Reese wciąga do współpracy detektywów Cartera i Fusco, którzy mają mu pomóc w poszukiwaniu Fincha. Mężczyzna został uprowadzony przez swojego odwiecznego wroga, niejakiego Roota. Tymczasem okazuje się, że Maszyna nigdy nie śpi i generuje Reese'owi nowy numer.

System naprowadza Reese'a i Fincha na trop byłego żołnierza Joeya Durbana. Okazuje się, że weteran wojny na Bliskim Wschodzie ma tajemnicze powiązania w świecie przestępczym. Reese zmieni tożsamość, by zinfiltrować gang. Bierze udział w jednym z napadów grupy. Tymczasem detektyw Joss Carter jest coraz bliżej odkrycia prawdy o tożsamości Reese'a.

Maszyna wskazała Michaela Cahilla (Michael Aronov), który na pozór wydaje się być przeciętnym obywatelem. Jednak dorabia na szmuglerstwie dla niejakiego Vargasa. Reese (Jim Caviezel) szybko dostrzega, że Cahill jest policjantem, który infiltruje grupę przestępczą. John postanawia chronić życie tajniaka.

Maszyna podaje następny numer należący do Tommy Clay (Pablo Schreiber), który pracuje jako ochroniarz samochodu pancernego. Reese zaczyna pracę pod przykrywką razem z Tommy aby móc w stanie uchronić go od niebezpieczeństwa. Tymczasem widzimy retrospekcje Reesa z czasów pracy dla CIA.

Kiedy Finch dowiaduje się, że następny numer należy do Sarah Jennings (Dagmara Dominczyk). Byłej żony agenta federalnego Brada Jenningsa (Jeremy Davidson) daje Reesowi dzień wolnego, aby nie przypominać mu o bolesnych sprawach z przeszłości.

As Reese and Shaw race to catch up with Finch, he infiltrates a maximum-security government facility in a desperate mission which could mean the end for not only Samaritan, but for himself and The Machine as well.