Простой работник супермаркета, пробыв в небытии полтора года, возвращается в свой район, который за время его отсутствия стал довольно опасным местом. Однажды вечером он обнаруживает в себе способности, позволяющие вершить справедливость самому, раз власти не в состоянии решить проблему.

Лили и Ричард подозревают Колльера в том, что он решил их поссорить. Шон не знает, куда ему податься после ссоры с братом. Новое начальство в департаменте похищает сына Тома для своих исследований, а Мая предсказывает, что именно Кайл – ответ на все вопросы.

Диана официально удочеряет Майю, у которой уже 4 месяца не появляются видения. Кольер умело использует исцеляющий дар Шона. Одна из вернувшихся, Тесс Доэрнер, страдающая шизофренией и проходящая лечение в психиатрическом центре, рисует странные картины, похожие на чертежи какой-то башни. Внезапно другие пациенты приступают к сооружению этой конструкции во дворе больницы. Через некоторое время к ним подключается и персонал больницы. Тесс считает что это устройство поможет ей вернуться обратно в будущее, но у башни совсем другое назначение, НКОУ пытается помешать строительству.

Тем временем Ричард и Лили Тайлеры ищут убежище, вдобавок ко всему прочему их преследуют воинственно настроенные религиозные фанаты.

Хэзер Тоби, учительницу школы искусств, одну из 4400, обвиняют в якобы жестоком обращении с детьми. Делом интересуются агенты НКОУ. Оказывается, ученики Хэзер за несколько дней достигают совершенства в различных направлениях искусства, но не всем родителям нравятся такие перемены в детях. Одновременно с тем, Шон знакомится с бездомными наркоманами, попутно решая нужно ли исцелять всех нуждающихся, или же свою способность следует держать в секрете. Ричард и Лили Тайлеры вновь вынуждены бежать, но у них появляется шанс обрести надёжное убежище.

Пока Кайл и Алана привыкают друг к другу, а Эйприл пытается использовать возможности Майи для заработка, Том и Диана идут по следу Джен Бэкер — одной из 4400. Джен проснулась утром с воспалившимися волдырями на руках и обнаружила что все люди в окрестностях мертвы. В НКОУ её считают переносчиком инфекции. Попутно Диана ищет способ не выдавать руководству дневник Майи.

НКОУ идёт по следу убийцы Кольера. Кайл пытается спрятаться, а Том узнаёт секрет Кайла.

Диана обнаруживает что из истории болезни Майи пропадает пятая страница, а затем чудесным образом возвращается с вычеркнутыми строками. Такая же болезнь охватывает сотни человек из числа вернувшихся. На должность начальника НКОУ временно возвращается Дэннис Райланд и пытается уговорами или силами собрать всех пришельцев в карантине.

На глазах свидетелей Том Болдуин заходит в комнату допросов к Ти Джей Ким, а когда он уходит, девушку обнаруживают мёртвой. НКОУ организовывает арест Тома, но сам Том не помнит, чтобы он убивал свидетеля, и решает спасаться в бегах. Тем временем доктор Беркоф вводит себе промицин, от чего очень страдает, а Изабель пытается научиться всему, что должна уметь взрослая девушка, в этом ей помогает Шон.

Центр 4400 подвергся нападению со стороны группы Нова. Шон сошёл с ума и травмирует себя и других. Способности Изабель доходят до максимума, и она готова их использовать, чтобы найти обидчиков возлюбленного и отомстить. НКОУ пытается отыскать членов группы Нова, но успевают лишь на место, полное разрушений: Изабель оказывается на шаг впереди. Тем временем Алана ищет водителя, который 9 лет назад сбил насмерть её мужа и ребёнка.

Кевин Беркоф изуродован воздействием промицина, на него нападают спецслужбы, но его способность к регенерации позволяет ему выжить. Выясняется, что Тесс использует свою способность управлять людьми, чтобы приводить ночами к Беркофу Диану, которой тот вводит промицин. Шон спасает известного музыканта — хронического алкоголика, от приступа. Он предлагает Шону окунуться в мир шоубизнеса и отправиться с ним на гастроли. Ричард Тайлер пытается развить свои способности к телекинезу.

Оборванец, прервавший свадьбу Шона и Изабель, оказывается Джорданом Кольером, не помнящим себя. НКОУ пытается вернуть ему память. Тем временем Майа предсказывает Диане свадьбу с Бэном — парнем Эйприл. Кольер даёт показания и Кайла освобождают из тюрьмы. Кольер противостоит Изабель и выгоняет её из центра 4400.

Группа Кольера похищает правительственные запасы промицина с целью бесплатно распространить его среди всех желающих. Дэвон Мур, работница центра 4400, первая принимает промицин, но погибает. Оказывается, укол промицина в половине случаев приведёт к получению сверхспособностей, а в половине — к мучительной смерти. Теперь у НКОУ появился ещё один повод, чтобы не допустить распространение промицина. Изабель пытает Шона, чтобы узнать где хранится похищенный промицин, и тот впадает в кому. Том, Диана, Ричард Тайлер и другие должны объединиться, чтобы вступить в схватку со всемогущей Изабель.

Промицин объявлен вне закона, но его всё равно можно достать. В НКОУ новый начальник. Шон все ещё в коме. Обычный школьник становится главой Религии (в честь себя). Сможет ли НКОУ остановить его?

Сестра Дианы Эприл после укола промицина обрела дар выпытывать у людей правду: все, кому она задает вопросы, отвечают ей правду, какой бы она ни была. Но правда может быть очень опасной, особенно если шантажировать крупную корпорацию. Диана и Том помогают Эприл разобраться с её проблемами.

Марко находит человека из 4400, который пишет сценарии, основанные на реальных событиях, и снимает по ним фильмы. Но последний сценарий — о 4400. Смогут ли Диана и Том узнать весь сюжет фильма?

Пи Джей (из комнаты теорий) обладает способностью перемещать людей в игру, где они должны совместными усилиями выжить. В здании НКОУ просыпаются Том, Диана, Мэган, Джордан, Кайл, Шон, Изабэль, Майа, вся комната теорий (Марко, Бреди, Пи Джей) и игра начинается…

Том становится меченым (бывшим Мэтью). Ричард понимает, что ошибался, когда хотел сделать Изабэль вновь маленькой. Он возвращает все назад. «Том» ловит его и сажает в тюрьму. Также он похищает Изабэль и говорит ей, что она должна вернуть свои способности.

Диана и Мэган узнают, как можно убить в Томе другую личность. Изабэль выкрадывает Кольера. Дени (брат Шона) проходит тест и принимает промицин. Диана стреляет в «Тома».