Mientras que en un viaje de negocios en el mar para su compañía, Rokuro Okajima es secuestrado por los miembros de la Compañia del Lagoon: Dutch, Revy, y Benny. Después de obtener un disco confidencial para su cliente, Balalaika, el jefe del Hotel Moscú y de una parte de la mafia rusa, Revy toma Rokuro como un rehén en su nave, El Black Lagoon, para pedir un rescate. A pesar de esto, Rokuro comienza a vincularse con los miembros de la Compañía del Lagoon, y Dutch le da el apodo de "Rock". Mientras tanto, el consejo de la compañía de Rock le da a Kageyama, el superior de Rock, la autoridad para perseguir el disco desaparecido, y Kageyama contrata a un grupo mercenario para atacar a la Compañía del Lagoon cuando se detienen en la ciudad portuaria de Roanapur. El grupo despacha a la mayoría de los mercenarios y se escapan hacia el Black Lagoon en su vehiculo. Sin embargo, Kageyama se comunica con la compañía del Lagoon, que informa a Rock que ha sido declarado muerto por la compañía y poco después un helicóptero muy armado del mismo grupo de mercenarios comienzam a perseguir el Black Lagoon.

Para evadir al helicoptero, Dutch conduce el Black Lagoon por un río, pero llega a un callejón sin salida. Al darse cuenta de la inutilidad de su situación, los miembros del Lagoon comienzan a planear lo peor. A pesar de esto, Rock crea un plan para derrotar al helicoptero, deduciendo que la mentalidad del piloto es similar a la de un duelista, que quiere enfrentarse a su oponente cara a cara. Siguiendo el plan de Rock, Dutch utiliza un barco hundido como trampolín para lanzar el Black Lagoon al aire y destruir al helicoptero con torpedos. La Compañía del Lagoon logra entregar el disco a Balalaika, que le da el disco a Kageyama, ya que había hecho un trato con la mafia rusa como una contingencia. En lugar de regresar con Kageyama, Rock decide quedarse con la Compañía del Lagoon, que lo aceptan como un nuevo miembro.