Quand une jeune femme est retrouvée morte dans une ruelle, tous les indices présents sur place laissent à penser qu'elle est une victime du serial killer appelé le Triple Tueur. Ce dernier avait déjà terrorisé New York quatre ans plus tôt avant de disparaître mystérieusement. Castle et Beckett se battent contre le temps afin d'arrêter le meurtrier avant qu'il ne fasse d'autres victimes.

Alexis est de retour à la maison et en profite pour dévaliser le frigo de Castle.

L'équipe de Beckett enquête sur la mort de Tessa Horton. Elle a été retrouvée accrochée avec du fil barbelé, au plafond du salon et un symbole gravé sur le front. Les premiers soupçons vont se tourner vers son mystérieux petit ami, mais les résultats des empreintes et des preuves vont désigner Richard Castle comme le suspect numéro 1 de l'affaire. Bien vite, Richard est arrêté pour le meurtre de Tess. Richard continue à clamer son innocence. Alors qu'il est en cellule au poste de police, Richard a la désagréable surprise d'avoir la visite de Jerry Tyson, le triple tueur (3XK), qui lui avoue avoir préparé ce piège pour que Richard aille en prison, afin de se venger. De son côté, Kate tente désespérément d'innocenter Richard.

En parallèle, Kevin raconte à Javier que Kate et Richard sont en couple et qu'il le sait depuis le week-end du couple aux Hamptons, mais cela doit rester secret pour ne pas perturber l'enquête. Kate raconte à Lanie qu'elle est amoureuse de Richard, mais ne sait pas si elle doit croire les preuves quant à ce qu'il a fait.

Des preuves sur le corps d'une jeune femme assassinée incrimine le docteur Kelly Neiman, petite amie du tueur en série 3XK, némésis de Castle et Beckett.

L'épisode reprend quelques minutes après l'enlèvement de Kate. L'équipe découvre la voiture de Kate dans la rue, là où elle a été enlevée. Castle soupçonne Boudreau d'avoir enlevé Kate en compagnie de Nieman et d'Amy. Le commissariat déploie toutes ses forces pour retrouver Kate. Gates théorise sur le fait que Boudreau est Boudreau et que le vrai Tyson agit dans l'ombre. Castle réfute cette théorie. Castle reçoit un appel de Kate. Lorsque l'appel est localisé, Esposito, Ryan et Castle s'y rendent. Ils y découvrent un enregistreur vocal avec l'appel que Castle a reçu. L'enquête continue et Castle décide de prendre des risques afin de retrouver Kate. Ces risques ont de lourdes conséquences sur Richard, qui sait que Boudreau (Tyson) joue et les manipule, lui et la police, décide de tenter de le battre à son propre jeu. De son côté, Kate découvre avec horreur le plan du docteur Kelly Nieman. Kate met tout en œuvre pour tenter de s'échapper de ses griffes. Boudreau (Tyson) et le docteur Kelly Nieman se font tuer par la police. À la suite de ces événements, Castle retrouve son droit d'enquêter avec Kate au commissariat, commué de privilège en travaux d'intérêt général pour avoir agressé Boudreau chez lui.