Poté, co je parta Mystery Inc. uvězněna za vyřešení další záhady, narazí na další záhadu: pod městem číhá děsivé monstrum, které obalí zelenou kaší každého, kdo se k němu přiblíží.

Parta se rozhodne zahájit vyšetřování existence bájného města duchů, které údajně obývají aligátoři.

V Křišťálové zátoce se stále dějí podivné věci, když náhle zmizí kliky a někde je ukrytý drahocenný diamant. A aby toho nebylo málo, městečko děsí i záhadný kamionový duch.

Krab mužský útočí na pláž Crystal Cove během volejbalového turnaje o dietní směs Trickell's Triquid. Parta ho musí zastavit a vyřešit záhadu dřív, než budou v nebezpečí hráčky turnaje, které si Man Crab oblíbil. Mezitím Velma dostane od Daphne radu ohledně vztahů.

Děti z Křišťálové zátoky se mění v příšery kvůli stvoření jménem Que Horrifico, které děsí všechny dospělé ve městě. Ti proto opouštějí své děti a utíkají jako o život.

Fred se stane terčem středoškolské lásky, když se do něj zamiluje nová dívka Alice May. Alice May je však ve skutečnosti duch s pověstí, že si s sebou bere kluky a nechává je navždy zmizet.

Hex Girls (tvoří je Thorne, Dusk a Luna), Velmina oblíbená kapela, přijíždějí do Crystal Cove a plánují uspořádat pro partu koncert. Vše se však zvrtne, když se náhle objeví Fantom, zlý přízrak, který má v úmyslu Hex Girls nadobro vyřadit z hudebního byznysu.

Parta se účastní Královské rytířské pouti v Křišťálové zátoce, ale přijíždí i nečekaný host. Děsivě vyhlížející skřítek ochromí všechny, kdo mají na pouti pirátské kostýmy.

Když na Křišťálovou zátoku začnou útočit dvě obří příšery, požádá starosta Jones Freda a partu, aby je spolu se šerifem pomohli dopadnout. Mezitím se Shaggy musí rozhodnout mezi vztahem s Velmou a přátelstvím se Scoobym.

Na Křišťálovou zátoku začne útočit příšera zvaná Děsivý pes a lidé se domnívají, že za tím stojí Scooby-Doo. Může být Scooby tím, kdo útočí na město, nebo to na něj někdo nastražil?

V Křišťálové zátoce se pohybuje upír, který terorizuje obyvatele a krade podivné kořisti. Když se parta vydá na průzkum, objeví nepravděpodobného podezřelého... Daphneinu MATKU. Situace v Mystery Inc. je už tak napjatá a po této poslední ráně je parta skutečně rozpolcená. Dívky na jedné straně, chlapci na druhé.

Po rozpadu Mystery Inc. se parta rozhodne vyzkoušet život po střední škole a strávit víkend na DARROW COLLEGE. Věci však nejdou podle plánu, když areál začne terorizovat stvoření zvané CHAR GAR GOTHAKON. Ukáže se, že tato bestie je smyšlená postava, která ožila. Je výtvorem spisovatele H. P. HATECRAFTA, který na škole působí jako profesor.

Parta se pustí do vyšetřování poté, co Křišťálová zátoka začne trpět nákazou smrtícího hmyzu, který se zaměřuje na zaměstnance společnosti Destroido, která vyrábí Shaggyho a Scoobyho oblíbené pochutiny.

Scooby leží nemocný v posteli těsně před velkým státním finále Klubu řešitelů záhad a sní o tom, že se zúčastní soutěže a společně s kolegy řešiteli záhad Speed Buggym, Jabberjawem, Kapitánem Cavemanem a Funky Phantomem zachrání své přátele ze spárů démonického Lorda Infernika.

Když Fred pozve partu na své druhé rande s Daphne, strhne Daphne do náruče Obnarba, vůdce skřetí motorkářské skupiny Divoká tlupa, která přijela do města. Když dojde k vloupání do zbrojnice a je ukradena nebezpečná zbraň, jsou Divoká bratrstva hlavními podezřelými. Je na partě, aby tuto záhadu vyřešila, zachránila Divoké bratry a našla podvodného orkského motorkáře.

Když celé městečko Crystal Cove ovládne Afroditino kouzlo lásky, jen Scooby-Doo a nedávno uprchlý profesor Pericles mohou partu před kouzlem zachránit a vyřešit záhadu. Má však profesor Pericles postranní úmysly?

Když se parta vydá zjistit, co se stalo s původní skupinou Mystery Incorporated při jejich posledním případu 75 let starého zmizení rodiny Darrowových a jejich sídla, ocitnou se v pasti v podzemním Darrowově sídle, které bylo nastraženo. Podaří se partě záhadu vyřešit a vyváznout bez úhony?

Když do Křišťálové zátoky přijede na výměnný pobyt studentka Mai Le, vzbudí Shaggyho náklonnost. Večeři pořádanou rodinou Blakeových přeruší Rudý čaroděj, který varuje, aby se drželi dál od Dračího srdce, které přísahal chránit za každou cenu. Později Mai Le a partu napadne Bílý čaroděj, který usiluje o Mai Lein prsten, a Červený čaroděj přichází partě na pomoc, ale na záchranu prstenu je už pozdě. Ukáže se, že Červený čaroděj je pan Chen, majitel internetové kavárny a čajovny Chen's Internet Cafe and Tea House. Ten prozradí, že s Bílým čarodějem, který nyní vlastní všechny čtyři prsteny, dokáže otevřít Nefritové dračí srdce, což je neocenitelný rubín. Vyřeší parta záhadu, nebo není vše tak, jak se zdá?

Scooby a Shaggy vyhrají esejistickou soutěž o večeři s Vincentem Van Ghoulem. Jdou do jeho sídla a jsou napadeni příšerou, která si říká Nightfright. Shaggy zavolá partu a ta se tam vrhne. Pronásleduje je Nightfright, a tak jdou do pokoje a zamknou dveře. Fred vyrobí past a požádá Vincenta, aby do ní příšeru nalákal. Nakonec chytí Nočního strašáka do Fredovy pasti. V závěru epizody je vidíme, jak večeří, přičemž Daphne zhltne všechno, co jí přijde pod ruku, protože už několik hodin nejedla.

Velma se cítí odstrčená od skupiny a vydává se sama vyšetřovat útoky obojživelných "rybích zrůd" v okolí opuštěné ropné plošiny, aby našla svého vlastního přítele... v podobě mořské panny!

Když starosta Jones koupí na internetu starověký perský chrám, aby podpořil obchod v zábavním parku Crystal Cove "Creepy Spooky Terror Land", nikdy by ho nenapadlo, že s tímto chrámem přijde i Manticore, zákeřné mytologické zvíře, které požírá návštěvníky parku. Nemá jinou možnost, a tak požádá Freda a jeho partu, aby mu pomohli zvíře chytit, a zatímco to dělají, trochu se porozhlédne po okolí, pokud jde o záhadný kousek skládačky, který parta našla v Darrowově sídle.

Když Fredův oblíbený dobrodruh, doktor Rick Spartan, začne učit biologii na střední škole v Křišťálové zátoce, parta se s ním seznámí. Fred mu řekne, že parta má za sebou také děsivé zážitky, Spartan je okamžitě pozve na večeři k sobě domů, kde jim slíbí ukázat svou nejnovější trofej, prokletou scvrklou hlavu Squara Gringota. Když se však objeví její bezhlavé tělo a hrozí, že bude profesora za vyrabování její hrobky pronásledovat až do konce jeho dnů, musí parta přijít na způsob, jak kletbu zlomit.

Když Fredova otce napadne neznámá stínová postava, je na Scoobym a partě, aby záhadě přišli na kloub. Podaří se jim to, nebo se Fred bude muset řešení záhad navždy vzdát? A jak s tím vším souvisí kousek skládačky, který Fredův otec vlastní?

Duch nejslavnějšího šerifa Crystal Cove, Smrtícího soudce, se vrátil z hrobu, aby donutil šerifa Stonea skončit s prací a polapil nejlepší zločince Crystal Cove. Podaří se Scoobymu a partě zastavit Smrtícího soudce dřív, než bude pozdě?

Na partu zaútočí high-tech stvoření zvané Obliteratrix a donutí je s pomocí H. P. Hatecrafta vyšetřit případ strašidelného pokladu.

Parta se nakonec vydá po stopě, aby našla ukrytý poklad, ale nenapadlo je, že by po nich Zrůda mohl jít. Na druhou stranu je odhaleno mnoho pravd, včetně cíle profesora Perikla a pravé identity Fredových rodičů. A aby toho nebylo málo, parta čelí velkému problému, když se rodiče kvůli chování svých synů rozzlobí. A právě ve chvíli, kdy je tajemství města na vrcholu, znamená to konec gangu, nebo začátek nového problému?

Společnost Mystery Inc. byla rozpuštěna. Na Crystal Cove zaútočí člověk-baby zvaný Crybaby Clown. Starostku Nettlesovou osloví tajemná postava, která jí předá složky Mystery Inc. a zároveň prohlásí, že musí dát Mystery Inc. znovu dohromady.

Velma a Hot Dog Water (Marcie) se vydají do Ruska na misi pro pana E a přivezou starý dům, kterému vyrostou nohy a řádí ve městě. Mezitím parta hledá náhradu za Daphne a Velma navrhne Hot Dog Water.

Fred se snaží získat Daphne zpět. Plačtivý klaun se vrátí, aby vykradl Křišťálovou zátoku, a unese i Daphne. Daphne je zachráněna a souhlasí s návratem do party. Pan E se snaží znovu naverbovat Angela Dynamita.

Dreamweaver ožívá a vymývá mozky staré skupině hráčů Crypts and Creepers (včetně šerifa Bronsona Stonea) tím, že vstupuje do jejich myslí, zatímco spí!

Na Křišťálovou zátoku zaútočí bytost zvaná Hodag hrůzy; mezitím se náhle objeví Brad Chiles a Judy Reevesová (Fredovi skuteční rodiče) a pes, kterého si Scooby oblíbil.

Umělcův obraz ožívá a útočí na návštěvníky muzea. Parta je požádána, aby záhadu vyřešila a zachránila muzeum umění.

Umělcův obraz ožívá a útočí na návštěvníky muzea. Parta je požádána, aby záhadu vyřešila a zachránila muzeum umění.

Gary a Ethan jsou na hoře Diabla napadeni Temnou Lilith a ztratí šťastný fotbalový míč fotbalového týmu.

Hebediah Grim, poutnické monstrum, se zaměřuje na některé ženy z Křišťálové zátoky, útočí na ně a soudí je na horkém místě milenců, v Milenecké uličce.

Rodina, která tráví dovolenou (stejná rodina, která trávila dovolenou ve filmu "Plíživé bytosti") v Burlingtonské knihovně, je napadena vlčí bytostí a vyplašena. Později je parta kvůli sesuvu půdy nucena opustit lyžařskou dovolenou a oklikou se vydá do téže knihovny, kde je přivítá její správce Dan Fluunk, který partě vysvětlí historii sídla, včetně toho, že jeho stavitel a jmenovec byl fascinován skupinami čtyř lidí a zvířete. Brzy se s postupem pobytu v sídle začnou partě dít podivné věci. Nakonec se ukáže, že jejich zážitky jsou halucinace vyvolané spalováním zvláštního druhu dřeva. Cassidy Williamsová mezitím pokračuje v pátrání po pravdě, proč se to, co se nyní děje gangu, stalo v minulosti i jiným gangům - včetně rodiny Darrowových.

Robot převlečený za nacistického vojáka z druhé světové války zaútočí na Cassidy Williamsovou v její rozhlasové stanici a nakonec se sám zničí, když se Cassidy brání, a vezme s sebou celou budovu. Vysvětluje partě, že tito roboti na ni útočí už týden. Roboti pokračují v útocích na gang, který je vyšetřuje. Když si parta uvědomí, že roboti přicházejí z hlubin pod vodou, Daphne naverbuje dva ze svých svěřenců na hlídání, Toma a Tubu, a jejich tuleně (také se jmenuje Scooby), aby partu v ponorce dopravili do kádí, kde se roboti rozmnožují, v oblasti, kterou děti nazývají "Půlnoční zóna". Krátce po ponoření je ponorka napadena skupinou robotů a poškozena, parta narazí na podvodní základnu a pokusí se ji využít k opravě ponorky, jenže zjistí, že základna je továrna, kde se roboti vyrábějí a kterou vede profesor Pericles. Nakonec Pericles uteče a nechá laboratoř sebedestrukci, která pravděpodobně zabije Cassidy Williamsovou, zatímco parta, Tom a Tub a tuleně Scoobyho utečou.

V lese Crystal Cove poblíž Destroidu napadne starostu Nettlese a šerifa Stonea medvědovitý tvor. Ti se obrátí na partu s prosbou o pomoc a vysvětlí jim, že tvor se jmenuje Strašidelný medvěd a už několik týdnů slídí po pozemcích poblíž společnosti Destroido. Parta zjistí, že společnost Destroido nechala do lesů uniknout toxické lithium, což mělo za následek mutaci tamních rostlin a tvorů včetně Strašidelného medvěda. Mezitím pan E a profesor Pericles naverbovali Brada a Judy, aby jim pomohli najít části Planisférického disku, které má gang k dispozici, a uchýlili se k drastickým opatřením, aby gang dostali z cesty.

Teenagera, který demoluje sousedství, napadne stvoření, které si říká Krampus, a strachem mu zbělají vlasy. Další tři děti jsou napadeny, když se parta setká se starostou Nettlesem a šerifem Stonem na kluzišti a v herně. Když si uvědomí, že Krampus útočí na "zlobivé děti", jako je výše zmíněný teenager, obrátí se parta o pomoc na uvězněnou Mary-Ann Gleardonovou, jen aby ji Krampus napadl a unesl z vězení. Nakonec vyjde najevo, že parta zapojila síly Hot Dog Water, Jasona Wyatta, Mary-Ann Gleardonové, bývalého starosty Freda Jonese staršího a robota Charlieho (z výstavy Strašidelné muzeum) do promyšleného plánu, jehož cílem bylo ukrást části Planisférického disku původního Mystery Incorporated. Poté, co parta disk znovu sestaví, oči Křišťálové rakve se rozzáří a ona zamumlá "Nibiru".

Před pěti lety zaútočí na společnost Quest Industries obrovský dračí robot, který vzápětí zmizí a zanechá psa ochranky v bezvědomí; doktor Benton Quest se snaží psa oživit. V současnosti stejný robot napadne partu na radnici, když začíná vyšetřovat účel Planisférického disku; partu však zachrání Blue Falcon a Dynomutt, kteří vysvětlí, že robota už léta sledují. Velma hrdinům hrubě řekne, že Křišťálová zátoka je jejich území, a Modrý sokol nabídne partě, aby se přidala. Společně zjistí, že společnost Quest Industries byla prodána Destroidovi. Při vyšetřování dračí robot zaútočí a má v úmyslu unést Dynomutta, ale místo toho uteče se Scooby-Doo. Pomocí sledovacího zařízení umístěného na Falconově opasku se partě a Dynomuttovi podaří najít doupě doktora Zina a zachránit své přátele.

Historická společnost Crystal Cove Haunted každoročně pořádá rekonstrukce historie Crystal Cove. Při zkoušce letošního představení vyděsí herce a členy štábu přízračná mumie, která se podobá jedné z rekvizit. Vincent Van Ghoul, povolaný k převzetí produkce, najde zničené kulisy a zavolá organizaci Mystery Incorporated, která se stane novým obsazením a štábem hry. Profesor Pericles mezitím naverbuje Brada a Judy, aby ukradli Planisférický disk zpět gangu.

Parta vyšetřuje tvrzení šerifa Stonea o únosech mimozemšťany, zatímco skuteční mimozemšťané kradou v Crystal Cove cennosti.

Profesor Pericles vytvoří stádo zmutovaného dobytka, aby zničilo Křišťálovou zátoku a pokusilo se najít Planisférický disk.

Zemřelá ska kapela se vrací z hrobu a hypnotizuje návštěvníky večírku v místním nočním klubu, aby tančili na jejich hudbu. Parta je povolána, aby záhadu vyřešila dřív, než se utančí k smrti.

Na Francilee Jacksonovou v její kuchařské show zaútočí nenasytná příšera. Zatímco se parta pokouší společně povečeřet, do restaurace vtrhnou Rick Spartan a Cachinga, kteří se vydávají na lov monstra. Příšera napadá různá místa v okolí Crystal Cove, včetně různých restaurací a muzea, kde pracuje Velmina matka. Mezitím se profesor Perikles zbláznil a nechává pana E, aby se pokusil hledat poklad bez něj. Brad a Judy řeknou Periklesovi o Eově vzpouře a Perikles použije jedové injekce, aby donutil pana E pracovat pro něj.

Zdvořilý Angličan v masce, který si říká Dandy Highwayman, unese několik žen z okolí Crystal Cove, včetně starostky Nettlesové, Daphne a paní Blakeové.

Když parta vyšetřuje strašidelný dům, muž podobný Fredovi ho protáhne zrcadlem a přenese ho do světa, kde Planispheric Disk zničil celou Crystal Cove. Ve skutečném světě se mezitím Fred začne chovat podivně. Skutečný Fred stihne partě říct, že Fred v jejich světě je falešný, protože to zjistil, když se falešná Daphne v "zrcadlovém světě" prozradila. Když je lest odhalena, profesor Pericles použije Kriegstaffelboty, aby Daphne zastrašil a přiměl ji k vydání Planisférického disku. Když profesor Pericles Planisférický disk získá, spřádá plány na osvobození svého "pána.

Když se ve Scoobyho nočních můrách začne objevovat obludná verze Zrůdy z Křišťálové zátoky, rozhodne se parta vyšetřit, co se děje. Požádají o pomoc samotářského hypnotizéra profesora Horatia Kharona (autora knihy, kterou Velma četla), který také vídá Zrůdu ve svých snech a objevuje se i ve Scoobyho snech. Poté, co je zhypnotizován a vstoupí do světa snů, je parta pronásledována Obludným Zrůdou po celé dimenzi. Brzy zjistí, jaká zlá entita byla uvězněna spolu s prokletým pokladem a jak byly předchozí záhadologické skupiny a lidé spojení s pokladem touto entitou manipulováni. Bytost promlouvající prostřednictvím Novy sdělí Záhadné skupině, že musí najít Srdce jaguára, aby zničili zlou entitu zapečetěnou v křišťálovém sarkofágu.

Parta se v doprovodu Velminy matky vydává na Yucatán, kde se snaží najít Srdce jaguára poté, co je Angiein starý přítel, profesor Enrique Andelusossa, "pohlcen džunglí" poblíž Chrámu lovců (pohřebiště Lovců tajemství, kde je Srdce jaguára uloženo). Po příjezdu na Yucatán parta navštíví starožitnictví profesora Enriqueho, kde je přivítá jeho rozzlobená manželka, která tvrdí, že za jeho zmizení může paní Dinkleyová. Po několika hodinách se parta vrací do obchodu, jenže je napadena mayskou kněžkou, která je varuje, aby se nevraceli do chrámu. Parta její hrozbu ignoruje a vydává se do džungle chrám najít. Díky Fredovým mistrovským schopnostem v chytání pastí překoná Mystery Incorporated ďábelské pasti chrámu a objeví v hrobce Srdce jaguára. Kněžka zaútočí, ale neuspěje a je zajata pastmi v chrámu, které spustila.

Když se parta vrátí do Křišťálové zátoky, zjistí, že všichni ve městě zmizeli pod zemí. Později téhož dne, poté co se stanou svědky zmizení starosty Nettlese a šerifa Stonea, se parta vydá do Fredova domu, aby si promluvili o Planisférickém disku, Nibiru, prokletém pokladu a nadcházejícím vyrovnání planet. Po vyrušení Kriegstaffelbotů se parta vydá pod Křišťálovou zátoku a zjistí, že všichni ve městě pracují pro profesora Perikla a zbytek původních Mystery Incorporated. Po vyslechnutí rozhovoru mezi starými Záhadami, Inc. je parta přesvědčena, že se zbláznili, a vymyslí taktický plán, jak všechny vypráskat a operaci ukončit. Shaggy a Scooby se vydávají v přestrojení za Kriegstaffelboty, zatímco Fred a dívky zaútočí v obleku Záhadného stroje. Poté, co se to rozkřikne, šerif Stone nechá všechny vzbouřit se proti Kriegstaffelbotům a vyvolat vzpouru.

Když parta sleduje původní Mystery, Inc. a prochází jeskyněmi, všichni se blíží k první bráně k prokletému pokladu. Profesor Pericles ví, že je parta sleduje, protože je vyzve, aby přinesli klíče, aby mohli bránu otevřít. Parta si uvědomí, že Klíče a jejich scénáře viděné ve snovém světě jsou tím, jak se všichni vztahují k bráně a jejímu otevření. Gang se rozhodne spolupracovat poté, co Perikles prozradí, že mají Hot Dog Water, a otevře první bránu. Díky Hot Dog Water se parta dostane do první brány; Hot Dog Water je však téměř hned poté zabit Kriegstaffelboty. Parta dorazí k druhé bráně a otevře ji pomocí mísy s moždířem.

Parta a původní Mystery Incorporated stojí před Zlou entitou. Entita popadne Scooby-Dooa a zmíní se, že musí zemřít a znovu se narodit jako nádoba její temnoty. Scooby se osvobodí, ale Perikles se dobrovolně nechá bytostí posednout, s čímž Entita souhlasí. Profesor Perikles se domnívá, že získal konečnou moc (díky tomu, že se zvětšil a vypadá lépe), ale Zlá entita Perikla zabije a zmutuje jeho tělo do podoby chobotnice. Entita poté převezme kontrolu nad Kriegstaffelboty a přivolá další zlé Anunnaky, kteří pokračují v obětování obyvatel města, aby je Entita zkonzumovala. Když Scooby zničí sarkofág, Entita je zabita a vír vcucne všechno kromě bandy a pak exploduje. Parta se ocitne v nové verzi Křišťálové zátoky a Země samotné. Po několika podivných setkáních si Záhada sboru uvědomí, že všechno zlo, které kdy Entita způsobila, bylo zrušeno, čímž se změnily dějiny.