Après la dissolution de Mystères Associés, Crystal Cove est attaquée par un homme-bébé appelé Crybaby Clown. Le successeur du Maire Fred Jones Sr., Janet Nettles, est approchée par un mystérieux personnage qui lui donne des fichiers sur Mystères Associés tout en précisant qu' elle doit obtenir leur retour.

Alors que Fred tente de retrouver l'amour de Daphné, une nouvelle venue arrive dans l'équipe: Miss Eau de Boudin. Ils devront affronter une sorcière venue de Russie avec sa maison sur pattes qui terrorise la ville.

Fred essaie de reconquérir Daphné. Le Clown Triste revient pour rançonner Crystal Cove et kidnappe Daphné. Elle est sauvée et accepte de revenir dans l'équipe. Mr. E essaie de recruter à nouveau Angel Dynamite