人类与杰特拉帝人在第一次星间战争之后握手言和。2038年从地球派出第37次超长距离宇宙移民船团－新Macross级超大型船团7号（NMCV-007）前往太空深处寻找适合人类生活的星球，直到2045年遇见神秘的原始恶魔军团……（袭击超时空要塞七号的是被普罗多恶魔洗脑操控的2043年巴洛塔调查部队）。

‘普罗多’族为宇宙第一个拥有文化的种族，在文明高度发展过程中分裂为二大势力，双方在向宇宙扩张势力版图时爆发冲突，双方都同时发展出巨型生物兵器‘杰特拉帝’（女性称：‘美特兰蒂’）以遂行战斗，在战争蔓延扩大到整个宇宙时的战争末期，‘普罗多’族为克制敌方的‘杰特拉帝’而制造出七具战斗生物兵器：‘艾比尔’（日语：エビル，英语：Ebiru），但是在尚未启动前即被来自异次元的纯精神能量生命体スピリチア(su-pi-ri-chia)占据操纵，大约在地球纪年前50万年，‘普罗多’几近覆灭才将其封印于一颗冰封的先进科学行星(后来人类所发现的巴洛塔3198XE星系第4行星)。

2043年巴洛塔（日语：バロータ，英语：Baroita）3198XE星系第4行星特别调查部队，在调查当地的‘普罗多’（Proto）遗迹时意外使附身在‘艾比尔’身上的‘普罗多恶魔’（Protodevilns）觉醒，并将巴洛塔调查部队洗脑为己所用。

超时空要塞五号船团降落殖民‘拉克斯’行星后，也遭到普罗多恶魔和巴洛塔军袭击及洗脑。

本作叙述热气·巴萨拉（Basara Nekki、熱気バサラ），米莲·吉纳斯（Mylene Flare Jenius、ミレーヌ・F・ジーナス），雷伊·拉布洛克（Ray Lovelock），比希达·费斯（Veffidas Feaze、ビヒーダ・フィーズ）等人以摇滚团体Fire Bomber在MACROSS 7活动的故事。