Sarah, la voisine enceinte de Veronica disparaît mystérieusement. La jeune enquêteuse essaie alors de découvrir si le petit ami ténébreux de Sarah l'a tuée. Par ailleurs, Logan Echolls et Weevil se retrouvent ensemble en retenue.

Lorsque les gains d'une partie de poker entre Weevil, Duncan, Logan et deux autres 3/9 disparaissent, Veronica décide d'enquêter. Pendant ce temps, Keith recherche activement la harceleuse d'Aaron Echolls avant qu'elle ne ruine sa fête de Noël.

Pendant qu’elle continue d’enquêter sur le meurtre de Lilly Kane, Veronica suit une piste risquée qui pourrait discréditer l’aveu d’Abel Koontz lorsqu’elle découvre que le tueur reconnu coupable a une fille, Amelia DeLongpre, qui est sur le point de recevoir un énorme pot-de-vin de la part de Jake Kane. Logan trouve dans l’ordinateur de Veronica des fichiers détaillés sur tous ceux liés à la mort de Lilly. Au lycée, Veronica est engagée par une terminale, Sabrina, pour trouver la personne responsable de ses tourments en vue de saboter ses chances de devenir la major de la promotion. Pendant ce temps, le détective privé infect Vinnie Van Lowe fait à Keith une proposition d’affaires.

Pendant qu’une camarade cherche son chien terrier disparu, Veronica tombe sur un plus gros mystère, qui implique tous les animaux de Neptune. Pendant ce temps, les tensions montent dans la famille Echolls alors que Trina essaie de convaincre Aaron d’accepter un rôle dans le film indépendant de son nouveau petit-ami. Plus tard, Weevil est arrêté pour être entré par effraction au domicile des Kane et avoir volé quelque chose dans la chambre de Lilly.

Une tragédie frappe la ville de Neptune, et le shérif local saute vite aux conclusions. Veronica, bouleversée, aide une famille en deuil à prouver que les raisons de l’accident ne sont pas dues à un suicide. Pendant ce temps, Wallace aide une nouvelle élève transférée, Jackie Cook, à trouver la personne qui a accroché sa voiture sur le parking du lycée. Plus tard, le candidat à la mairie, Woody Goodman, propose à Keith de se présenter en tant que shérif.

Veronica et Duncan découvrent que Meg, plongée dans le coma, s’est occupée d’un enfant maltraité par ses parents. Veronica endosse donc un rôle de baby-sitter pour trouver l’identité de l’enfant. Pendant ce temps, Kendall continue sa liaison avec Logan alors que ses beaux-fils, Dick et Beaver, apprennent l’existence de leurs fonds fiduciaires. Plus tard, Woody Goodman fait une autre offre intrigante à Keith.

Veronica est prise en flagrant délit en train de s’introduire dans le bureau du proviseur. En retenue, alors qu’elle doit classer des papiers, elle tombe sur le dossier scolaire de sa mère. Elle apprend que sa mère a été renvoyée pour des raisons qui la bouleversent, ce qui la mène à enquêter sur le sujet. Pendant ce temps, avec le tournage du téléfilm "Aaron Echolls Story", Trina Echolls revient à Neptune High pour diriger une pièce de théâtre, et elle déteste immédiatement la nouvelle copine de Logan, Kendall Casablancas. Plus tard, Weevil confronte Logan au sujet du meurtre de Felix.

Le beau-fils du Doyen de Hearst est mourant. Il a besoin d'une greffe osseuse, le doyen demande donc à Keith Mars de retrouver son père biologique soi-disant pour qu'il voie son fils. En réalité, le doyen et sa femme savent qu'il est un donneur compatible pour la greffe. De son côté, Veronica cherche toujours le responsable des viols, et continue de suivre la piste du garçon sur la photo du distributeur. Un braquage a lieu dans le « casino » clandestin de l'université alors que Veronica s'y trouve. Elle y perd notamment le collier de Lilly et décide de retrouver les coupables. Tout semble indiquer qu'Eli Navarro est dans le coup. Pendant ce temps, Wallace échoue dans une matière, et décide de se procurer les réponses de l'examen suivant.

La femme du doyen O'Dell demande à Keith Mars d'enquêter sur ce que tout le monde croit être son suicide. Pendant ce temps, Veronica est engagée pour retrouver un singe qui a été volé dans un laboratoire. Avec Mac, elle infiltre une association de défense des animaux. Cela lui permet d'oublier un peu sa rupture avec Logan et de rencontrer un nouveau personnage...

Un homme demande à Veronica de découvrir si Apollo, un jeune écrivain qui raconte sa jeunesse en tant qu'enfant-soldat en Afrique, est vraiment son fils. Pendant ce temps, Piz essaye de découvrir s'il passera finalement ses vacances d'été avec Veronica, ayant obtenu un stage à New York. Quant à Logan, ses projets de vacances d'été dérangent Parker, tandis que le shérif Mars est sous pression, car il n'arrive pas à arrêter des cambriolages qui lui donnent une mauvaise image pour l'élection du shérif de Neptune...