Deciso a diventare un samurai, Usagi parte per Neo Edo, dove però finisce per liberare un mostro dalla sua prigionia millenaria.

Usagi e isuoi amici combattano contro Kagehito, uno Yokai simile a un ragno con braccia, gambe e occhi su tutto il corpo e devono salvare Lord Kogane da un attacco.

Usagi, Kitsune, Chizu e Gen vanno al museo culturale e incontrano alcuni Yokai che abitano i luoghi abbandonati e uno Yokai che può cambiare forma.

Mentre Gen è in ospedale, Usagi e Kitsune finiscono nel mezzo di una lite tra i Mogura e la Squadra Pipistrelli.

Karasu-Tengu accetta di diventare la sensei di Usagi se lui riesce a catturare tre Yokai urbani. Lady Fuwa ruba la Pietra-Ki e avvia il suo piano per controllare Neo Edo.

Il Clan Ninja dei Neko attacca il tempio, costringono Chizu a prendere una posizione. Gen ha un altro lavoro da sbrigare e Usagi cerca il secondo Yokai.

Quando Usagi e Chizu vanno alla ricerca dell'ultimo Yokai urbano nel Dojo Nascosto, Usagi ha un ripensamento. Kagehito è sempre più vicino al suo obiettivo.

Chikabuma avvisa in segreto Gen, Toshiko, Chizu e Kitsune del piano di Kagehito. Usagi si dimostra all'altezza del ruolo, così Karasu-Tengu decide di addestrarlo.

Usagi torna nel team per combattere Lady Fuwa e i suoi ninja. Kagehito lancia un assalto feroce per attaccare il Clavis alla Pietra-Ki.

La Pietra-Ki cerca di chiudere il portale a possibili invasori alieni, ma ha bisogno del pezzo mancante. Riusciranno Usagi e i suoi amici a trovarlo in tempo?

Senza saperne il motivo, Chizu, Kitsune e Gen ricevono nuove armi dalla Pietra-Ki. Usagi si autoproclama il loro sensei e li addestra a usarle.

La banda prova un gioco nuovo. Usagi aveva promesso di non lottare più contro gli Yokai ma subisce un'aggressione da O-Dokuro, uno scheletro posseduto da questi esseri.

Chizu sfida Lady Fuwa per il controllo del Clan Ninja dei Neko. Dopo aver scoperto che Kitsune non ha mai festeggiato un compleanno, Usagi e Gen le organizzano una festa.

Usagi e Gen si offrono volontari per dimostrare alle bimbe ninja che c'è molto di più nella vita fuori dal dojo. La Squadra Pipistrelli attacca il tempio.

Dopo l'avvertimento da parte di Kagehito dell'imminente invasione delle Makkine, la banda prova ad allearsi con ninja e Mogura. Lady Fuwa trama una vendetta contro Chizu.

Kagehito ha bisogno dell'aiuto della squadra per recuperare un oggetto prezioso. I robot da guerra delle Makkine appaiono ovunque in città… ma da dove provengono?

O-Dokuro porta la squadra in un antico campo di battaglia, dove Usagi spera di recuperare la spada di un suo antenato e scongiurare così l'invasione imminente.

Tetsujin lancia il suo robot di difesa, ma ha bisogno che qualcuno lo piloti. Chizu affronta Lady Fuwa in una battaglia finale per il comando del Clan Ninja dei Neko.

Kagehito scopre la vera natura dell'uovo di Kitsune. Un errore nell'attacco della Squadra Pipistrelli causa una catastrofe e apre la strada all'invasione delle Makkine.

Neo Edo deve unire le forze nella battaglia, mentre le Makkine inviano con il portale un mostro gigante e un esercito di robot da guerra. La città potrà essere salvata?