F.B.I. e di due uomini che utilizzavano il ristorante Ho'olua per riciclare denaro sporco.

Le agenzie federali indagano sulla morte di un marinaio avvenuta durante l'opera di manutenzione di una diga. Ernie viene rapito dalla taskforce che si occupa di combattere gli attacchi ransomware.

Gli agenti NCIS Nick Torres e Jessica Knight vanno alle Hawaii quando scoprono che un testimone chiave in un vecchio caso di Torres si è presentato lì con prove cruciali.

La squadra NCIS indaga su un naufragio di una nave che trasportava animali esotici e che ora mette a rischio la fauna selvatica di Oahu. Alex subisce un infortunio che mette fine alla sua carriera e Kai chiede a Melanie un appuntamento.

Sull'isola di Oahu, vengono uccise tre persone in quindici ore. La squadra indaga sugli omicidi per scoprire possibili collegamenti, Ernie lavora faticosamente ad un identikit.

Capitan Milius ritorna alle Hawaii per un'operazione segreta di scambio di prigionieri e porta Jane come sua scorta personale di sicurezza nelle Filippine, dove lo scambio avrà luogo.

Capitan Milius continua a lavorare con Tennant e il suo team all'indomani dello scambio di prigionieri tra gli Stati Uniti e l'Europa orientale. Inoltre, Whistler segue il consiglio di Ernie e fa un grande gesto nella speranza di riconquistare Lucy.

Tennant’s team, along with NCIS agents Nick Torres and Jessica Knight, track The Raven’s whereabouts to the island of Oahu and learn about his plans to attack RIMPAC (The Rim of the Pacific Exercises), the world’s largest international maritime warfare exercise.

The crossover starts on NCIS S20E01 A Family Matter (I).

The NCIS team's investigation takes them deep into the world of illegal street racing after a Marine staff sergeant's body is discovered in a junkyard. Also, Tennant is concerned Alex is hiding something from her, and Whistler is anxious about introducing Lucy to her co-workers.

Tennant and the NCIS team suspect foul play when they investigate a fatal car crash involving a Navy officer who turns out to be an imposter. Also, Whistler finds herself in danger when she goes undercover to learn the truth behind the accident.

When a Navy sailor washes up dead in a sacred, forbidden kapu site, the NCIS team brings CGIS Special Agent Pike to unmask the mystery and catch a possible serial killer on the island. Also, Tennant meets Alex’s new girlfriend.

The NCIS team investigates the death of a Navy sailor and goes head-to-head with a ruthless local criminal organization. Also, Lucy looks for a new apartment.

When a Marine corporal dies in a tide pool after being exposed to fentanyl, the NCIS team must quickly find the source of the drugs; Alex talks to his parents about taking a gap year; Ernie reveals personal news to Lucy.

When the mother of a young boy goes missing, the NCIS team sets out to find her and learns they aren’t the only ones searching for her.

When a naval officer is murdered while moonlighting in community theater, the NCIS team recruits a familiar face to help lead them to a ruthless international killer. Also, Kai enlists Whistler to open an investigation into an old friend turned criminal.

When Commander Chase is abducted from her home by an Army Ranger accused of murder, the NCIS team must act quickly to find her and the suspect.

Tennant, Jimmy Palmer and Sam Hanna find themselves captured with a woman who claims to be a CIA agent demanding intel from the team. Also, Jesse, Ernie, Whistler and Alden Parker learn about an asset that arrived in Hawai’i who could be connected to several overseas assassinations.

The crossover starts on NCIS S20E10 Too Many Cooks (I). It continues on NCIS: Los Angeles S14E10 A Long Time Coming (III).

When Special Agent Pike is ambushed while working undercover with a local Japanese crime family, the team must find the person responsible for orchestrating the attacks. Also, Kai goes deeper into his investigation regarding an old friend turned criminal.

When an elite special forces Marine captain is murdered, the NCIS team finds a suspect in a really unusual place.

Following a close call at a meth lab explosion, the NCIS team learns Kai is being targeted by his old friend-turned-criminal and must take him down; Lucy gets her first big case aboard her aircraft carrier.

When the murder of a captain and his wife echoes a previous case, the NCIS team brings in a former team member to help determine if they are dealing with a copycat killer.

When a Navy deserter accidentally comes out of hiding, his family becomes a target that drives the NCIS team and Charlie 1 to investigate who is after them. Meanwhile, Lucy surprises the team by returning to Hawai'i from her agent afloat job early.

When Navy residents discover their vehicles were burglarized overnight, the NCIS team connects it to a series of peculiar crimes and tracks down an unlikely bandit. Also, Whistler struggles with an uncooperative CI and Alex weighs his college options.

Captain Milius returns to Hawai’i as the NCIS team works to catch a dangerous high-value U.S. Government target with the help of an informant unlike any they’ve ever encountered. Also, Tennant and Daniel deal with Alex’s acceptance into the Naval Academy

When Tennant interrogates a suspect during his helicopter transfer and the helicopter crashes, she must utilize her skills to save herself and the other passengers.

After the mysterious death of an astronaut in a highly sensitive Mars simulation, the NCIS team must send Ernie into the habitat to investigate alone.

When Lucy receives a strange call on night watch from a man admitting to murder, the NCIS team sets out to find him.

The discovery of a dead former MI6 agent uncovers secrets from Tennant’s past, forcing her to go to extreme lengths to track down the responsible party.

When a figure from Tennant’s CIA past re-emerges, the NCIS team seeks help from the most unlikely place to catch a killer who threatens to destroy everything Tennant has built.

After Tennant passes her medical and psych evaluations, she's surprised to see Sam's conducting her final interview to clear her return to work. Also, when the team discovers a breach in the U.S. Marshal's database, Sam joins Tennant in Las Vegas to locate the hacker.

Following the crash of a prisoner transport plane, the NCIS team must find the convicts that escaped onto the island. Meanwhile, Sam Hanna and Tennant are tasked with locating a high-profile Russian prisoner known as "The Chemist".

After a brazen daytime robbery of a Navy Federal Credit Union, the NCIS team tracks down a group of adrenaline-seeking thieves. Meanwhile, Tennant grows suspicious of Sam Hanna's reasons for being in Hawai'i.

When a Navy pilot is found murdered at a local military resort, the team goes undercover to discover a criminal enterprise hiding in plain sight.

NCIS is tasked to protect the daughter of a Russian oligarch carrying a deadly secret. Meanwhile, Sam asks Tennant for a favor.

When the fiancée of a vanished naval officer seeks the help of NCIS, the team reveals his secrets go much deeper than she suspected. Meanwhile, Sam recruits Kai to be his wingman.

When a Marine is murdered during training on the Big Island, the NCIS team tracks the suspect deep into the woods and discovers a disturbing secret.

After a Marine's wife is kidnapped for ransom, the NCIS team uncovers dark secrets as they race to track down her abductor before it's too late. Meanwhile, Sam seeks Ernie's expertise decrypting a computer program that may have deadly ramifications.

When a high-value bioweapons expert is murdered in a secure facility on Hawai'i, NCIS and the NCIS Elite team join forces to track down the killer and discover an even deadlier threat.

Following a devastating ambush with a deadly bioweapon, the NCIS team must track down a mysterious terrorist group before they can strike again.