Новая команда Звездных врат отправляется в опасную миссию в далекую галактику, где они обнаруживают мифический затерянный город и нового смертоносного врага.

Несмотря на недовольство Маккея, доктор Джексон прибывает в Атлантис, чтобы изучать труды Януса - Древнего, который изобрел машину времени. Изыскания приводят его к первому контакту с новой расой галактики Пегас, и эта раса настроена вовсе не дружелюбно по отношению к атлантийцам.

Джексон и Маккей в комплексе Януса пытаются отговорить Асгарда от запуска устройства, которое раз и навсегда уничтожит Рейфов. Декс и Келлер на Аполлоне противостоят Тодду, который захватил корабль, чтобы помешать активации устройства Аттеро. Шеппард и Зеленка на корабле Кочевников пытаются добраться до комплекса Януса раньше Тодда.