Un agent du FBI se retrouve avec un étrange parasite entourant son coeur et menaçant de le tuer. La seule personne pouvant le sauver est un dangereux terroriste, incarcéré dans une prison en Allemagne: Mr Jones...

Un ancien collègue de Walter à l’hôpital psychiatrique est la seule personne pouvant aider Olivia et son équipe à retrouver un jeune prodige de la musique enlevé par un kidnappeur en série. Ne pouvant lui parler directement, l'équipe n'a d'autre choix que d'envoyer Walter dans l'hôpital où il a été interné pendant 17 ans...

L'équipe est appelée sur les lieux d'un cambriolage de banque où l'un des voleurs est retrouvé coincé dans le mur. Walter pense que les voleurs courent après une de ses inventions. Les choses prennent une mauvaise tournure quand les voleurs s'en prennent à un des membres de l'équipe...

Olivia parvient à échapper à ses ravisseurs après avoir subi une étrange intervention médicale, orchestrée par l'agent du FBI Mitchell Loeb. De nouveau au complet, l'équipe enquête sur la mort d'un épidémiologiste renommé, tué par un redoutable virus. Son décès semble lié à l'enlèvement d'Olivia.

Les autorités allemandes interrogent Olivia dans l'espoir de retrouver Mr Jones. Pendant ce temps, Walter et Peter enquêtent sur une mort étrange: un homme a été asphyxié alors que les orifices de son visage se sont tous refermés...