Arrivati sull'isola, N.17 vuole battersi da solo con Piccolo ignorando della sua nuova forza, il super namecciano approfitta della cosa perché se riuscisse almeno a distruggere il suo nemico, Cell non potrebbe completarsi. La battaglia va avanti alla pari, i due come aveva detto N.16 hanno la stessa forza. Cell avverte la potente aura di Piccolo e capisce che sta combattendo contro i Cyborg, precipitandosi sul luogo del combattimento.

Il combattimento tra Piccolo e N.17 va avanti senza esclusioni di colpi alla pari, ma mentre la forza del namecciano inizia ad esaurirsi, quella del cyborg al contrario è inesauribile. Intanto Bulma ha finito di costruire il congegno per disattivare gli androidi e lo porta da Crilin. Cell alla fine raggiunge il luogo di battaglia.

Cell dopo aver assorbito molti umani è molto più forte di prima e attacca C-17 riuscendolo quasi ad assorbire ma Piccolo interviene, così i due iniziano ad affrontarlo insieme. Crilin per affrettarsi a ricevere il telecomando va a raggiungere a metà strada Bulma, mentre Tenshinhan raggiunge il luogo di battaglia. Piccolo attacca con un potentissimo colpo Cell esaurendo le sue energie, ma il mostro si salva e rompe il collo di Piccolo sconfiggendolo e apparentemente uccidendolo.

Cell prova a assorbire C-17, ma glielo impedisce il silenzioso C-16, che inizia a combattere contro Cell. A un certo punto della lotta, C-16 strappa la coda di Cell, ma Cell la rigenera.

Cell e C-16 continuano a lottare, ma Cell riesce a avvicinarsi furtivamente a C-17 e a assorbirlo. Ora che Cell è diventato più forte, C-16 viene sconfitto facilmente e la sua testa viene danneggiata. Tenshinhan inizia a tenere occupato Cell lanciandogli addosso Cannoni dell'Anima a raffica, mentre C-18 e C-16 scappano.

Tenshinhan usa tutta la sua energia per impedire a Cell di assorbire C-18. Quando crolla arriva Goku che salva lui e Piccolo da Cell.

Vegeta e Trunks escono dalla stanza dello spirito e del tempo. Goku e Gohan vi entrano per iniziare il loro allenamento. Nel frattempo Cell, alla ricerca di C-18, distrugge delle isole.

Vegeta e Trunks trovano Cell. Vegeta diventa un Super Saiyan Dai Ni Dankai e inizia a combattere con Cell.

Vegeta mette in seria difficoltà Cell. Nel frattempo Goku prova a insegnare a Gohan come diventare Super Saiyan.

La lotta tra Vegeta e Cell continua con Vegeta in netto vantaggio mentre a Crilin viene affidato il compito di disattivare C-18 con un telecomando costruito da Bulma.

Vegeta interrompe la battaglia per permettere a Cell di assorbire C-18 in modo che possa affrontare un avversario più forte. Nel frattempo Crilin, chiaramente innamorato di C-18, non ha il coraggio di disattivarla, distrugge il telecomando e le dice di scappare.

Trunks e Crilin tentano di evitare l'assorbimento di C-18, ma alla fine Cell riesce ad assorbirla.

Cell è diventato finalmente l'essere perfetto. Trunks e Crilin hanno tentato disperatamente di fermarlo ma non ci sono riusciti. Gohan si trasforma per la prima volta in Super Saiyan.

Vegeta cerca di attaccare Perfect Cell. Pur combattendo con tutte le sue forze, non riesce nemmeno a ferire Cell, che sta combattendo utilizzando una minima parte dei suoi poteri.

Cell riesce a sconfiggere Vegeta. Con Vegeta svenuto, Trunks si trasforma in Super Saiyan Dai San Dankai.

Mentre Crilin porta in salvo Vegeta, Trunks e Cell combattono.

Mentre Trunks aumenta il suo potere e la sua massa muscolare per raggiungere il Super Saiyan Dai San Dankai, rammenta il suo terribile futuro; i cyborg C-17 e C-18 della sua linea temporale, sono spietati, e distruggono e uccidono chiunque capiti a tiro. Quando i Guerrieri Z provarono a fermarli furono uccisi uno dopo l'altro, prima Vegeta SSJ e poi Piccolo, Yamcha, Tenshinhan, Crilin e Yajirobei. A proteggere la Terra, rimasero soltanto un adulto Gohan SSJ, e un giovane Trunks; Gohan riesce a dare qualche problema ai cyborg, ma alla fine sono costretti a ritirarsi e a nascondersi. Anche Cell rammenta sempre in quel futuro di quando uscì dal laboratorio ed iniziò ad evolversi, assorbendo alcuni dei pochi sopravvissuti rimasti, ma non trovando traccia dei cyborg, probabilmente uccisi proprio dall'attuale Trunks. Il combattimento riprende, e la nuova potenza di Trunks è incredibile, Cell ammette di essere stato superato in potenza, ma che comunque sarà lui a vincere.

Trunks continua ad aumentare il suo potere attaccando Cell, che però schiva tutti i suoi colpi e riesce anche a respingerlo. Nel frattempo, mentre Gohan fa pratica col SSJ, Goku raggiunge lo stadio di Super Saiyan Dai San Dankai, ma dice che questa trasformazione lo rende troppo lento e gli fa sprecare molta energia, pertanto è inutile, quindi dice a Gohan che dovranno abituarsi a rimanere sempre trasformati in Super Saiyan. Anche Trunks capisce che non può sconfiggere Cell e si arrende, infatti anche se è più forte di Cell, è troppo lento per poter riuscire a colpirlo. Cell, invece di finirlo, fa una proposta a Trunks: organizzerà un torneo simile al Tenkaichi, il Cell Game, che inizierà dopo dieci giorni. Se i Guerrieri Z non riusciranno a eliminarlo Cell distruggerà la Terra. L'essere perfetto spiega, che non ha interesse nella conquista della Terra, né nella vendetta contro Goku, ma vuole solo divertirsi, testare i suoi limiti, e vedere il volto degli esseri umani pervaso dal terrore.

Goku e Gohan continuano il loro allenamento nella stanza dello spirito e del tempo mentre Trunks informa a tutti del torneo di arti marziali organizzato da Cell. Crilin porta un danneggiato C-16 da Bulma che decide di ripararlo in modo che possa partecipare al torneo. Nel frattempo Cell crea il ring.

Cell annuncia in TV a tutto il mondo che ci sarà un torneo e che se nessuno riuscirà a sconfiggerlo distruggerà la Terra.

Goku e Gohan escono dalla stanza dello spirito del tempo molto più forti di prima. Goku si teletrasporta al ring del Cell game e incontra Perfect Cell.

Goku e Gohan decidono di passare più della metà dei nove giorni rimanenti prima del torneo a riposare.

Piccolo inizia il suo allenamento nella stanza dello spirito e del tempo. Nel frattempo Gohan salva una ragazzina che stava per annegare in un fiume e incontra suo padre. Un rifugio anti-Cell sta per essere costruito da un uomo che ha come guardia del corpo Tao Pai Pai, un assassino sconfitto da Goku quando era bambino e diventato poi un Cyborg. Quando il suo capo gli ordina di attaccare Gohan, Tao Pai Pai prende paura del figlio di Goku e scappa.

L'esercito viene mandato a eliminare Cell che però lo sconfigge facilmente. Gohan festeggia con la sua famiglia il suo 11º compleanno.

Piccolo esce dalla stanza dello spirito e del tempo più forte di prima.

Goku va sul nuovo pianeta Namecc a cercare un nuovo Dio della Terra. Dende diventa il nuovo Dio della Terra e crea un drago che può esaudire tre desideri. Goku va poi a cercare le sfere del drago.

Goku va a cercare la settima e ultima sfera del drago che è nelle mani del capo di Tao Bai Bai.

Il giorno del Cell game arriva e i guerrieri si presentano al campo di battaglia incluso Mr. Satan, l'"uomo più forte del mondo".

I primi a combattere contro Cell sono due allievi di Mr. Satan che vengono sconfitti da Cell molto facilmente. Mr. Satan combatte contro Cell ma anche lui viene subito sconfitto.

Inizia la lotta tra Goku e Cell.

Goku e Cell continuano a combattere. Cell mostra molte delle sue tecniche come la Kamehameha e il Kienzan.

Per eliminare la possibilità che la battaglia finisca perché uno dei due avversari esca fuori dal ring Cell distrugge l'arena da lui stesso creata. Goku abbina la Kamehameha al teletrasporto, riuscendo a distruggere la parte superiore del corpo di Cell e sembra aver vinto.

L'aura di Cell è ancora percepibile e infatti, grazie alle cellule ereditate da Piccolo, il nemico si rigenera seppur conservando un'energia inferiore. Anche Goku comincia ad accusare la fatica e dopo altri duri attacchi, ammette che Cell gli è superiore in fatto di potenza. Il Saiyan, dopo aver rifiutato di mangiare un Senzu, si arrende tra lo stupore di tutti.

Cell si prepara a festeggiare la vittoria, ma Goku ammette di essersi arreso soltanto per fare spazio ad un compagno più forte di lui. Il nemico rimane stupito e ricorda di aver già sconfitto Piccolo, Vegeta e Trunks non riuscendo a capire chi possa essere più forte; Goku rivela di aver scelto il figlio Gohan, confidando nel suo potere nascosto. Lo scontro ha inizio e il giovane, pur mostrando una forza persino superiore al padre, si trova ben presto in difficoltà contro l'androide.

Gohan viene messo subito alle corde, scatenando le proteste di Piccolo e degli altri, mentre suo padre si dimostra ancora sicuro. Ricordando le battaglie con Radish, Vegeta e Freezer, Gohan avverte Cell dei pericoli derivanti dalla sua ira; il nemico, più incuriosito che spaventato dalla storia, lo colpisce ancora più duramente. Gohan reagisce, ferendo lievemente Cell.

Mentre lo scontro va avanti, e Gohan è colpito sempre più duramente, Cell ruba il sacco dei Senzu così che nessuno dei guerrieri presenti possa curarsi ed intervenire nello scontro. Approfittando della sua mancaza di aura, C-16 afferra Cell alle spalle per eliminarlo con un'esplosione ma scopre che l'ordigno dell'autodistruzione è stato rimosso dal suo corpo; Cell distrugge quasi interamente l'androide e crea sette copie in miniatura, i Cell Junior, per attaccare Vegeta e gli altri.

Mentre i Cell Junior combattono con Goku e i suoi amici trovando poca resistenza, Cell distrugge del tutto C-16: infuriato per la distruzione dell'androide, Gohan libera la rabbia e si trasforma in Super Saiyan di secondo livello.

Nello stadio di Super Saiyan, Gohan distrugge senza difficoltà i Cell Junior e si prepara a combattere con Cell.

La trasformazione ribalta le sorti del combattimento, con Cell messo alle strette in pochi colpi.

Gohan colpisce pesantemente Cell, facendogli rigurgitare - con un calcio stomaco - l'assorbita C-18. Il nemico regredisce allo stato precedente, quello in cui aveva affrontato Vegeta.

Cell decide di autodistruggersi per far esplodere la Terra, ma Goku lo porta - grazie al teletrasporto - sul pianeta di Re Kaio dove avviene la detonazione. Goku e Re Kaio muoiono nell'esplosione, mentre sulla Terra Gohan e gli altri piangono la scomparsa dell'eroe; tuttavia Cell, sopravvissuto alla bomba, riappare nel suo stadio perfetto e uccide Trunks.

Vegeta, furioso per la morte del figlio, attacca Cell ma viene sconfitto. Gohan, nel tentativo di salvarlo, riceve un colpo energetico ad un braccio perdendone la funzionalità.

Mentre Cell prepara la Kamehameha con cui distruggere il pianeta, rammenta l'epoca da cui proviene: il Dottor Gelo aveva creato l'essere perfetto combinando le cellule di Saiyan, namecciani, umani e alieni. Incitato da Goku, che gli parla dall'aldilà grazie a Re Kaio, Gohan lancia a sua volta una Kamehameha che si scontra con l'attacco del nemico.

La collisione tra i due attacchi crea una voragine nel terreno, facendo tremare il pianeta. Capendo che Gohan si sta trattenendo per non danneggiare la Terra, Goku gli ricorda le sfere del drago e il giovane imprime più forza all'attacco. Piccolo, Tenshinhan, Crillin e Yamcha attaccano Cell inutilmente, che li spazza via soltanto con l'aura; quando il pianeta comincia ad andare in frantumi, Vegeta attacca Cell dall'alto distraendolo. Approfittando dell'attimo, Gohan libera la sua massima energia distruggendo definitivamente il nemico.

Dopo aver sconfitto Cell, Gohan è sfinito e i suoi amici decidono di portarlo da Dende che lo guarirà con i suoi poteri magici. Anche Trunks e C-18 vengono portati al palazzo di Dio. Dopodiché, il piccolo namecciano evoca il nuovo drago Shenron e i nostri amici sono pronti ad esprimere i loro desideri. Per prima cosa gli chiedono di far tornare tutte le persone eliminate da Cell. Con il secondo desiderio vorrebbero far resuscitare Goku, ma il drago conferma di non poterlo poiché già morto e resuscitato una volta, allora pensano di farsi trasferire sul pianeta dei namecciani, in modo da chiedere al drago Polunga di far tornare anche Goku. Quest'ultimo, però, tramite un messaggio telepatico, fa sapere che ha deciso di restare nell'aldilà per allenarsi, invece che ritornare sulla Terra. Intanto Mr. Satan si è preso i meriti della sconfitta di Cell.

Crilin chiede al drago Shenron di togliere l'esplosivo impiantato nei corpi di C-17 e C-18, dopodiché tutti ricominciano una nuova vita.

Trunks ritorna nella sua epoca, sconfiggendo C-17 e C-18, e successivamente Cell, prima che riesca ad entrare nella macchina del tempo per ritornare nel passato e diventare l'essere perfetto.