Bei einem Routineflug über den Replikatoren-Planeten Asura macht die Apollo Fotos von Schiffswerften der Replikatoren.

Nachdem Atlantis zu früh aus dem Hyperraum gefallen ist stellen Rodney McKay und sein Team fest, das bei dem Treffer des Laserstrahls der Replikatoren mehrere Energie-Hauptleitungen getroffen wurden.

Das Atlantis-Team um Sheppard beschließt von den Replikatoren ein Zero Point Modul (ZPM) zu stehlen, da ihres nicht mehr genug Energie für einen Hyperraumsprung hat.

Die Replikatoren zerstören weiterhin die menschlichen Siedlungen in der Pegasus-Galaxie. Währenddessen tauchen die Daeldalus und die Apollo in der Umlaufbahn des Planeten von Atlantis ein.

Todd meldet sich überraschenderweise in Atlantis und erklärt, dass er von einem Untergebenen verraten wurde. Dieser Untertan hat ihm ein ZPM entwendet und ein Basischiff damit ausgestattet.