Väg- och vattenbyggnadsingenjören Michael ser till att hamna i fängelse för att kunna planera en flyktväg åt sin bror, en dödsdömd fånge som säger sig vara oskyldig.

Michael försöker komma över två föremål: en medicin som ger positivt utslag på diabetestest och en stor bult som han tänkt använda i sin flyktplan.

Michael stöter på problem när han avslöjar sin plan för Abruzzi och Sucre, medan Lincoln överväger att låta en familjemedlem närvara vid hans avrättning.

Michael får tag på frätande kemikalier som han ska använda i flyktplanen, och hans cellkompis Haywire blir mycket fascinerad av Michaels tatuering.

Kellerman och Hale jobbar på att få igenom Michaels förflyttning, samtidigt som Michael försöker fördröja den för att kunna testa första delen av flyktplanen.

Medan Michaels trick för att vinna tid leder till ett fullskaligt fängelseupplopp, betalar Kellerman en fånge för att döda Lincoln.

Under fängelseupploppet räddar Michael Sara, mördaren försöker döda Lincoln och Bellick trotsar Pope för att få tala med guvernören.

Medan Michael försöker lista ut hur man bäst gräver en tunnel till en byggnad där ett av vakternas vilorum finns, försöker Kellerman och Hale döda Veronica och LJ.

T-Bag förlorar en slav och riktar in sig på en annan. Samtidigt riskerar Abruzzis degradering i fängelsehierarkin att äventyra flyktplanen.

För att få kontroll över arbetslaget och återupprätta chanserna att lyckas, övertalar Abruzzi Michael att berätta för Falzone var Fibonacci befinner sig.

Michael bygger en apparat som ska hjälpa gruppen att förstå hur mycket tid de har på sig att fly, och Westmoreland ansluter sig till rymningsgruppen.

Lincoln varnar Michael att en av medlemmarna måste bli kvar i fängelset, och Abruzzi hotar att döda T-Bag om han inte lämnar gruppen.

När Lincolns avrättning närmar sig sätter Michael sin plan i verket. Samtidigt konfronterar Kellerman Hale, och Veronica gör ett uttalande i media.

Michael mixtrar med elektriska stolens kablar för att få Lincolns avrättning uppskjuten, och Veronica och Nick försöker få tillstånd att gräva upp Steadmans kropp.

Lincoln tycker sig se sin pappa vid avrättningen. Under tiden kräver Sucre in en tjänst för att Michael ska kunna pröva en ny väg till sjukstugan.

Tillbakablickar visar hur Michael, Lincoln, Sucre, C-Note och T-Bag hamnade i fängelset, och hur Sara började jobba där.

Michael hamnar i isoleringen, samtidigt som Sucre tvingas mura igen flykthålet i vakternas vilorum.

Michael försöker få Haywire att komma ihåg den försvunna tatueringen, medan gruppens övriga medlemmar förhindrar att Bellick auktionerar ut Michaels och Sucres cell.

Michael försöker lista ut hur de ska få nyckeln till sjukstugan av Sara, medan Lincoln får reda på sanningen om sin pappas roll i händelserna som förstörde hans liv.

När flykthålet har upptäckts måste fångarna skynda sig att rymma, men eftersom Lincoln är under ständig uppsikt tvingas de kanske lämna kvar honom.

Efter att Michael tvingat Pope att flytta Lincoln till sjukstugan, lyckas gruppen ta sig oskadda till Saras olåsta kontor.

När flykten har upptäckts sätter Bellick igång en massiv jakt på rymlingarna, samtidigt som vicepresidenten visar sin makt på ett chockerande sätt.