수상한 종교 집단 교주의 아들인 우라베 유키토는 말도 안 되는 수행 중에 목숨을 잃고 이세계로 환생했다. 그곳은 '신'이나 '종교'라는 개념이 없는, 유키토에게 있어서는 이상적인 세계였는데.

알랄과 실릴이 목숨을 건지게 되면서 활기를 되찾은 카쿠리 마을 사람들. 하지만 유키토는 황도 측이 이 사건에 대해 조사하기 시작했다는 걸 듣게 되었다. 이에 유키토는 전능한 신인 미타마의 힘만 있으면 어떻게든 될 거라고 낙관적으로 생각했었는데.

미타마의 힘으로 원래 세계로 돌아온 베르트랑은, 성별이 여성으로 바뀌고 말아 황도에 돌아가 봐도 다른 사람으로 오해받아 쫓겨나고 말았다. 갈 곳이 없어지고 만 베르트랑을 상대로 유키토는 상냥하게 손을 내미는 듯했는데.

콤바인에 수도, 전기라는 근대 설비들을 미타마의 힘으로 만들어 내 카쿠리의 문명 수준을 비약적으로 발전시킨 유키토. 그렇게 계획대로 신자의 수는 늘어나는 중이었지만, 그런 상황에서 황도에서 한 수수께끼의 소녀가 자객으로서 나타나게 되었는데.

클렌은 스스로를 '로키'라고 소개하며 자신이 실은 아르콘의 한 축이라는 것을 밝혔다. 그리고 로키는 유키토와 미타마를 황제 앞으로 데리고 갔다. 거기서 기다리고 있었던 건 이 세계를 지배하는 '초과학'의 존재였는데.

황국의 지배로부터 해방된 것에 더해 아타르와 동맹까지 맺게 된 미타마 교단은 순조롭게 신자 수를 늘려나갔다. 그런 가운데 유키토는 신을 자처하며 신자 수 1만 명에 달하는 대규모 교단을 이끄는 아르콘 '다키니'에 대한 소문을 듣게 되었는데.

교단으로부터 해방되기를 원하는 리슈의 협력으로 다키니 교단에 성공적으로 잠입한 유키토 일행. 리슈의 영향력을 이용해 유키토 일행은 신자들을 분열시키는 작업을 진행했으나, 다키니에게 그 움직임을 들키고 사로잡혀 재판을 받게 되었는데.

유키토는 숙청인들의 습격을 받을 뻔했으나, 그 자리에 신자 수를 늘린 아타르가 압도적인 힘으로 그들을 구하러 왔다. 알고 보니 유키토의 작전은 아타르에게 신자 수를 집중시켜서, 무력으로 다키니 교단을 제압하는 것이었는데.

유키토 일행은 다키니 교단의 신자를 자신들의 신자로 흡수하는 데 성공했으나, 자신들의 카쿠리에 돌아와 보니 그곳은 외수들로 인해 파괴당해 처참한 모습이었다. 거기에 더해 외수들을 조종하는 아르콘이자 자신을 '가이아'라고 소개한 소녀가 나타났는데.

알랄를 비롯한 멤버들의 밴드 활동으로 인해 카쿠리에 열광적인 음악 붐이 일었다. 그러자 미타마의 힘 또한 증가하여, 신의 힘은 신자 수뿐만이 아니라 강한 믿음과 결속력에 의해서도 변화한다는 걸 발견했다. 이 검증을 통해 유키토는 가이아의 기이한 행동에 의심을 품기 시작했는데.

가이아가 새롭게 신자를 획득하는 걸 막기 위해, 유키토는 가이아와 그녀의 아이들을 떨어뜨리기 위한 계획을 세웠다. 하지만 가이아가 만들어 낸 최강의 외수 티폰이 그들을 습격하는 사건이 벌어졌고, 필사적으로 도망쳤지만 도중에 유키토가 티폰에게 먹히고 말았는데.

티폰의 체내에 있는 유키토와 미타마를 구하기 위해, 아타르는 신의 지위를 포기하고 미타마에게 신자를 집중시켰다. 그 작전이 효과를 봐서 미타마의 힘이 빠르게 증가했고, 그렇게 힘이 모인 미타마는 가이아를 쓰러뜨리기 위해 그 힘을 다했는데.