Il detective della sezione omicidi Jimmy McNulty assiste al processo per omicidio di uno spacciatore di medio livello, D'Angelo Barksdale, e si accorge che la testimone chiave del procedimento ha ritrattato la sua dichiarazione. McNulty riconosce l'influente narcotrafficante Stringer Bell nell'aula di tribunale e crede che egli abbia manipolato il processo. McNulty scavalca le gerarchie del dipartimento di polizia e racconta tutto al giudice, il quale inizia a fare pressione sugli alti funzionari del dipartimento per l'apertura di un'indagine sull'accaduto. D'Angelo viene prosciolto e ritorna a lavorare per la banda di spacciatori controllata da suo zio Avon Barksdale, trasferendosi in una zona di spaccio meno importante chiamata "la fossa". Nel frattempo, il vagabondo e tossicodipendente Bubbles diventa il mentore di un altro tossicodipendente dopo una truffa mal concepita che ha portato a violenti conseguenze.

Il testimone che ha deposto contro D'Angelo è stato ucciso, e l'organizzazione Barksdale è sospettata. Una squadra speciale viene formata per investigare sulle crescenti attività criminali di questa organizzazione. Il tenente della squadra, Cedric Daniels, è preoccupato per la qualità degli agenti che formano la squadra, mentre il detective McNulty è preoccupato per le intenzioni del dipartimento riguardo all'indagine. Kima Gregg, la protetta di Daniels, utilizza Bubbles come informatore per identificare i membri dell'organizzazione Barksdale. Tuttavia, i sospetti di Daniels circa l'incompetenza degli altri membri della squadra si rivelano fondati quando i detective Herc, Carver e Prez fanno irruzione a notte fonda nelle torri, una zona di spaccio del West Side controllata dai Barksdale, e rischiano di essere linciati dagli abitanti del quartiere.

L'irruzione nelle torri provoca una piccola sommossa, cattiva pubblicità per la squadra, il ferimento di Herc, e l'assegnamento di Prez a incarichi amministrativi. D'Angelo spiega ai giovani spacciatori Wallace e Bodie Broadus qual è il loro ruolo nell'organizzazione Barksdale. L'unità speciate inizia finalmente a ottenere un risultato quando Lester Freamon recupera una vecchia foto di Avon Barksdale. Nel frattempo, il rapinatore Omar Little si approfitta di una distrazione dei ragazzi di D'Angelo e ruba la loro scorta di droga. Poco dopo, "la fossa" viene perquisita dalla polizia e Bodie viene picchiato per aver colpito un agente, ma i poliziotti non trovano niente a causa della rapina di Omar.

Bodie si sveglia nel carcere minorile di Washington D.C., ma riesce a fuggire prima che Herc e Carver arrivino per interrogarlo. Avon discute con i suoi uomini della scorta di droga rubata e mette una taglia su Omar e la sua banda. McNulty e Bunk Moreland, il suo collega alla omicidi, indagano su un vecchio caso che potrebbe essere legato a D'Angelo.

Stringer avverte D'Angelo che potrebbe esserci una spia tra i suoi ragazzi. L'unità investigativa ottiene l'autorizzazione per clonare il cercapersone di D'Angelo, ma restano perplessi sul contenuto delle intercettazioni. Prez comincia a riscattarsi agli occhi dei suoi colleghi quando riesce a decifrare il codice usato dagli uomini di Barksdale per comunicare con i cercapersone. Intanto, Wallace localizza Brandon, un membro della banda di Omar, e passa l'informazione a Stringer Bell.

Il corpo insanguinato di Brandon viene ritrovato nei pressi della "fossa". Wallace resta turbato per l'accaduto, soprattutto dopo che Avon lo ricompensa per la sua parte nell'omicidio. L'unità investigativa mette sotto controllo i telefoni della "fossa", ma Daniels si scontra con il maggiore William Rawls, capo della sezione omicidi, quando quest'ultimo viene a sapere che un'intercettazione può essere usata per chiudere tre casi di omicidio ancora insoluti.

Usando le informazioni ottenute con le intercettazioni, i detective Greggs, Herc, Carver e Sydnor fermano un corriere con i rifornimenti per la "fossa". Avon si preoccupa per una possibile spia e Stringer confonde le indagini della squadra istruendo cautamente i suoi ragazzi a smettere di usare i telefoni a gettone. Rawls pressa alcuni detective della squadra per avere informazioni sul caso.

McNulty usa i suoi figli per pedinare Stringer, dopo un incontro casuale in un supermercato locale. Greggs e Carver arrestano un autista mentre riceve una grossa somma di denaro dagli uomini di Barksdale, ma poi sono costretti a restituire i soldi quando si scopre che il soggetto è l'autista del senatore Clay Davis. Daniels racconta l'accaduto a sua moglie Marla.

Freamon mette Sydnor e Prez sulle tracce del denaro dell'organizzazione Barksdale. Avon e Proposition Joe, un grosso spacciatore dell'East Side, organizzano una partita di pallacanestro. Quest'evento permette all'unità investigativa di vedere per la prima volta l'uomo al centro della loro indagine. Qualche giorno dopo, Omar tenta di uccidere Avon, ma resta ferito durante l'attentato.

Mentre la vita di Gregg è in grave pericolo, Daniels è costretto a sconvolgere l'operazione Barksdale; la mano della squadra viene forzata dal desiderio del Commissario di operazioni spettacolari, e così si vedono costretti a realizzare una serie di blitz e arresti particolarmente rumorosi.

Avon e Stringer si trovano col loro avvocato, Maurice Levy, per analizzare una possibile perdita sull'onda dei blitz. Wallace torna al Pit e chiede di essere riammesso, ma Stringer ha un altro piano; infine, avendo perso le cimici, la squadra prova un approccio nuovo e installa una videocamera nel club di Avon.

Le prove di Daniels e McNulty, che smascherano un caso di corruzione politica, vengono rigettate dall'FBI; gli agenti devono anche affrontare l'ira dei loro superiori per avere ignorato gli ordini di chiudere il caso in fretta. Infine, ripartono gli affari al Pit, con Bodie e Poot al comando.

McNulty viene incaricato di controllare il porto. Qui scopre un corpo e sfrutta l'occasione per mettere in cattiva luce il colonnello Rawls, responsabile dell'area.

D'Angelo discute con Avon sulla partita di droga tagliata male ed esce dall'affare. Nel frattempo il caso delle donne assassinate diventa un fatto personale per McNulty.

Ziggy rischia la vita e perde la sua auto per un errore nella consegna di un carico di droga. Per aiutare il cugino in pericolo, Nick cerca di parlare con gli spacciatori.

La squadra monitora i container mentre Greggs trova una traccia per il caso delle ragazze assassinate. Nick chiede aiuto ai greci per il problema di Ziggy.

Lester Freamon e Russell continuano a studiare i traffici sui docks usando i computer clonati; sospettano di alcune irregolarità nei containers.

McNulty affronta la fallita riconciliazione con la moglie attaccandosi alla bottiglia. Sobotka comincia ad avere sospetti sul controllo dei container.

La squadra è sorpresa dalla mancanza d'attività dei loro controllati e capisce che è necessario cambiare le procedure. Vondas inizia a fidarsi di Nick.

Ziggy ruba diverse auto che vengono ricevute da George 'Double G' Glekas. Quando Glekas dimezza la parte destinata a lui, Ziggy si infuria e lo uccide.

Stringer convince Omar ad inseguire Mouzone. Nick scampa all'arresto dopo un blitz in casa che porta alla scoperta di soldi ed eroina.

Viene ritrovato un corpo galleggiante sull'acqua della baia: è Frank Sobotka. Il Greco decide di smettere di inseguire Nick dato che la polizia è in allerta.