El Afro Samurai está en una búsqueda de venganza contra Justice, el hombre que es el peleador # 1 en el mundo y el que mató a su padre delante de él como un niño pequeño. Acompañado por su compañero, Ninja Ninja, camina por la tierra y encuentra pistas sobre el paradero de Justice y se encuentra en horribles batallas por el camino.

Afro es encontrado por el río y tomada por Okiku para que sus heridas sanar. En su estado debilitado, tiene una serie de sueños acerca de comenzar su entrenamiento de samurai y sus amigos de hace tanto tiempo.

El Afro Samurai continúa en su viaje y encuentra más información sobre el Clan Vacío Siete. El grupo de monjes ha decidido desencadenar un robot en el samurai, creado a partir de los datos que Okiku había tomado de sus recuerdos.

Jinnosuke (Kuma) lucha con Afro sobre la lección de la consecuencia de elegir la venganza sobre la familia y lo que realmente significa llevar la venda No. 2.

Afro termina su batalla con Kuma y continúa subiendo la montaña. Ahora, la batalla final con la Justicia está a la mano. El samurai ahora está listo para finalmente vengar la muerte intempestiva de su padre, matando al pistolero desquiciado.