Een terminale longkankerlijder en scheikundedocent waagt zich aan het maken en verkopen van methamphetamine om voor zijn gezin te kunnen zorgen.

Na hun eerste misgelopen drugsdeal moeten Walt en Jesse een paar lijken opruimen. Ondertussen vermoedt Skyler dat haar man een kwaadaardig plan heeft.

Terwijl Walt de ellende oplost die is voortgekomen uit zijn eerste drugsdeal, komt Skyler te dicht bij de waarheid over zijn dubbelleven.

Gedwongen om de waarheid over zijn ziekte te onthullen, maakt Walt zich zorgen over hoe hij de kostbare kankerbehandelingen zou kunnen bekostigen.

Skyler grijpt in om Walt te overtuigen dat hij moet ingaan op het genereuze aanbod van zijn voormalige partner om de kankerbehandelingen te bekostigen.

Nu de bijwerkingen en de kosten van zijn behandeling zich opstapelen, eist Walt dat Jesse een handelaar zoekt om hun drugs te kopen, waardoor hij in de problemen komt.

Na Jesse’s kennismaking met de dood, besluit Walt meer drugs te produceren voor de meedogenloze Tuco. Ondertussen verdenkt Skyler haar zus van winkeldiefstal.

Terwijl ze plannen maken voor hun laatste grote drugsdeal, zijn Walt en Jesse bang dat hun enige afnemer hen zal vermoorden zodra hem dat uitkomt.

Terwijl de DEA een jacht op Tuco in gang zet, schakelt Skyler Hank in om op zoek te gaan naar Walt.

Als Hank op het punt staat om Walts rol in de drugshandel te ontsluieren, bedenkt hij een plan om zijn sporen uit te wissen.

Walt heeft moeite met het overbruggen van de kloof tussen hem en Skyler. Jesse heeft geen dak boven z'n hoofd, nadat z'n ouders hem uit huis hebben gezet.

Hank probeert zich groot te houden na zijn ontmoeting met Tuco. Ondertussen stelt Jesse een team samen om meer producten op straat te kunnen verkopen.

Terwijl Jesse de verslaafden, die Skinny Pete's drugsvoorraad hebben gesloten, achtervolgt, verzint Walt een verhaal dat verklaart hoe hij zijn behandelingskosten betaalt.

Door Jesse's plotselinge reputatie als drugsbaron, beluit Walt dat hij de handel moet uitbreiden. Ondertussen laat Hanks uitstapje naar het DEA-kantoor in El Paso hem op z'n grondvesten schudden.

Na Badgers arrestatie moeten Walt en Jesse samenwerken met Saul Goodman, een louche advocaat.

Bang dat hij niet lang meer te leven heeft, besluit Walt met Jesse de woestijn in te gaan voor een marathon meth-kooksessie.

Na het goede nieuws over zijn kankerbehandelingen, vraagt Walt zijn zwager Hank om advies voordat hij zich stort op het rechtzetten van zaken aan het thuisfront.

Na de dood van één van hun dealers moet Walt op zoek gaan naar een nieuwe laadplaats voor zijn meth. Aan het einde van de zwangerschap heeft Skyler tegenstrijdige gevoelens.

Nadat hij de geboorte van zijn dochter heeft moeten missen vanwege een grote drugsdeal, krijgt Walt ruzie met Jesse's vriendin Jane over zijn aandeel.

Walt wil zijn leven weer op het goede spoor krijgen als hij zich voorbereidt op z'n operatie en zijn bron van inkomst geheim wil houden voor Skyler en Walt Jr.

Walt heeft te maken met de nasleep van de vliegtuigcrash en een steeds kwadere Skyler, die peinst over de volgende stap in haar leven en dat van haar kinderen. Ondertussen wordt Jesse geconfronteerd met zichzelf.

Ondanks hoogoplopende spanningen in zijn thuissituatie, haalt Walt alles uit de kast om zijn gezin bij elkaar te houden. Walt Jr. haalt uit naar zijn moeder. Saul doet zijn best om Jesse te betrekken bij een hoogst ongebruikelijke investeringsmogelijkheid.

Walt trekt zich niets aan van Skylers eisen, waardoor hij haar steeds verder van zich af duwt. Saul smeekt Jesse om Walt over te halen weer te gaan koken. Op zijn werk gaat Hank, nog steeds geteisterd door paniekaanvallen, over de schreef.

Walt draait door als hij nieuws krijgt van Skyler en brengt daarmee zijn baan en zijn relaties met Saul en Jesse in gevaar. Hank stort zich volledig op zijn onderzoek naar de blauwe meth van Heisenberg. Jesse bedenkt een nieuw plan.

Gus intensiveert zijn pogingen om Walt weer aan het koken te krijgen, waardoor Walt en Jesse in een conflict raken. Skyler twijfelt over haar nieuwe relatie met Ted. Marie neemt Skyler in vertrouwen over haar zorgen om Hanks gezondheid.

Walt neemt zijn nieuwe lab in gebruik. Walt Jr. wil antwoord op vragen over de relatie tussen zijn ouders. De Mexicaanse neven jagen het personeel van Gus’ restaurant de stuipen op het lijf. Het onderzoek van Hank brengt Walt en Jesse in problemen.

Een woedende Hank gaat de confrontatie aan met Jesse en komt in de problemen op zijn werk. Skyler wil dat Walt actie onderneemt om Hank te helpen. Walts nieuwe lab-assistent verpest de eerste lading meth. De acties van Gus hebben grote gevolgen.

De familie wacht op nieuws over Hank. Walt vervangt zijn lab-assistent en probeert Gus tevreden te houden. In het ziekenhuis ziet Walt één van de Mexicaanse neven en realiseert hij zich dat hij door het oog van de naald gekropen is.

De vooruitzichten voor Hanks herstel leiden tot een conflict tussen Marie en hun verzekeringsmaatschappij. Jesse zoekt een manier om de opbrengst te verhogen.

Na een lang gespannen nacht in het meth-lab bezorgt een vervelende vlieg die weigert dood te gaan Walt en Jesse extra kopzorgen.

Hank is ontevreden over de snelheid van zijn herstel, Skyler twijfelt aan Sauls witwaspraktijken en Jesse wordt verliefd op een medepatiënt.

Jesse achtervolgt de dealers die Combo's moord hebben gepland. Hank weigert het ziekenhuis te verlaten en Skyler zet Walt onder druk om haar plan te accepteren.

Nadat hij twee dealers van zijn baas heeft uitgeschakeld, beseft Walt dat Gus van plan is hem en Jesse te vermoorden en Walt te vervangen door zijn voormalige assistent.