2B es una unidad que participa en una misión que tristemente sale mal y eliminan a todo su equipo. Ella intenta seguir con su misión, donde conoce a 9S.

Tras recibir la ayuda, los humanos llevan a 2B y 9S hasta el campamento de la resistencia, donde conocerán a más gente aún. Luego irán al desierto a buscar más pistas.

La aparición de A2 solo genera más dudas en las cabezas de 2B y 9S, que no dudan en informar al centro de mando.

Mientras 9S sigue buscando pistas, aparece Adán y lanza un ataque sobre el androide. Por otra parte, 2B solicita ayuda, y al no recibirla va a buscar a 9S por su cuenta.

Aparece una nueva y terrible amenaza en forma de máquina gigante a la que parece que nada ni nadie puede hacerle frente.