Doremi Harukaze, de ocho años, aspira a ser una usuaria de magia, ya que cree que resolverá todos sus problemas y le ayudará a confesarse con un chico que le gusta. Una tarde, se encuentra con una tienda de magia y sospecha correctamente que el dueño de la tienda es una bruja. El dueño de la tienda se convierte en una rana bruja, "greenling", como le sucede a las brujas cuando se descubren sus verdaderas identidades. Para conservar su forma original, el dueño de la tienda, Majo Rika, toma a Doremi como su aprendiz para convertirla en una bruja. Doremi debe tomar nueve exámenes de bruja por la noche para convertirse en una bruja oficial; sin embargo, ella nunca debe dejar que su propia identidad como bruja sea descubierta o el mismo destino que le ocurrió a Majo Rika le sucederá a ella.