坂本金八（武田鉄矢）が担任を務める桜中学３年B組は、２学期になって２人の転入生・成迫政則（東新良和）と鶴本直（上戸彩）を迎えた。男子の何人かが直をからかうと…。

転校早々何かにつけて物議を醸している直（上戸彩）が校長室に呼び出された。千田新校長（木場勝己）は和を乱すとしてスカートの長さを注意するが…。

信太宏文（辻本祐樹）の遅刻が続いた。金八（武田鉄矢）は単なる朝寝坊だと思うが、別の原因があり…。一方、入院中の幸作（佐野泰臣）のストレスが限度に達していた。

自分が悪性リンパ腫と知った幸作（佐野泰臣）は自暴自棄に。一方、３Bでは俊大（途中慎吾）や崇行（中尾明慶）がふざけて非常ベルを押し、驚いた哲郎（太田佑一）が…。

文化祭が迫ってきたが、３年B組の出し物は決まっていなかった。話し合いは平行線をたどるが、病気と闘っている幸作（佐野泰臣）のためにソーラン節を踊ることに。

３年B組が卒業証書の原料になるケナフの刈り入れをしていた時、崇行（中尾明慶）がナイフで指を切ってしまう。崇行の血を見て震え保健室に運ばれた政則（東新良和）は…。

３年B組の教室では、江藤直美（鈴田林沙）が同性の直（上戸彩）のことを好きなのではないかというウワサが広まっていた。授業中もその話題が手紙で行き交い…。

最近多発しているひったくり対策のため夜回りが始まることに。儀（斉藤祥太）はバイクで暴走行為や引ったくりを繰り返している兄・武（白川峻）に止めるよう懇願するが…。

受験シーズンも近づき、三者面談が行われた。３Bの生徒たちは誰も金八（武田鉄矢）の意見を聞かず夢や考えを語るが、金八は欠席を続ける儀（斉藤祥太）のことが心配で…。

両親が食事を作るようになり、迷惑そうにしながら喜ぶ儀（斉藤祥太）をほほ笑ましく思う金八（武田鉄矢）だが…。一方、乾先生（森田順平）は英子（原日出子）の出産を…。

儀（斉藤祥太）はお腹を押さえて苦しそうにしている乾先生（森田順平）の妻・英子（原日出子）を見つける。一方、直（上戸彩）は充宏（川嶋義一）に怒りをあらわにし…。

儀（斉藤祥太）の兄・武（白川峻）が帰ってきた。儀は何も言わずいなくなった兄を責め、大ゲンカが始まる。そして乱闘の最中に倒れたストーブから引火して儀の家が火事に！

再び無菌室に入った幸作（佐野泰臣）を心配する金八（武田鉄矢）だが推薦入試を控えた３Bを気遣うよう幸作に助言される。一方、美紀（森田このみ）の父親が自殺を図り…。

美紀（森田このみ）と和解した直美（鈴田林沙）が３Bに戻る。一方、美紀は父親が一命を取り留めたにも関わらず推薦入試には行かないと言って金八（武田鉄矢）を困らせる。

都立推薦入試の結果が発表された。陽子（中分舞）は青嵐高校に落ち、金八（武田鉄矢）に八つ当たりする。その頃、正臣（佐々木和徳）と奈津美（谷口響子）は…。

ついに私立高校一般入試が訪れた。ふとしたことで崇行（中尾明慶）と他校の生徒の間で小競り合いが起き、そこに俊大（途中慎吾）も加わって大騒動になってしまう。

高校にも落ち、正臣（佐々木和徳）に振られて傷心の奈津美（谷口響子）は、当てつけに長谷川奈美（中村友美）と出会い系サイトに伝言を残すと、すぐに返事があり…。

“成迫”という教師が犯した殺人事件についての週刊誌の記事に目を留めた充宏（川嶋義一）らは、同姓の政則（東新良和）に父親のことを根ほり葉ほり聞き始め…。

金八（武田鉄矢）は政則（東新良和）が週刊誌で報道された問題について、３年B組全員で考えるべくディベートを提案。一方、ディベートに参加しなかった直（上戸彩）は…。

金八（武田鉄矢）は直（上戸彩）とカウンセラーを訪れ、直にクラスへ戻るよう呼びかける。そして３Bでは、本田先生（高畑淳子）や金八らによる総合学習授業が行われる。

特別授業の後、直（上戸彩）は都立ひかり高校定時制に合格した。３Bの皆も“男”である直を受け入れつつあり壁はなくなったかと思われたが、充宏（川嶋義一）だけは…。

名誉毀損で雑誌社と争うことを報告するため、政則（東新良和）は金八（武田鉄矢）と共に服役中の父・政之（佐戸井けん太）のもとを訪れた。そして、卒業式が始まるが…。