Booth y Brennan se infiltran en un circo ambulante para investigar la muerte de dos siamesas malabaristas; lo consiguen haciéndose pasar por una pareja de lanzadores de cuchillos.

Booth es sospechoso de asesinato en el caso de un jugador de hockey con el que se peleó recientemente durante un partido, así que Brennan tiene que trabajar en el caso con la agente del FBI Payton Perotta; cuando Booth vuelve a patinar, le da varios consejos uno de sus ídolos del deporte, Luc Robitaille, ex jugador de Los Angeles Kings.

El Sepulturero, un asesino en serie, reaparece y secuestra a Booth, y como rescate exige que le entreguen las pruebas que podrían ayudar a capturarlo, unas pruebas que Hodgins ha estado reuniendo en secreto sin entregárselas al FBI.

El cadáver de una mujer vestida como una princesa medieval lleva al equipo a investigar una ferie de ciencia ficción y fantasía; la agente Perotta sustituye a Booth, que está de baja; gracias a la colaboración del friky Colin Fisher descubren que la víctima estaba en posesión de un valioso objeto relacionado con el mundo de la ciencia ficción que muchos matarían por conseguir.

Un vendedor de coches aparece muerto en el fondo de un desfiladero y se descubre que ya estaba muerto antes de que lo tirasen desde lo alto del puente, por lo que el suicidio queda descartado; en el laboratorio, los huesos del muerto empiezan a echar espuma, lo que provoca el cierre inmediato del laboratorio; el equipo se da cuenta de que solo tiene 24 horas para descubrir la causa de la muerte antes de que los huesos se desintegren por completo.

Un cadáver petrificado aparece enterrado en un montón de sal; la víctima es una jugadora de volleyball de dieciséis años que llevaba tres semanas desaparecida, y que había hecho un «pacto de embarazo» con sus compañeras de equipo; cuando Angela y Roxie discuten la posibilidad de adoptar un perro tienen que enfrentarse a otros problemas más serios de su relación.

El cadáver medio devorado de un hombre con el que Cam había estado prometida aparece en el zoo, en la jaula del tigre, y Booth y Brennan determinan que la muerte no fue accidental; el equipo trata de reconstruir la última tarde de la víctima e interroga a los sospechosos, entre los que se encuentra Brandon Casey, al que Sweets y Angela hipnotizan en un intento de ayudarle a recuperar la memoria.

Aparecen unos restos destrozados y pulverizados que contienen un fragmento de meteorito, lo que lleva al equipo hasta un laboratorio de física de Washington DC; la víctima estaba prometida con el fundador del laboratorio, y había estado trabajando en un proyecto extremadamente controvertido por el que había recibido varias amenazas de muerte; mientras, el padre de Angela aparece dispuesto a vengarse de Hodgins, y Sweets intenta mediar en la situación.

Una imagen de la Virgen María que aparece en una planta de reciclaje resulta ser en realidad un dibujo formado por la sangre seca de un cadáver aplastado; la víctima llevaba varios años planificando la boda perfecta, pero se descubre que su prometido no era el único hombre de su vida; ven a Daisy, la novia de Sweets, probándose un traje de novia con otro hombre; y Hodgins y Angela aceptan por fin el estado en que se encuentra su relación.

Un esqueleto humano que un grupo de death-metal usa como atrezzo resulta ser el de un bajista asesinado llamado Mayhem, del grupo musical Spew; Sweets le pide su opinión al doctor Gordon Wyatt sobre el libro que está escribiendo acerca de Booth y Brennan, y obtiene una perspectiva interesante sobre la especial relación de la pareja

Cuando uno de sus colegas muere de un ataque al corazon, Brennan encuentra huesos rotos; antes de la cremación, ella y Cam deben robar el cuerpo para examinarlo.

La hermana de un detective japonés desaparece en Washington y Booth y Brennan encuentran su cabeza decapitada; la investigación posterior los lleva hasta un servicio de señoritas de compañía de alto standing; cuando descubren que su compañera de habitación también ha desaparecido, tienen que trabajar contrarreloj para dar con el asesino.

Un cadáver aparece dentro de un disfraz de Nutria (la mascota de la universidad), y Brennan y Booth investigan si la víctima ya estaba muerta o si la mataron durante una fiesta universitaria; la víctima, un joven miembro de una hermandad al que apodaban «Castor», tenía en marcha una operación para conseguir dinero y se estaba forrando; y Booth se ofrece a ayudar a su hermano Jared a buscar un nuevo empleo tras su deshonronsa explusión de la Marina

La doctora Brennan está decida a tener un hijo por su cuenta y le pide a Booth que le done su esperma. El agente valora lo que ello podría significar, pero se decide a hacerlo.

El agente Booth y la doctora Brennan se convierten en un feliz matrimonio propietario de un club nocturno. Por su puesto, todo el reparto les acompaña.

Sweets certifica que Booth puede volver al trabajo después de permanecer convaleciente seis semanas tras la operación. Mientras, la doctora Temperance ha estado en el extranjero alejada de su compañero.

Brennan y Booth investigan la muerte de un hombre de nacionalidad rusa que portaba un maletín, ahora desaparecido.

Booth y Brennan investigan el asesinato de un joven pianista Amish que desapareció unos dos meses antes de su «Rumspringa» (su exploración del mundo exterior). Mientras, Cam se enfrenta al estrés de su recién estrenada maternidad y Booth le ayuda a mantener a raya a su hijastra Michelle.

Los restos de Kurt, un vecino de un barrio residencial, aparecen en una barbacoa durante una fiesta. El espeluznante hallazgo conmueve a los vecinos, que deben prestar declaración sobre su relación con la víctima.

Los restos de una momia que el Gobierno de Egipto había prestado al Jeffersonian para una exposición aparecen en las afueras de un edificio, con restos de sangre reciente. Brennan está entusiasmada con el caso, ya que podría tratarse de un gran descubrimiento histórico.

Los restos de un hombre cuyo rostro guardaba gran parecido con una gallina son encontrados en un río. El retrato que realiza Angela de la víctima coincide con el de un hombre que regentaba una granja de pollos.

Booth debe volver a superar las pruebas de tiro del FBI, pero no tiene la misma puntería que tenía antes de la operación. Por otro lado, el equipo investiga el asesinato de una personita que practicaba la lucha libre con el apodo de «El Duende de Hierro».

Brennan y Booth investigan la muerte de un enano que se dedicaba a la lucha y cuyo cadáver ha aparecido en una zanja de la carretera. El equipo analiza los objetos encontrados en el mismo lugar, pero serán las relaciones amorosas de la víctima las que les conduzcan hasta el culpable.

Hank, el abuelo de Booth, se muda a casa de su nieto una temporada. El hombre entabla muy buena relación con Brennan, a la que decide desvelar un secreto familiar muy importante para él.

El campeón mundial de Punky Pong, un clásico videojuego, es hallado muerto en un bidón lleno de aceite. Booth y Brennan interrogan a sus fans y detractores en busca de alguien que tuviera motivos para matarle.

En Nuevo Méjico aparecen unos restos humanos con características extraterrestres. La víctima era una habitante de la zona, fanática de los OVNIS, cuya incansable búsqueda de vida extraterrestre ha conseguido pruebas que incluso Brennan y Booth encuentran convincentes. Y Angela y Wendell hablan claro acerca de su relación.

El equipo de la doctora Brennan es retenido en el Jeffersonian por un grupo de agentes del Gobierno que tiene una misión para ellos. El trabajo consiste en analizar unos restos óseos y determinar la causa de la muerte de una víctima a la que en ningún caso podrán identificar.

Aparece un esqueleto humano en las trincheras de un viejo campo de batalla de la Guerra de la Secesión y se descubre que se trata de un dentista de la zona. Y el hermano de Booth, Jared, regresa de sus viajes para dar una noticia sorprendente.

Brennan y Booth investigan unos restos humanos extrañamente desfigurados que imitan un texto bíblico. La víctima había sido paciente de un sanatorio y los sospechosos son difíciles de catalogar como buenos o malvados. Por otro lado, el becario del Jeffersonian Arastoo Varizi revela un secreto sobre su pasado.

Un leve terremoto provoca la rotura de una tubería en una estación de metro de Washington. El accidente se cobra la vida de un joven pasajero y saca a la superficie un cadáver que había permanecido oculto en el túnel.

El Capítulo número 100 remonta a los espectadores seis años atrás, para recordar el primer caso en el que Brennan y Booth trabajaron juntos.

Brennan y Booth se hacen pasar por matrimonio en la reunión del instituto de Brennan, a la que acuden para investigar el asesinato de uno de sus antiguos compañeros. Incluso ahora, de adulta, Brennan sigue siento una incomprendida, y su único amigo es un conserje siniestro y estrafalario. Mientras, Hodgins descubre un secreto del laboratorio.

Aparecen restos humanos en el estómago de un tiburón y las pruebas indican que la víctima fue presa de varios peces, por lo que el equipo investiga el Acuario del Atlántico, donde ha desaparecido un famoso gurú de la autoayuda que había ido a dar una charla sobre el poder curativo del océano. Mientras, Brennan y Booth tienen que analizar su propia relación porque una bióloga marina se muestra interesada en Booth.

El cadáver de un rockero es hallado en el interior de una lavadora en un hotel. Brennan y Booth descubren que la víctima era uno de los alumnos de un campamento para jóvenes promesas de este estilo musical, en el que el guitarrista Erik Dalton (Josh Todd, líder de la banda americana Buckcherry) era la estrella invitada.

Los cadáveres de dos mujeres aparecen entre los restos de una cabaña incendiada en mitad de un bosque.

El juicio contra la Sepulturera toca de cerca de los miembros del equipo, así que todos los que trabajan en el Jeffersoninan hacen horas extras para descubrir pruebas forenses que consigan una condena.

Para aclarar el misterio de la muerte de una persona con síndrome de Diógenes el equipo intenta hallar pistas entre todas las cosas que había ido acumulando a lo largo de su vida. La última visita del padre de Angela tiene un objetivo concreto. Y Brennan y Booth tienen ante sí oportunidades únicas.

Tras siete meses separados, el equipo del Jeffersonian vuelve a juntarse para ayudar a Cam con un caso de un niño desaparecido.

Cuando aparecen los restos de una pareja en una cueva de un parque nacional, el equipo tiene que identificar al hombre y la mujer y resolver el asesinato; y la novia de Booth, la corresponsal de guerra en Afganistán Hannah Burley, lo visita por sorpresa, lo que lleva a Brennan a reflexionar sobre la relación que tiene con Booth.

El cuerpo en descomposición de Ritchie, un joven aficionado al culturismo y a las fiestas y muy conocido en la costa de Nueva Jersey, aparece en una playa de la zona.

Una pareja encuentra una calavera y dos manos en estado de descomposición en un contenedor. La Policía traslada los restos al Jeffersonian, donde la doctora Brennan trata de obtener alguna pista sobre la identidad de la víctima.

La calavera de una joven y prometedora bailarina aparece entre el cemento de una obra; cuando descubren que la víctima había dejado el ballet para dedicarse al hip hop, las pruebas empiezan a señalar a un sospechoso que tenía una relación secreta con la víctima; Hannah tiene que trabajar en una zona peligrosa de la ciudad, lo que pone en peligro su vida.

Angela y la doctora Brennan acuden a un club afroamericano donde pincha el DJ más conocido de la ciudad. Brennan habla de música tribal para denominar el hip hop, lo que disgusta a un grupo de gente.

Aparecen restos humanos en la tableta de chocolate más grande del mundo, fabricada por un chocolatero muy excéntrico; a Cam le cuesta aceptar la decisión de su hija de estudiar en una universidad que no cumple sus elevadas expectativas; y Hodgins le pide a Angela que organice una fiesta para anunciar su embarazo, que ya no es tan secreto.

Se produce el incendio de un camión en una carretera nacional, los bomberos acuden a sofocar el fuego, cuando entre los escombros encuentran un esqueleto retorcido y recurren a Booth para que investigue el suceso. La víctima era un trabajador de un taller con problemas económicos y su esposa, una profesora de instituto, es sospechosa de mantener una aventura con uno de sus alumnos, la trama se complica.

Brennan recibe una visión de su propia vida cuando el cuerpo de la mejor cardióloga del país se encuentra en un barrio peligroso, con múltiples fracturas en su cráneo y ninguna indicación de cómo o por qué estaba allí.

Bones regresa con reencuentros en su sexta temporada después de que Booth se tomara un año sabático para entrenar a francotiradores y Brennan partiera hacia Indonesia.

Heather Taffet, alias "El sepulturero", realiza su última apelación tras ser condenado a muerte, pero alguien le dispara. El equipo de Jeffersonian debe reconstruir la ubicación exacta del francotirador, y las sospechas recaen sobre el padre de Max Brennan y Booth. Mientras tanto, Sweets intenta poner buena cara después de haber tenido un encuentro con el frío del sepulturero.

El equipo investiga el asesinato de un hombre encontrado en un maizal. Al contactar con la familia, Bones y Brennan descubren asombrados que la víctima tenía tres mujeres y que todas ellas eran hermanas.

Un cuerpo disfrazado de espantapájaros es herido de bala, y el equipo debe trabajar contra reloj para averiguar quién es el responsable. La víctima tenía tres esposas que también eran hermanas, y los celos entre ellas y su deseo de llamar la atención de su marido habían causado una ruptura importante en la familia. Mientras tanto, Cam pierde la confianza en su novio, médico de guardia, pero ambos se dan cuenta de que se necesitan.

El día de San Valentín lleva el estrés al Jeffersonian de distintas maneras. Cam pide a su equipo que ponga todo su empeño en resolver el asesinato de una organizadora de bodas cuyo cadáver ha sido hallado en su máquina de rayos UVA.

El francotirador Jacob Broadsky, el asesino de “La Sepulturera”, regresa con su particular sentido de la justicia después de asesinar a un hombre que cargaba con una importante suma de dinero blanqueado.

Durante una increíble tormenta de nieve en Washington, la Doctora Brennan y Booth quedan atrapados en un ascensor. La larga espera propiciará que ambos hablen por fin de lo que sienten el uno por el otro después de la ruptura del agente con Hannah.

El equipo de Brennan colabora con un podólogo forense para identificar siete pares de pies.

El presentador de un programa de sucesos sobrenaturales aparece asesinado aparentemente por el mítico Chupacabra.

Booth y Brennan investigan el asesinato de un guarda tras el intento de robo de una carta de navegación obsoleta.

Aparece asesinado un miembro de Apoyo a la Honestidad. Mientras, Hodgins insta a Ángela a hacer frente a su embarazo.

Un sordomudo de identidad desconocida, ensangrentado y armado con un cuchillo es el sospechoso del reciente asesinato.

El francotirador Broadsky se cobra otra víctima , esta vez la bala iba dirigida a Booth pero mató a otra persona.

El equipo investiga los restos no identificables de un jugador que son encontrados entre la maquinaria de la bolera.

El equipo de Jeffersonian investiga la muerte de una mujer hallada en un campo de paintball. Brennan y Booth se adaptan a la vida como futuros padres.

El equipo Jeffersoniano identifica los restos de un campeón de comilones días antes de los juegos de los glotones, una competición de primer orden en la cual hay un premio de 10000 dólares. Surgen tensiones entre Booth y Brennan, con lo que deciden que lo mejor para ambos será el ponerse cada uno en la piel del otro para poder empatizar.

Tras encontrar los restos de una ejecutiva de una empresa juguetera envuelta y encogida con una muñeca, el director de la compañía les da a Booth y a Brennan acceso a las oficinas centrales y al laboratorio de prototipos altamente clasificados. Para Brennan el caso le plantea dudas a la hora de plantear la ética de su retoño respecto al uso de los juguetes.

Las partes de un descuartizamiento aparecen en diferentes buzones de correos y el equipo identifica a la victima como un empleado de un Ship 'n' Print local, donde los empleados se han repartido recientemente el premio de la lotería. A través de las pesquisas, se hace evidente el un triangulo amoroso entre los trabajadores de la empresa en el cual la victima estaba involucrada.

Un caza tormentas de renombre ha muerto supuestamente mientras perseguía un tornado, pero las indagaciones del equipo hacen que sospechen que ha sido asesinado. Mientras Booth comienza a ser sobreprotector con Brennan, tanto en casa como en el trabajo.

Un mensaje encriptado y hecho con sangre aparece en un monumento nacional. Mientras Booth y Brennan no dejan de buscar el nuevo hogar para su familia.

Booth no es feliz cuando Brennan, en su avanzado estado de gestación, decide que es la única científico que puede resolver el misteriodel cadáver del preso aparecido en el sistema de alcantarillado cercano a la prisión.

El agente especial Genny Shaw entra en la agencia con Booth, Brennan, mientras reduce sus actividades en su primer día de vuelta al trabajo, cuando el equipo tiene que resolver el caso de una persona que fue arrastrada hasta su muerte por un gran camión. Por otra parte, Cam no está contento con la participación de Michelle con Finn.

Un cadáver azul descubierto en un vertedero inspira el lado creativo de Vaziria la hora de desarrollar la investigación criminal. Mientras tanto, Booth tiene previsto algo especial para Brennan, quien no está contenta con su post-parto físico.

El cuerpo de un empleado de una compañía de camiones aparece en medio del bosque.

El equipo conecta a una víctima con dos familias enfrentadas desde hace casi un siglo.

Brennan y Booth van a Los Ángeles para revisar la producción de la película basada en el último libro de Brennan.

Un malvado genio de la tecnología, antiguo sospechoso en un caso de Brennan y Booth, reaparece en la apelación.

Después de haber sido acusada de asesinato, Brennan está huyendo del FBI ayudada por su padre Max. Booth y el equipo del Jeffersonian están convencidos de que Christopher Pelant ha manipulado las pruebas en el caso, para así incriminar a Brennan como la principal sospechosa. Tras una denuncia anónima, el equipo investiga los restos de un miembro del consejo universitario, que podrían ser clave para probar la inocencia de Brennan.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de un prestigioso abogado de divorcios con una gran cantidad de enemigos. La trama se complica cuando el equipo descubre que la esposa del abogado y su asistente han estado escondiendo una evidencia crucial que podría ayudar a resolver el caso. Mientras tanto, Brennan trata de adaptarse su la vida después de estar huida, y las tensiones comienzan a aumentar entre ella y Booth por el impacto de los tres meses de separación.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Jared Drew, un empleado de un zoo, y en el curso de su investigación entran en el mundo del tráfico ilegal de animales. Mientras tanto, Brennan piensa que sería una excelente candidata presidencial, y Sweets y Daisy asumen un gran cambio en su relación.

El equipo investiga la muerte de un empleado de un parque de animales, y el caso los lleva a introducirse en el mundo del tráfico de animales.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de una mujer cuyo cuerpo se encontró mutilado y desechado en un contenedor de basura de la ciudad.

Tras quedar fascinada con el baloncesto y el concepto de trabajo en equipo, Breenan recluta a cinco de los mejores para reconocer unos restos sin identificar.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de un hombre cuyos restos quedan sellados en una cápsula que aparece varada en la playa.

Un artista callejero que está trabajando en un cartel, se ve atrapado en su pegamento y en los restos de un cuerpo, así que el equipo intenta sacarlo mientras identifican a la víctima. Mientras tanto, Booth prueba comedia de stand-up en un club de micrófono abierto para buscar sospechosos. Angela se encuentra atraída por el artista callejero.

Un psíquico se une a la investigación de la muerte de un pequeño cuya alma se cree todavía sigue viva, haciendo que los miembros del equipo reflejen sus creencias de la vida después de la muerte.

El equipo del Jerffersonian investiga la muerte de un bailarín profesional que fue asesinado tres días antes de su audición para una competencia de baile. Para resolver el caso, Brennan y Booth van de encubierto como bailarines de la competición para ver si pueden encontrar sospechosos.

El equipo investiga la muerte de un reconocido arqueólogo con una reputación questionable, que hizo un descubrimiento importante justo antes de su muerte.

Al despertar, Angela y Hodgins encuentran un cadáver sangriento colgado sobre la cama y deciden comenzar una investigación sin participar al equipo del Jeffersonian.

El equipo del Jeffersonian investiga los restos de dos cuerpos de mujer encontrados en el mismo sitio: una de las cuales padeció cáncer, acompañada de su "doula" (rol dentro de las creencias brahmánicas), quien fue su guía a través de su proceso de duelo con la enfermedad. El caso saca a la luz lo que cada cual -Brennan y Booth- ha dispuesto como arreglos posteriores a la muerte. Asimismo, Daisy Wick, la ex-novia de Sweet, regresa para su primer caso después de su ruptura.

Brennan y Booth investigan la muerte de una patinadora cuyo cuerpo fue desmembrado. Para obtener respuestas, Angie irá de incógnito como patinadora en un derby.

Cuando a Brennan le disparan mientras trabajaba tarde en el laboratorio del Jeffersonian, llega al hospital en condición crítica. Mientras está allí, lucha con visiones de su madre que desafía lo lógica usual. Mientras tanto, todas las evidencias sugieren que el atacante de Breenan puede estar vinculado con el Jeffersonian.

El equipo del Jeffersonian investiga los restos de un adolescente aparentemente inocente que, en realidad, estaba involucrado en las drogas y en actividades ilegales.

Llega un nuevo interno al equipo de Brennan. Con una gran formación académica, el Dr. Oliver Wells (Brian Klugman) desafía a Brennan con sus excéntricas observaciones sobre lo estrecha de mente que es, lo que hace que se plantee tratar de ser más abierta sobre ciertas cuestiones científicas. Mientras tanto, Booth se preocupa cuando Brennan acepta la posibilidad de que se pueda viajar en el tiempo como elemento dentro de la investigación de asesinato.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Symchay Conteh, un joven cuyos restos fueron encontrados en un barril en una empresa de eliminación de residuos peligrosos. Pronto descubren que la víctima era un inmigrante de Sierra Leona que tenía varios empleos basura. Mientras el equipo se adentra más en la investigación, Cam y Arastoo encuentran aún más difícil mantener su relación en secreto. Paralelamente Brennan y Booth discuten sobre su destino de vacaciones.

Un cadáver carbonizado en un búnker lleva al FBI hasta un infante de marina licenciado y hasta un grupo de supervivencia. La manera en que se produjo la explosión es la clave para descubrir al culpable. Mientras tanto, Sweets puede haber encontrado un nuevo apartamento.

Un policía encubierto que estaba investigando una serie de robos a cajeros automáticos aparece muerto, y el equipo debe desentrañar si los ladrones son también asesinos.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de un productor de televisión. Mientras tanto, Brennan tiene problemas para aceptar el hecho de que Christine sea una niña "normal", cuando su hija es acusada de morder a un compañero. Luego, Hodgins usa todas sus herramientas en el Jeffersonian para recrear químicamente la salsa especial de Finn.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Jack Spindler, un exitoso corredor de bolsa de día, pero es desnudista de noche. Cuando el equipo descubre como el trabajo nocturno afectaba en su vida personal, empiezan a dudar de la gente cercana a él, incluyendo su novia desnudista, Storm. Mientras tanto, aparece la madre de Booth luego de 24 años de ausencia en su vida y le hace un pedido especial.

El equipo del Jeffersonian se apresura para prevenir una epidemia viral mientras investigan la muerte de una periodista, Mia Garret, luego que su cuerpo infectado fuese encontrado en una instalación de peligro biológico. Cuando el mutado virus que mató a Mia contagia al pasante Arastoo Vaziri, su única chance de salvarlo es resolviendo el asesinato. Tensión y pasión se muestran a medida que el equipo compite contrarreloj para encontrar al asesino, y una cura.

Christopher Pelant reaparece y asesina a varios agentes del FBI que compartieron pasado con Booth. Sweets se da cuenta a través de las evidencias de que algo le resulta familiar, y descubre que se está basando en unos documentos inéditos escritos por él. Brennan reevalúa su relación con Booth, temiendo que él sea su objetivo final, por lo que cambia su manera de pensar respecto a su situación de pareja.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Jason Siedel, un contable del Departamento de Estado, cuyos restos fueron encontrados en la cabina de aire acondicionado de un hotel. Stand, por su parte, busca a Aldo Clemens, amigo y ex-sacerdote, para obtener asesoramiento sobre su relación con Brennan, ahora que Pelant ha creado una brecha entre ellos. Mientras tanto, Brennan debe decidir si quiere a Stand o pone fin a su relación con él.

Booth, Brennan y el equipo de forenses investigan el asesinato de Adam Pak, un consultor de dirección cuyo cuerpo se ha encontrado devorado por linces. Cuando las pruebas apuntan a una consultoría matrimonial, Brennan y Booth deciden ir de paisano por allí. Por eso, se harán pasar por Roxie y Tony, una pareja con problemas, para poder recabar más evidencias. Allí conocerán a Bill y Evelyn, un matrimonio que parece ser demasiado perfecto. Mientras tanto, a Cam la arrestan por error y Sweets toma una decisión: dejar el FBI por un tiempo.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Jamie Delcampo, uno de los miembros de la pandilla Estrellas Locas. Sus restos se han encontrado en un coche quemado. Mientras tanto, Sweets, que se ha tomado un tiempo sabático del FBI tras el ataque de Pelant, decide ayudar a los forenses cuando se entera que un adolescente del centro en el que hace voluntariado es el hijo de uno de los pandilleros.

Pelant ha vuelto, y los miembros del Jeffersonian quieren poner fin al dominio que ha tenido sobre ellos, de una vez por todas.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Charlie McCord, el director de un instituto que, tras enterarse que padece un cáncer terminal, crea una página web donde la gente puede ver vídeos inspiradores. Allí encontrarán un vídeo en el que la víctima golpea a un antiguo campeón de peso ligero. Además, el doctor Sweets ve amenazado su puesto de trabajo por culpa de un programa informático de perfiles virtuales, mientras que Brennan y Booth empiezan a planear su boda.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Nancy Handelman, cuyo cuerpo fue descubierto en el momento del ensayo de boda de Brennan y Booth.Y por fin, después de más de ocho temporadas resolviendo asesinatos, jugándose el tipo y atrapando a los más peligrosos criminales juntos, y Brennan dan el paso y se unen “hasta que la muerte los separe”. A la boda asistirán antiguos compañeros del Jeffersonian, así como la médium Avalon Harmonia (Cindy Lauper), que interpretará un tema en honor de los novios.

De luna de miel en Buenos Aires, Brennan y Booth no se pueden sólo relajar. Así que deciden ayudar a Raphael Valenza, un detective local y gran fan de los libros de Brennan, a resolver el asesinato de un criminal de guerra Nazi.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Sean Nolan, un modelo fallecido cuyo cuerpo es encontrado en un dique de castores.

Brennan es jurado en el caso de un jugador de fútbol profesional, Peter Kidman, a quién se le acusa de asesinar a su mujer.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de un científico alimentario cuyos restos fueron arrojados a una picadora de carne y mezclados en latas de guiso servidas en la cafetería de un colegio.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de un gimnasta nacionalmente reconocido, cuyos restos fueron alcanzados por un rayo y esparcidos por todo el parque.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Lana Brewster, una chica cuyos restos son entregados en la casa de Brennan y Booth por alguien que cree que su muerte hace 18 años no fue un accidente.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Colin Haynes, un cantante de música country cuyos restos fueron encontrados en una tumba poco profunda. Cuando el equipo investiga la carrera musical de la víctima, descubren que su sello discográfico lo engañaba. Por otro lado, el interno Wendall Bray se rompe el brazo durante un partido de hockey y cuando Brenan le echa un vistazo a su lesión descubre una noticia impactante.

El equipo del Jeffersonian descubre el cuerpo de un famoso pero desagradable maestro de ajedrez. Sweets sorprende al equipo con sus grandes habilidades para jugar al ajedrez, y se infiltra en el mundillo para encontrar al asesino. Cam recibe un galardón por su trayectoria científica, pero teme la reacción de Brennan, que considera que debería estar entre los premiados. Un viejo 'amigo' de la forense, el molesto doctor canadiense Douglas Filmore, especializado en huesos de los pies, vuelve a aparecer en escena.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Lauren Frank, una víctima de secuestro cuyos restos fueron hallados enterrados en un parque. Cuando Brennan descubre la infeliz relación que Lauren mantenía con su madrastra, el equipo empieza a pensar que el asesino fue alguien más cercano a la víctima de lo que se suponía en un principio. Mientras, Hodgins descubre un secreto sobre su familia y Brennan y Booth se enfrentan a un dilema muy común en las parejas, que tiene que ver con el dinero.

Booth y un agente de la CIA deben trabajar en conjunto para atrapar a un terrorista. Mientras tanto, Brennan quiere acercarse a Booth en el campo laboral, pero tendrá que enfrentarse a las implicaciones que esto conlleva a nivel familiar.

Durante la búsqueda de un asesino, el equipo de Jeffersonian encuentra pistas claves al ahondar en la vida pasada de la víctima. Por otro lado, un antropólogo forense cubano se incorpora al equipo para realizar prácticas y así poder completar su título académico.

El equipo del Jeffersonian tendrá que trabajar tras las cámaras de televisión cuando aparece el cadáver de un joven actor de comedia. Una vez en el plató deberán averiguar quién asesinó al personaje favorito del público. Todo cambia cuando descubren que el actor era famoso por su promiscuidad, además de otros aspectos desagradables sobre su personalidad. Mientras, Booth y Brennan planean el primer cumpleaños de Christine, y Clark pide la opinión del equipo sobre una novela que ha escrito.

Cuando Todd, un coleccionista de arte adinerado, se encuentra en su propio funeral, el equipo del Jeffersonian debe descubrir a quién pertenecen los restos cremados del funeral.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de un expulsado de una escuela de arte y que lucha contra el lupus, cuyos restos fueron encontrados en un tronco en el bosque.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de una mujer cuyos restos fueron encontrados en un pantano.

El equipo del Jeffersonian, el Dr. Clark Edison (la estrella invitada Eugene Byrd), Cam (Tamara Taylor), Brennan (Emily Deschanel) y Booth (David Boreanaz) investigan la muerte de la hija de una familia adinerada cuyos restos fueron encontrados en un parque nacional.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Brian Thomas, el entrenador de natación de cabeza en un colegio comunitario, cuyos restos fueron encontrados tirados en el fondo de un pozo.

El equipo investiga la muerte de un hombre que había ofrecido a Booth información de un posible encubrimiento del gobierno en un caso anterior, pero fue asesinado antes de que la reunión se llevara a cabo.

Booth es en la cárcel después de haber sido enmarcado por el asesinato de tres agentes del FBI. Ahora le toca a Brennan, Sweets y el resto del equipo del Jeffersonian averiguar quién en el FBI está detrás de la conspiración.

Para averiguar quién inculpó a Booth por el crimen, el equipo del Jeffersonian, con ayuda del agente especial James Aubrey, continúa investigando quién está detrás de la conspiración que involucra al Gobierno y al FBI. Cuando averiguan que hay adn desconocido en una víctima relacionada con el escándalo, el equipo consigue acotar el número de sospechosos.

Con la ayuda de Rodolfo Fuentes, el equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de un controvertido y obeso locutor de radio cuyos restos han sido encontrados en un colector de aguas. Cuando el equipo descubre alguna de sus actividades extralaborales consiguen cerrar el círculo de sospechosos. Mientras, el agente especial Aubrey trata desesperadamente de ganarse la confianza de Booth, y Brennan está preocupada por el cambio psicológico en Booth tras la muerte de Sweets.

El equipo investiga tras encontrar un cuerpo en un río. Mientras, Brennan y Booth planean el futuro de Christine.

El equipo del Jeffersonian asiste a una convención científica en la que Brennan dará el discurso central. Allí se encontrarán con un cadáver en el hueco de la escalera del edificio de la convención. Muchos asistentes ofrecerán su ayuda para resolver el crimen, pero las pruebas apuntan como sospechoso al doctor Hodgins, por lo que el equipo deberá trabajar para probar su inocencia. Mientras, Brennan se topa con su rival editorial, Tess Brown, y Wendell Bray recibe noticias sobre su diagnóstico de cáncer y volverá a trabajar con el equipo.

El equipo investiga el asesinato de una inmigrante cuyos restos fueron encontrados en una cuneta. La mujer había trabajado en la casa de una rica mujer, Sandra Zins, que se convierte inmediatamente en sospechosa. Los investigadores descubren que la víctima había entrado en el país ilegalmente y se dan cuenta de que el caso podría ser mucho más grande de lo que aparenta.

Los restos de un cuerpo, muy deteriorados, aparecen en un tiovivo, por lo que el equipo del Jeffersonian entra en acción para tratar de descubrir qué ha pasado en un millonario fondo de inversión. El jefe de la víctima se convierte en el primer sospechoso, pero la investigación da un giro inesperado cuando descubren pruebas incriminatorias contra la propia víctima. El caso se resiente por la conexión emocional que Aubrey siente con el caso, y Booth y Brennan se enfadan cuando Christine dice su primer taco.

El equipo del Jeffersonian deberá investigar a los participantes en un campeonato de crucigramas cuando aparecen los restos de un famoso campeón de estas competiciones. Pronto descubren que la víctima padecía una enfermedad mental cuando falleció, por lo que se dan cuenta de que el caso es más complicado de lo que esperaban. Mientras, una Daisy en la recta final de su embarazo busca la ayuda de una doula, Valentina.

El equipo del Jeffersonian debe investigar la muerte de un profesor universitario de psicología, cuyos restos aparecen muy deteriorados. Se trata de un hombre que realizaba un controvertido experimento con sus estudiantes, que se convierten en principales sospechosos. Brennan deberá trabajar con Aubrey y Wendell descubre que siente algo por la enfermera del tratamiento de quimioterapia que está recibiendo.

Bones homenajea a Alfred Hitchcock en un episodio que recrea el Jeffersonian y al equipo del FBI en los años 50. Brennan interpreta a una detective de la policía de Los Ángeles que lucha contra el sexismo en el cuerpo. Booth es un famoso ladrón de joyas. Cuando es acusado del asesinato de una celebridad, él y Brennan formarán equipo para limpiar su nombre y encontrar al verdadero asesino.

Avalon Harmonia presta su experiencia cuando encuentran los restos de un psíquico dentro de un árbol. Pero otra de sus visiones no le sientan demasiado bien a partes del equipo. Christine tiene un amigo invisible que preocupa a sus padres.

Cuando una profesora importante es hallada muerta en una librería abandonada, los profesores y estudiantes de su colegio se convierten en sospechosos en el caso. Mientras tanto, el editor de Brennan la aconseja unirse a Twitter; así, su interna, Jessica Warren, ayuda a una Huesos muy entusiasmada a comprender el universo Twitter.

Brennan y Booth investigan tras encontrar el cuerpo de un ex convicto en pedazos. A medida que se centran en recuperar su historia, se dan cuenta de que su pasado puede llevarles al asesino.

La muerte de un golfista demuestra la verdadera naturaleza competitiva del deporte. Mientras tanto, Brennan teme que su padre esté cometiendo actos ilegales de nuevo y Wendell pide ayuda a Hodgins.

Los restos de un jugador de altas apuestas son decubiertos en una trituradora industrial y el pasado de adicción de Booth entra en juego cuando él y Brennan investigan el mundillo del póker. Hodgins inventa un producto de laboratorio.

El equipo investiga cuando los restos de un chef famoso son descubiertos en un parque local.

Los restos de una estudiante de secundaria son encontrados y se cree que su muerte ha sido a causa del bullying; pero Brennan no está tan segura de que sea asesinato cuando encuentra similitudes entre su propia adolescencia y la de la víctima.

Con tan solo 48 horas antes de la ejecucción del asesino en serie Alex Rockwell (quien se encuentra en la cárcel en parte gracias a Brennan y a Booth), el equipo del Jeffersonian debe correr a contrarreloj para confirmar la nueva sospecha de Brennan de que Rockwell puede no ser el autor de los crímenes.

Arastoo es secuestrado por un miembro del Parlamento iraní para ayudarle con un caso de asesinato, por lo que Booth y Cam viajan a Oriente Medio para exponer al asesino antes de que sea demasiado tarde. Mientras tanto, Brennan está preocupada por la posible ludopatía de Booth, y le pide a Aubrey que la proteja a ella y a Christine del corredor de apuestas de su marido.

El cuerpo de un coleccionista de tarros de galletas se encuentra cerca de un río. Mientras tanto, Booth se esfuerza por aceptar la decisión de Brennan de irse de casa por culpa de su adicción al juego.

Los restos de un ex convicto y motero que se convirtió en instructor de Yoga son encontrados en las ruinas después de un incendio forestal. La investigación deberá cubrir ambos mundos del muerto. Mientras tanto, Booth lucha por controlar su adicción.

Mientras el equipo investiga un asesinato, aparecen pruebas en la escena del delito que les recuerda a un viejo enemigo. Angela se preocupa de Hodgins y su decisión mientras que Booth y Brennan consideran una vida sin el Jeffesonian.

Seis meses después del final de la temporada 10, Brennan (Emily Deschanel) y Booth (David Boreanaz) se han trasladado a una nueva ciudad y tienen nuevos puestos de trabajo, después de haber renunciado a su antigua vida e instalarse en una vida dichosa y libre de la presencia de la muerte. Pero un asesinato como ningún otro los atrae de nuevo a investigar con sus antiguos colegas en el Jeffersonian y el FBI.

Mientras Aubrey y Miller investigan más a fondo el paradero de Booth y sus intenciones, nueva evidencia sale a la luz que sugiere un trabajo desde dentro.

Booth y Brennan regresan a sus vidas antiguas mientras que Cam se hace al hecho de que Vaziri se ha ido.

Brennan pide ayuda para investigar la muerte de un agente financiero.

Un macabro descubrimiento de restos humanos conduce a Brennan y a Booth a una cacería en busca de pistas, durante los cuales se cruzan con Ichabod Crane y Abbie Mills, que están buscando respuestas propias. (El crossover continúa en Sleepy Hollow 3x5)

El equipo corre a contrarreloj para descubrir quien mató al senador de Virginia antes de una importante rueda de prensa.

El cadáver de un escapista es encontrado en el bosque; Booth y Brennan intentan decidir si el ratoncito perez debiera visitar a christine; Ángela trabaja con Sebastian Kohl en su fotografía.

El equipo investiga el asesinato de un periodista político que fue encontrado muerto después de publicar un artículo en el que hablaba sobre corrupción en la NSA. Debido a la naturaleza de la investigación, la paranoia de Hodgins crece, mientras el equipo se da cuenta de que todos sus movimientos está siendo observados.

Para resolver un asesinato, Brennan y Booth se infiltran en una competición de tiro al estilo viejo oeste, mientras que Angela y Hodgins discuten el futuro de su familia y Cam se acerca al fotógrafo Sebastián Kohl.

Aubrey y Hodgins son heridos en una explosión. El equipo hace todo lo posible para encontrar un asesino de policías. Aristoo pide a Cam que lo lleve de vuelta. Hodgins tiene complicaciones en su lesión.

Hodgins lleva ocho semanas en rehabilitación por su parálisis y obligado a usar una silla de ruedas, con dificultades para adaptarse a su nueva vida en el hogar y el laboratorio. Mientras tanto, Brennan y Booth investigan la muerte de un defensor público.

El equipo investiga un cuerpo encontrado en un accidente automovilístico, y los restos pertenecen a uno de los fundadores de la organización de derechos de los hombres, quién pudo haber sido víctima de abuso doméstico. 

Christine está teniendo pesadillas sobre un monstruo en el armario. Mientras tanto, el equipo está investigando la muerte de una mujer. El asesinato parece estar conectado a una víctima anterior que aún no ha sido identificada.

Un sospechoso del asesinato de un delincuente condenado tiene vínculos con Booth; mientras, Brennan atestigua ante el FBI sobre un sospechoso no identificado de su asalto en un caso anterior.

El equipo investiga el asesinato de un 'fijador' de alto rango. Hodgins está tratando de arreglar las cosas con Angela mientras Aubrey ha encontrado una verdad impactante sobre el paradero de su padre.

Cuando el cantante de un grupo a capella de la universidad muere, el equipo debe interrogar a los miembros del grupo y a algunos competidores femeninos; La experiencia en la universidad de Aubrey se revela mientras que Booth trata de planificar un viaje con Parker; un nuevo interno es llevado al laboratorio.

Un estudiante universitario borracho descubre el cadáver de un agente del servicio secreto justo antes de una visita presidencial a la zona. Booth está listo para comenzar a investigar y se dirige al Agente del servicio secreto y ex colega Brandt Walker para obtener información, pero se sorprende al saber que el Servicio Secreto tiene reservas en cuanto a la participación de Booth en el caso.

Un equipo de televisión sigue al equipo del laboratorio médico legal durante varios días para documentar la relación entre el Instituto Jeffersonian y el FBI. El equipo forense sigue el caso de un repartidor de pizza asesinado y enterrado en un vertedero diez años antes.

Bones y Booth investigan la muerte de un jugador de hockey profesional cuyo cadáver decapitado fue arrojado a un río. Booth se reencuentra con un rival de hockey de su pasado, llevándolo de vuelta al hielo. Mientras tanto, Hodgins y Oliver tienen su propia competición cuando Hodgins construye dos drones y compiten para recuperar la cabeza de la víctima.

Los restos de un explorador multimillonario son encontrados diez años después de su desaparición y el Dr. Clark Edison se convierte en un sospechoso ya que formaba parte de la expedición. Mientras tanto, Cam discute con su hermana cuando ella trata de ayudar con sus planes de boda.

El equipo investiga sobre un cuerpo encontrado en una planta de reciclaje de vidrio con un diamante encajado en la mandíbula. El Inspector francés Rousseau se presenta ante el equipo con una acusación contra el Marqués de Chaussin, quie resulta ser el marido de la víctima y vive en Virginia. Mientras tanto, Booth descubre que sufre una enfermedad temporal en los ojos, y Hodgins cree que le está persiguiendo un fantasma.

El equipo se sumerge de nuevo en la investigación del asesino en serie, tratando de encontrar al que ahora llaman "El Titiritero", que vive con los cuerpos de sus víctimas antes de deshacerse de ellos. Mientras tanto, Brennan se sigue sintiendo culpable sobre su retiro del año pasado, culpándose por no haber detenido al  asesino antes. Sin embargo, lo que no sabe es que ella podría tener sus propios problemas.

Brennan ha sido secuestrada por su antiguo ayudante Zack, siendo buscada desesperadamente por Booth y el resto del equipo. Sin embargo, el rescate de Brennan solo es el comienzo de sus problemas.

Después de descubrir el cuerpo de un hombre involucrado en la creación de bots de inteligencia artificial, el equipo debe averiguar si el propio bot de la víctima estaba programado para matarlo. Mientras tanto, Bones planea una sorpresa especial para todos por su 40 cumpleaños.

Cuando el cuerpo de un anciano es encontrado en una zona de vertidos de ácido, el equipo se sumerge en un drama de un hogar del jubilado. Mientras exploran el caso, el matrimonio y los niños empieza a dominar como tema de conversación en el laboratorio.

El equipo investiga el asesinato de alguien perteneciente al pasado de Booth y Brennan. Mientras tanto, Aubrey se enfrenta a un dilema moral cuando descubre que su padre está de vuelta.

Cuando un tutor de estudiantes privilegiados muere, el equipo visibiliza a todos los posibles culpables, desde padres descontentos hasta el compañero de cuarto del tutor con antecedentes penales. Mientras tanto, Bones se siente frustrada con la voz de su audiolibro e intenta probar que puede grabarla ella misma.

El cuerpo desmembrado del exitoso golfista convertido en leñador, Phyllis Paul, lleva el rumbo de la investigación al Campeonato Regional de Deportes de Madera. En esta competición, Booth y Brennan descubren numerosos secretos que podrían ser el móvil del asesinato de Phyllis, incluyendo un romance con un rival casado. Mientras tanto, Hodgins secretamente analiza la bacteria en el hueso de una víctima anterior que cree que absolverá al asesino, Zack Addy.

Booth revisa su pasado cuando empiezan a aparecer cadáveres cerca de Washington DC conectados con su antigua unidad militar. Brennan sufre una crisis con su padre, no sabe si puede confiar en él o no en cuanto a un procedimiento médico.

Una pérdida reciente crea una brecha entre Booth y Brennan, ya que ambos hacen frente a su tristeza de forma diferente. Mientras tanto, resurge una vieja llama del pasado de Brennan.

Cuando un joven muere en un horrible accidente en una embaladora de heno, Booth, Brennan y Aubrey se enfundan unos disfraces peculiares y van encubiertos a una competición de camiones de demolición para investigar el caso. Mientras tanto, el Dr. Gordon Wyatt regresa y ayuda a Hodgins y Cam cuando el caso abierto "Gormogon" llega a un callejón sin salida.

Cuando el cuerpo quemado y magullado de un aspirante a escritor/director cae sobre un automóvil en marcha, el equipo investiga una serie de lugares extraños y personajes que están conectados a su película. Mientras tanto, Bones pide consejo al Dr. Mayer sobre el significado de la pasión en el trabajo y Booth le permite a Aubrey tomar las riendas en el caso.

En el penúltimo episodio de la serie, la historia final de cada personaje principal comienza a desarrollarse. Brennan testifica por Zach en el juicio y Angela tiene grandes noticias, mientras que Aubrey y Jessica llegan a un acuerdo sobre su futuro juntas. Durante este tiempo, el equipo descubre que Kovac ha escapado, dejando a Booth en una carrera contrar reloj para protegerse a sí mismo y a los suyos de lo que puede ser el plan más peligroso de Kovac hasta la fecha.

Con Kovac todavía en libertad, el equipo busca pruebas para localizarlo. Pero cuando Brennan es víctima de una ataque, el resto del equipo debe averiguar cómo encontrar a Kovac sin ella, poniendo a prueba todo lo que han aprendido de ella. Finalmente, cuando todas las señales apuntan a que que Kovac tiene ayuda externa, así como un escondite, Booth y Brennan van a por él.