Pan, per salvare Goku e Trunks, entra nella torre di controllo del pianeta, dove lotta e sconfigge innumerevoli macchine mutanti in cerca di Gil e delle sfere rubate.

Goku, dopo aver detto a Trunks di badare a Pan, lotta contro la Squadra Sigma, che si dimostra superiore alle altre macchine mutanti.

Lilde arriva e dopo essersi congratulato con Goku per aver sconfitto la squadra Sigma, viene attaccato da Pan, che lo atterra. Dopo una breve lotta Lilde decide di mostrare la sua vera potenza, assorbendo i componenti della squadra Sigma e divenendo Mega Lilde. Goku, per contrastarlo, si trasforma in Super Saiyan.

oku distrugge i pezzi della squadra Sigma uniti a Lilde. Questi a questo punto assorbe i meccanismi del pianeta. Tuttavia Goku riesce a tenergli testa, trasformandosi per pochi secondi in Super Saiyan 2 per respingere un attacco nemico.

Pan, che ha recuperato una sfera del drago, giunge sul campo di battaglia attirando l'attenzione di Lilde, che decide di trasformarla in una lastra di metallo. anche Goku, distratto dalla nipote, viene colpito, così entrambi mutano in lastre di metallo.

Nella stanza segreta del laboratorio, Goku, Pan e Trunks scoprono una nuova forma di vita ancora neonata. Si tratta di Baby, mutante perfetto creato dal Dr. Myuu a carico dell'energia proveniente dall'intero universo. I tre scoprono presto che Baby possiede una potenza incredibile, ma dopo una dura lotta sembra che il mutante venga sconfitto da un attacco combinato dei tre Saiyan. Purtroppo, Baby è ancora vivo.

Il radar localizza una sfera all'interno di un'astronave abbandonata che sta per essere assorbita dalla gravità di una Supernova. Ma all'interno dell'astronave, Goku, Pan e Trunks, oltre alla sfera, trovano un ragazzo in fin di vita e decidono di salvarlo. Ma l'astronave sta per essere assorbita e solo la Kamehameha di Goku permette ai tre Saiyan di salvarsi dalla gravità della stella.

Goku, Pan e Trunks lanciano un S.O.S per curare il ragazzo trovato sull'astronave ed atterrano su un pianeta simile alla Terra. Ma dal corpo del ragazzo esce Baby, che si impossessa del medico caporeparto. Così, Baby convince Trunks a seguirlo e infine mostra la sua vera identità, uscendo dal corpo del medico e attaccando il giovane. Dopo essersi fatto rivelare l'obiettivo finale di Baby, ottenere la forza dei Saiyan necessaria a completarsi e a dominare l'universo, Trunks fa uscire allo scoperto Goku e Pan, che avevano capito che qualcosa non andava. Ma Baby riesce a ferire Trunks e ad entrare nel suo corpo. Il giovane, però, si trasforma in Super Saiyan e si libera del parassita, che tuttavia riesce a fuggire.

Mentre Goku, Trunks e Pan recuperano l'ultima sfera, Baby, cresciuto, giunge sulla Terra per conquistare la potenza dei Saiyan. Il primo ad imbattersi in lui è Goten, che lotta con il parassita. Goten si trasforma in Super Saiyan e dopo una breve lotta con Baby, quest'ultimo riesce ad entrare nel suo corpo attraverso una ferita e si impossessa del ragazzo.

Baby, nel corpo di Goten, sfida Gohan, il quale capisce che nel fratello c'è qualcosa che non va. Gohan capisce quasi subito che il corpo di Goten è controllato da un parassita e capisce anche che non deve tirare fuori tutta la sua forza, altrimenti si impossesserà anche di lui. Ma dopo una Kamehameha lanciata da Goten Super Saiyan, Gohan è costretto a trasformarsi per respingere l'attacco, e Baby ne approfitta per impadronirsi del suo corpo.

Vegeta viene attaccato da Baby, che si trova ancora all'interno del corpo di Gohan. Il principe dei Saiyan viene così a conoscenza dei piani di Baby di ripristinare la razza Tsufuru, annientata tempo addietro dai Saiyan. Durante la lotta, Vegeta dimostra di essere superiore a Gohan, ma quando anche Goten, ancora sotto il controllo di Baby, arriva sul campo di battaglia, Vegeta è costretto a mostrare la sua massima potenza per contrastare la forza combinata dei due fratelli, e Baby riesce a impossessarsi del suo corpo. Nel frattempo Goku, Trunks e Pan trovano la settima sfera del drago su un pianeta ghiacciato.

Le sfere sono state ritrovate e Goku torna sulla Terra, ma prima di andare a casa, Goku lascia in custodia le sfere a Dende, senza sapere che Baby si è impossessato anche di lui. Tornato a casa, si accorge che c'è qualcosa che non va, infatti né Chichi né Videl gli rivolgono parola. Poco dopo, Gohan e Goten, trasformandosi in Super Saiyan, attaccano Goku e Pan, che viene subito sconfitta ma tratta in salvo da Majin Bu e Mr. Satan, che spiega a Goku cos'è successo: tutta la popolazione terrestre è finita sotto il controllo di Baby, compresi i suoi figli. Goku, quindi, si chiede cosa stia succedendo, quand'ecco che anche Bra e Trunks, sotto il controllo di Baby a causa dell'uovo depositato nel suo corpo sul pianeta Vidal, arrivano a combattere. Insieme a loro arriva anche Baby stesso, che, nel corpo di Vegeta, si prepara alla lotta definitiva con Goku.

Costretto a combattere, Goku si trasforma in Super Saiyan 3 e inizia la lotta con Baby. Tuttavia, nella sua forma di bambino, la trasformazione non regge e torna presto allo stato normale. Baby assorbe l'energia dei Saiyan e della popolazione terrestre, trasformandosi in essere perfetto e finendo Goku con un'enorme sfera di energia.

Sembra che Goku sia morto, visto che del suo corpo non c'è traccia, dopo che Baby ha scagliato la sua arma finale. Ma in realtà non è così, infatti Goku viene salvato all'ultimo secondo da Kibitoshin, che lo fa erroneamente cadere nello Spazio Gioco, dove Goku dovrà fare una partita al gioco dell'oca con uno strano essere, Suguru.

Il gioco tra Goku e Suguru procede male. Goku avanza di poche caselle, mentre Suguru è quasi arrivato in cima. Ma ben presto Goku scopre che il gioco è truffato, infatti il dado di gioco è il figlio di Suguru, che in realtà è, come il padre, un procione spaziale finito involontariamente nello Spazio Gioco. Allora Goku decide di usare la Kamehameha per fuggire, ma finisce così nello spazio aperto. Ma ancora una volta, Kibitoshin interviene e salva il Saiyan e i due procioni.

Grazie alle sfere del drago recuperate da Goku, Baby ha chiesto a Shenron di ricreare Plant, il pianeta degli Tsufuru. Anche Pan, Mr. Satan e Bu vanno sul pianeta, per salvare i terrestri dal controllo di Baby. Pan cerca di combattere contro lo Tsufuru, ma Gohan interviene per eliminarla. Fortunatamente, un attimo prima che Gohan le dia il colpo di grazia, interviene Ub, arrivato a salvarla. Ub lotta secondo gli insegnamenti del maestro Goku, ma viene sconfitto. Majin Bu, sentendo che quel ragazzo ha bisogno di lui e sapendo che altri non è che la reincarnazione della sua metà, decide di fondersi con lui, in modo da tornare a essere una sola persona.

Ub va subito ad affrontare Baby, ma il suo attacco speciale gli viene ritorto contro, e diventa un cioccolatino. Intanto, sul pianeta dei Kaio, Kaioshin il Sommo spiega che l'unico modo per sconfiggere Baby è risvegliare i poteri Saiyan di Goku e per farlo è necessario estrarre la coda. Così, dopo diversi tentativi, la coda di Goku viene estratta.

Goku arriva su Plant, dove Baby ha appena mangiato Ub, trasformato in cioccolatino. Con la coda estratta, Goku si crede invincibile e trasformato in Super Saiyan 3 inizia una lotta con Baby. Ma Baby è superiore a Goku, che viene sconfitto con pochi colpi. Ma guardando la Terra, Goku si trasforma in un enorme scimmione dorato, che comincia a distruggere ogni cosa che gli capita a tiro. Pan cerca di fermare il nonno, cercando di fargli ricordare i bei momenti passati assieme. Goku non la riconosce e sale su una montagna nel disperato tentativo di toccare la Terra. Pan si mette a piangere per l'incapacità di far ragionare il nonno, e proprio vedendo piangere la nipotina, Goku torna in sé, avviando un nuovo processo di trasformazione.

Dopo aver riacquistato la memoria grazie alle lacrime di Pan, Goku inizia un nuovo processo di trasformazione, che lo porta a trasformarsi in Super Saiyan 4, lo stadio finale di Saiyan. Dopo aver raggiunto il quarto livello, le sorti si invertono e Goku si mostra nettamente superiore a Baby.

Baby, in difficoltà contro Goku, che ha raggiunto lo stadio del Super Saiyan 4, usa delle speciali lenti in grado di amplificare la potenza delle Onde Bluetz (le onde che permettono la trasformazione in Oozaru) di mille volte, rendendo possibile la trasformazione in Oozaru anche in mancanza della coda. Così, divenuto uno scimmione dorato, Baby inizia una nuova lotta con Goku, che sembra terminare in parità.

Kaioshin il Sommo trova il modo di far tornare normali tutte le persone rese schiave da Baby: l'Acqua Miracolosa, che si trova nel palazzo di Dio. Intanto, Baby viene rianimato dalle Onde Bluetz e si appresta a finire Goku, ormai esausto. Kibitoshin recupera l'Acqua Miracolosa, liberando così Dende, Mr. Popo, Trunks, Gohan e Goten.

Goku è stremato e non riesce più a combattere contro il potentissimo Baby, così intervengono Gohan, Goten e Trunks che, trasformandosi in Super Saiyan, passano le loro energie a Goku, che si riprende e torna in perfetta forma.

Goku, con le sue energie ricaricate, dimostra la vera potenza del quarto livello del Super Saiyan, e dimostra di essere superiore a Baby, sconfiggendolo. Ma al momento di finirlo, Goku decide di non ucciderlo, perché morirebbe anche Vegeta, quindi taglia la coda allo Tsufuru, il quale torna alle sue sembianze di prima. Baby, il cui corpo in seguito alla trasformazione in scimmione si era ingrandito, è costretto ad abbandonare il corpo di Vegeta. Lo Tsufuru tenta così di fuggire, ma Goku lo elimina con una Kamehameha x10.

Goku, tornato sulla Terra, ritorna allo stato base, con ancora l'aspetto di un bambino. L'Acqua Miracolosa fa tornare normali tutti i terrestri. Ma siccome le sfere del drago dalla stella nera non sono tornate al loro posto ma sono state usate da Baby, il pianeta sta per esplodere. Per essere salvati, i terrestri vengono trasportati su Plant. Piccolo decide di rimanere sulla Terra per scomparire con lei: in questo modo scomparirebbero anche le sfere del drago dalla stella nera, troppo pericolose per continuare ad esistere. La Terra viene ripristinata da Polunga.