Anni dopo gli eventi di Megazone 23 II, l'unica città sulla Terra è il presunto idilliaco Eden. Lì vive Eiji Takanaka, un hacker di livello B che è appena stato accettato in EX, l'organizzazione che controlla Eden. Tuttavia, prima del suo primo giorno di lavoro, viene coinvolto in una guerra di rete, in una figura leggendaria chiamata EVE e in un complotto per riabitare la Terra.

Anni dopo gli eventi di Megazone 23 II, l'unica città sulla Terra è il presunto idilliaco Eden. Lì vive Eiji Takanaka, un hacker di livello B che è appena stato accettato in EX, l'organizzazione che controlla Eden. Tuttavia, prima del suo primo giorno di lavoro, viene coinvolto in una guerra di rete, in una figura leggendaria chiamata EVE e in un complotto per riabitare la Terra.